SAM-IVリボスイッチ

S-アデノシルメチオニン（SAM）リボスイッチ、
S-アデノシルメチオニン（SAM）リボスイッチ、
	SAM-IVの予測される二次構造と配列の保存性
識別子
シンボル	SAM-IV
Rfam	RF00634 CL00012
その他のデータ
RNA型	シス-reg ;リボスイッチ
ドメイン	細菌
それで	SO:0005836
PDB構造	PDBe

RNAファミリー

SAM-IVリボスイッチは、多くのメチル化反応で用いられる補因子であるS-アデノシルメチオニン（SAM）^[1]に特異的に結合するリボスイッチの一種である。もともとバイオインフォマティクスによって同定されたSAM-IVリボスイッチは、^[2]主に細菌目の放線菌類に限定されている。SAM-IVリボスイッチの保存された特徴と実験から、SAM-IVリボスイッチは、 SAM-Iリボスイッチと呼ばれる別のクラスのSAM結合リボスイッチと同様のSAM結合部位を共有している可能性が高いことが示唆されている。しかし、これら2種類のリボスイッチの骨格は全く異なるようである。これらのリボスイッチ間の構造的関係は研究されてきた。^[3]^[4]

参照

参考文献

^ Weinberg Z, Regulski EE, Hammond MC, et al. (2008). 「SAM-IVリボスイッチのアプタマーコアはSAM-Iリボスイッチのリガンド結合部位を模倣する」. RNA . 14 (5): 822– 828. doi :10.1261/rna.988608. PMC 2327355. PMID 18369181 .
^ Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, et al. (2007). 「CMfinder比較ゲノミクスパイプラインを用いた細菌中の22の候補構造化RNAの同定」Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809– 4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547 . PMID 17621584.
^ Trausch JJ, Xu Z, Edwards AL, Reyes FE, Ross PE, Knight R, Batey RT (2014年5月). 「SAMリボスイッチ群における多様性の構造的基盤」Proc Natl Acad Sci USA . 111 (18): 6624–9 . Bibcode :2014PNAS..111.6624T. doi : 10.1073/pnas.1312918111 . PMC 4020084 . PMID 24753586.
^ Zhang K, Li S, Kappel K, Pintilie G, Su Z, Mou TC, Schmid MF, Das R, Chiu W (2019年12月). 「40 kDa SAM-IVリボスイッチRNAの3.7Å分解能におけるクライオ電子顕微鏡構造」Nat Commun . 10 (1): 5511. Bibcode :2019NatCo..10.5511Z. doi :10.1038/s41467-019-13494-7. PMC 6890682. PMID 31796736 .

外部リンク

RfamのSAM-IV_riboswitchのページ

この分子生物学または細胞生物学の記事はスタブです。記事を拡張することでWikipediaに貢献できます。

[1] Weinberg Z, Regulski EE, Hammond MC, et al. (2008). 「SAM-IVリボスイッチのアプタマーコアはSAM-Iリボスイッチのリガンド結合部位を模倣する」. RNA . 14 (5): 822– 828. doi :10.1261/rna.988608. PMC 2327355. PMID 18369181 .

[2] Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, et al. (2007). 「CMfinder比較ゲノミクスパイプラインを用いた細菌中の22の候補構造化RNAの同定」Nucleic Acids Res . 35 (14): 4809– 4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547 . PMID 17621584.

[3] Trausch JJ, Xu Z, Edwards AL, Reyes FE, Ross PE, Knight R, Batey RT (2014年5月). 「SAMリボスイッチ群における多様性の構造的基盤」Proc Natl Acad Sci USA . 111 (18): 6624–9 . Bibcode :2014PNAS..111.6624T. doi : 10.1073/pnas.1312918111 . PMC 4020084 . PMID 24753586.

[4] Zhang K, Li S, Kappel K, Pintilie G, Su Z, Mou TC, Schmid MF, Das R, Chiu W (2019年12月). 「40 kDa SAM-IVリボスイッチRNAの3.7Å分解能におけるクライオ電子顕微鏡構造」Nat Commun . 10 (1): 5511. Bibcode :2019NatCo..10.5511Z. doi :10.1038/s41467-019-13494-7. PMC 6890682. PMID 31796736 .