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| 説明 | タンパク質化学シフトの再参照 |
キャプチャされたデータの種類 | データ入力: BMRBまたはSHIFTY形式の化学シフト割り当てと対応する3Dタンパク質構造(PDB形式);データ出力: 参照補正された化学シフト割り当て |
| 接触 | |
| 研究センター | アルバータ大学 |
| 研究室 | デビッド・ウィシャート博士 |
| 主な引用 | [1] |
| アクセス | |
| Webサイト | http://shiftcor.wishartlab.com/ |
| その他 | |
| キュレーションポリシー | 手動でキュレーション（最終更新：2003年） |
SHIFTCOR (Shift Correction) は、タンパク質化学シフトの再参照を行うための、無料で利用できるウェブサーバーおよびスタンドアロンのコンピュータープログラムです。[1] 化学シフトの参照は、生体分子のNMRにおいて特に広く見られる問題で、既存のNMR 化学シフト割り当ての最大 25% が不適切に参照されています。[1] これらの参照の問題の中には、1.0 ～ 2.5 ppm の系統的エラーにつながるものもあります (特に 13C および 15N 化学シフト)。この規模のエラーは、タンパク質間の割り当てを比較したり、化学シフトを構造的に解釈したりする試みに大きな損害を与える可能性があります。どのタンパク質が誤って割り当てられているか、または不適切に参照されているかを特定することは困難な場合があり、エラーが見つかった場合にそれを修正することも困難です。SHIFTCOR プログラムは、これらの化学シフトの参照の問題を特定し、修正するのを支援するために設計されました。具体的には、ペプチドおよびタンパク質の1H、13C、15Nバックボーン化学シフトを、観測された化学シフトと、対象タンパク質の3D構造（PDB座標を使用）から導かれた予測化学シフトを比較することにより、比較、識別、補正、再参照します[1] [1]。予測化学シフトはShiftXプログラムを使用して計算されます。[2] SHIFTCORプログラムは、もともとRefDBと呼ばれる、適切に再参照されたタンパク質化学シフト割り当てのデータベースを構築するために使用されました。[1] RefDBは、2000を超える正しく参照されたタンパク質化学シフト割り当てのWebアクセス可能なデータベースです。当初はスタンドアロンプログラムとしてのみ利用可能でしたが、SHIFTCORはその後、Webサーバーとして一般利用向けにリリースされました。
参照
参考文献
- ^ abcde Zhang, H; Neal, S.; Wishart, DS (2003). 「RefDB: 統一的に参照されたタンパク質化学シフトのデータベース」J. Biomol. NMR . 25 (3): 173– 195. doi :10.1023/A:1022836027055. PMID 12652131. S2CID 12786364.
- ^ Neal, S; Nip, A.; Zhang, H.; Wishart, DS (2003). 「タンパク質の1H、13C、15N化学シフトの迅速かつ正確な計算」. J. Biomol. NMR . 26 (3): 215– 240. doi :10.1023/A:1023812930288. PMID 12766419. S2CID 29425090.
外部リンク
