| シミュレーション実験記述マークアップ言語 | |
|---|---|
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| ファイル名拡張子 |
.xml |
| 初回リリース | 2011年3月25日 （2011年3月25日） |
| 最新リリース | レベル1バージョン2、リリース1 2013年12月2日 （2013年12月2日） |
| フォーマットの種類 | マークアップ言語 |
| 延長 | XML |
| オープンフォーマット? | はい |
| Webサイト | sed-ml.org |
シミュレーション実験記述マークアップ言語（SED-ML）は、生物システムの計算モデルにおけるシミュレーション記述の符号化と交換のための、 XMLに基づく表現形式です。 [1]これは、無料でオープンなコミュニティ開発プロジェクトです。
SED-MLレベル1バージョン1 [2]は、 SED-MLの最初のバージョンであり、時間経過シミュレーション実験の記述を可能にします。
構造
SED-ML 形式は、次の 5 つの主要ブロックで構成されています。
- Modelエンティティは、シミュレーション実験で使用されるモデルを参照し、シミュレーション前のこれらのモデルに対する前処理手順を定義するために使用されます。モデルは標準的な表現形式（例：SBML、CellML、NeuroML）で記述する必要があります。前処理の例としては、観測可能な値の変更、数学的手法を用いた値の変化の計算、モデル表現の任意のXML要素に対する一般的な変更などが挙げられます。
- シミュレーションエンティティには、シミュレーション設定とシミュレーション中に実行されるステップに関するすべての情報（例えば、シミュレーションの種類やシミュレーション実行に使用されるアルゴリズムなど）が含まれます。シミュレーションアルゴリズムは、Kinetic Simulation Algorithm Ontology用語で指定されます。
- タスク エンティティは、定義されたシミュレーションの 1 つを参照されているモデルの 1 つに一度に適用します。
- DataGenerator エンティティは、データの正規化など、出力前にシミュレーション結果に適用する必要がある後処理手順をエンコードします。
- 出力エンティティは、シミュレーション出力（表示される特定のプロットなど）を指定します。
SED-ML構造に関する詳しい情報はSED-MLホームページ[1]および参考文献[3]から入手できます。
歴史
シミュレーション実験のエンコードのための標準フォーマットを開発するというアイデアは、欧州バイオインフォマティクス研究所（EMBL-EBI）で生まれました。2007年、ダグマー・ウォルテマスとニコラ・ル・ノヴェールは、EMBL-EBIの計算神経科学グループでマリー・キュリー基金のインターンシップ中に、そのようなフォーマットの草案作成に着手しました。[4]
SED-MLプロジェクトは、2007年に米国ロングビーチで開催された第12回SBMLフォーラム会議で初めて公開されました。SED-MLの最初のバージョンは、2008年に沖縄で開催された「システム生物学のための標準とオントロジー」スーパーハッカソンで発表されました。当時、この言語はMIASEガイドラインにちなんでMIASE-MLと呼ばれていました。沖縄では多くの研究者がこのフォーマットに高い関心を示し、活発な議論が行われました。MIASEはシミュレーション実験のための最小情報ガイドラインとなりました。MIASE-MLは「シミュレーション実験記述マークアップ言語」（SED-ML）に改名されました。
SED-ML のレベル 1 バージョン 1 は 2011 年 3 月に正式に登場しましたが、その間に行われたいくつかのコミュニティ ミーティング (2009 年の「CellML-SBGN-SBO-BioPAX-MIASE ワークショップ」や「2010 SBML-BioModels.net ハッカソン」など) で SED-ML が発表、議論され、さらに仕様が決められました。
それ以来、SED-MLは「生物学における計算モデリングネットワーク」 COMBINEを形成するコミュニティとの協力により開発されてきました。様々な会議における専用セッションに加え、SED-MLの開発はSED-ML-discussメーリングリストにおけるコミュニティ間の交流からも恩恵を受けています。[5]
SED-MLコミュニティ
SED-MLは、生物計算モデリングネットワーク（COMBINE）の一部です。フォーマットの開発は、コミュニティによって選出された編集委員会によって調整されています。[6]議論はSED-ML-discussで行われています。[5]
参考文献
- ^ ab 「シミュレーション実験記述マークアップ言語」SED-ML . 2017年7月6日閲覧。
- ^ D. Waltemath; FT Bergmann; R. Adams; N. Le Novère (2011). 「シミュレーション実験記述マークアップ言語 (SED-ML): レベル1 バージョン1」. Nature Precedings . doi :10.1038/npre.2011.5846.1.
- ^ D. Waltemath; R. Adams; FT Bergmann; M. Hucka; F. Kolpakov; AK Miller; II Moraru; D. Nickerson; JL Snoep; N. Le Novère (2011). 「SED-ML（シミュレーション実験記述マークアップ言語）を用いた再現可能な計算生物学実験」. BMC Systems Biology . 5 : 198. doi : 10.1186/1752-0509-5-198 . hdl : 20.500.11820/1b2fc55b-d3b0-4e6b-8b60-6614254b020a .
- ^ 「計算システム神経生物学グループ」EMBL-EBI. 2012年10月1日. 2014年4月24日閲覧。
- ^ ab 「SED-ML-discuss 情報ページ」SED-ML . 2017年7月6日閲覧。
- ^ 「現在のSED-MLエディター」SED-ML . 2017年7月6日閲覧。
