SBGridコンソーシアム

SBGridコンソーシアム[ 1 ]は、参加研究機関からの財政的支援を受け、ハーバード大学医学大学院を拠点として運営されている研究コンピューティンググループです。SBGridは、世界中の構造生物学コミュニティに研究コンピューティングのサポートを提供しています。SBGridコンソーシアムのメンバーは、年会費を通じてSBGridの継続的な運営を支援しています。この組織は、ユーザーによってサポートされ、ユーザー主導のコミュニティリソースとなっています。

SBGridの主なサービスは、構造生物学研究に役立つ包括的なソフトウェアと計算ツールの収集、導入、保守です。2015年現在、SBGridは世界中のSBGrid研究室のコンピュータにインストールできる300種類の構造生物学アプリケーションをキュレーションしています。

SBGrid は、ボストン地域の構造生物学者向けに特殊な研究コンピューティング インフラストラクチャも開発しています。

背景

SBGridは当初、ピオトル・スリス氏によって、当時ハーバード大学とボストン小児病院にいたスティーブン・C・ハリソン氏と故ドン・クレイグ・ワイリー氏の研究室にあった数十台のX線結晶構造解析装置をサポートし、維持するための社内プロジェクトとして作成されました。SBGridは、サポートする研究室を増やした後、2002年に運用コストを回収するためにユーザー料金を徴収し始めました。また、ソフトウェアのサポートを電子顕微鏡法（EM）、核磁気共鳴（NMR）、その他の構造生物学技術にも拡張しました。2004年には、ユーザーからMacintoshコンピューターのサポートを求める要望に応えて、SBGridはほとんどのアプリケーションをMac OS Xプラットフォームで実行できるように再コンパイルしました。2006年までに、SBGridコンソーシアムには14の異なる機関にある37の研究室が参加していました。

SBGridのユーザー指向コミュニティは、2008年に最初のユーザーミーティング「Quo Vadis Structural Biology（構造生物学はどこへ向かうのか）」を開催したことで、確固たるものになり始めました。このミーティングには約300名の参加者が集まり、構造生物学シンポジウムと3つのワークショップ（Pythonによる科学プログラミング、Mayaによる分子可視化、macOSプログラミング）が開催されました。SBGridはその後、ボストンでミーティングを開催しました（2009年、2013年、2014年）。SBGridは、Open Science Grid（OSG）内に仮想組織（SBGrid VO）を設立し、2010年にグリッドコンピューティングポータルを展開した後、2011年にハーバード大学医学部でOpen Science Grid All-Hands Meetingを主催しました。SBGridは、高エネルギー物理学ユーザー以外ではトップクラスのOSGユーザーとなり、年間約500万CPU時間を使用しています。

SBGridは2012年、毎月異なる開発者によるソフトウェアチュートリアルを特集したウェビナープログラムを開始しました。録画はSBGridTV YouTubeチャンネルで公開されています。SBGridチームメンバーは、ソフトウェアライセンスに関するガイド[ 2 ] 、ソースコードのより良い開示を推奨する論説[ 3 ]、ソフトウェアソースコードのピアレビューを最適化するための推奨事項[ 4 ]も公開しています。

2014 年までに、SBGrid には世界中に 245 の加盟研究所が存在します。

メンバーシップ

登録プロセスでは、SBGridの担当者が新規ラボに対し、SBGridサポートをオンサイトで導入するためのハードウェアとコンピューティング要件についてアドバイスを提供します。新規メンバーラボのハードウェアが設置されると、ほとんどの新規メンバーは参加後2週間以内にSBGridを完全に利用できるようになります。

SBGrid会員向けソフトウェアサービス

SBGridチームは、メンバー研究室のLinuxおよびOS Xコンピューター（ノートパソコンを含む）に、構造生物学アプリケーションのコレクションをインストールし、維持管理しています。クローニングとバイオインフォマティクス用のGeneious、PyMOLのインセンティブビルド、そして北米の研究室向けにはSchrödinger Small-Molecule Drug Discovery Suiteなど、いくつかの商用アプリケーションもサポートされています。メンバーは、追加設定なしで実行できるように事前設定された構造生物学アプリケーションスイートを含む完全な実行環境にアクセスできます。

SBGridは、すべてのソフトウェアウェブサイトの更新状況を監視し、主要なソフトウェアアップグレードを毎月インストールしています。また、SBGridチームは、サポートされているオペレーティングシステムの新しいリリースに合わせて既存のソフトウェアを再コンパイルし、ユーザーからのバグレポートや新しいソフトウェアのリクエストにも対応しています。

SBGridメンバー向けトレーニング

SBGrid は毎月ライブ ウェビナーを開催し、開発者によるチュートリアルを紹介し、メンバーが開発者に直接質問する機会を提供しています。

SBGridメンバー向けリソース

SBGridの技術チームは、新規メンバーに適切なコンピューティングインフラストラクチャの構築に関するガイダンスを提供します。また、メンバーはその他多くの専門的なコンピューティングリソースにもアクセスできます。

SBGrid ソフトウェア開発者向けリソース

SBGrid は、SBGrid 対応アプリケーションの開発者に、さまざまなオペレーティング システム上でソフトウェアを構築およびテストするための、ハーバード大学医学大学院の SBGrid ビルド テスト コンピューティング ネットワークへのアクセスを提供します。

参考文献

  1. ^ Morin, A (2013). 「最先端：コラボレーションでソフトウェアを最大限に活用する」 （PDF） . eLife . 2 e01456. doi : 10.7554/eLife.01456 . PMC  3771563. PMID  24040512 .
  2. ^ Morin, Andrew; Urban, Jennifer; Sliz, Piotr (2012). 「科学者プログラマーのためのソフトウェアライセンスクイックガイド」 . PLOS Computational Biology . 8 ( 7) e1002598. Bibcode : 2012PLSCB...8E2598M . doi : 10.1371/journal.pcbi.1002598 . PMC 3406002. PMID 22844236 .  
  3. ^ Morin, A.; Urban, J.; Adams, PD; Foster, I.; Sali, A.; Baker, D.; Sliz, P. (2012). 「ブラックボックスに光を当てる」 . Science . 336 (6078): 159–60 . Bibcode : 2012Sci...336..159M . doi : 10.1126 /science.1218263 . PMC 4203337. PMID 22499926 .  
  4. ^ Sliz, P.; Morin, A. (2013). 「ソフトウェアコードのピアレビューの最適化」. Science . 341 (6143): 236– 237. doi : 10.1126/science.341.6143.236-b . PMID 23869002 . 
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