スマルCC1

スマルCC1
利用可能な構造 PDB オーソログ検索: PDBe RCSB PDB IDコードのリスト 2YUS
識別子
エイリアス	SMARCC1、BAF155、CRACC1、Rsc8、SRG3、SWI3、SWI/SNF関連、マトリックス関連、アクチン依存性クロマチンサブファミリーcメンバー1の調節因子
外部ID	オミム：601732; MGI : 1203524;ホモロジーン: 68296;ジーンカード：SMARCC1; OMA :SMARCC1 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト） キリスト 染色体3（ヒト）[1] バンド 3p21.31 始める 47,585,269 bp [1] 終わり 47,782,106 bp [1]
遺伝子の位置（マウス） キリスト 9番染色体（マウス）[2] バンド 9|9 F2 始める 109,946,776 bp [2] 終わり 110,069,246 bp [2]
RNA発現パターン ブギー 人間 マウス（相同遺伝子） 上位の表現 心室帯 胚 神経節隆起 結腸上皮 腓骨神経 扁桃腺 人間のペニス 精子 歯肉上皮 子宮内膜 上位の表現 吻側回遊流 胚の尾 性器結節 内頸動脈 原始的な条線 外頸動脈 腹壁 下顎突出 上顎突出 網膜色素上皮 より多くの参照表現データ バイオGPS より多くの参照表現データ
遺伝子オントロジー 分子機能 RNAポリメラーゼIIシス調節領域配列特異的DNA結合 DNA結合 タンパク質N末端結合 転写コアクチベーター活性 クロマチン結合 タンパク質結合 ヌクレオソームDNA結合 DNA結合転写因子活性、RNAポリメラーゼII特異的 ヒストン結合 細胞成分 nBAF複合体 SWI/SNF複合体 細胞内解剖学的構造 核質 XYボディ npBAF複合体 核 細胞質 タンパク質含有複合体 生物学的プロセス クロマチンリモデリング インスリン受容体シグナル伝達経路 転写の制御、DNAテンプレート RNAポリメラーゼIIによる転写の調節 前立腺の発達 転写、DNAテンプレート 神経系の発達 転写の正の制御、DNAテンプレート ヌクレオソームの分解 プロテアソームユビキチン依存性タンパク質分解プロセスの負の制御 動物の器官の形態形成 RNAポリメラーゼIIによる転写の正の制御 クロマチン組織 出典：Amigo / QuickGO
オーソログ 種 人間 ねずみ エントレズ 6599 20588 アンサンブル ENSG00000173473 ENSMUSG00000032481 ユニプロット Q92922 Q58EY4 P97496 RefSeq (mRNA) NM_003074 NM_009211 RefSeq（タンパク質） NP_003065 NP_003065.3 NP_033237 場所（UCSC） 3章: 47.59 – 47.78 Mb 9章: 109.95 – 110.07 MB PubMed検索 [3] [4]
ウィキデータ
人間の表示/編集 マウスの表示/編集

SWI/SNF複合体サブユニットSMARCC1は、ヒトではSMARCC1遺伝子によってコードされるタンパク質である。^{[5] [6]}

関数

この遺伝子によってコードされるタンパク質は、SWI/SNFファミリーに属するタンパク質です。このファミリーに属するタンパク質はヘリカーゼ活性およびATPase活性を示し、遺伝子周囲のクロマチン構造を変化させることで、特定の遺伝子の転写を制御すると考えられています。コードされるタンパク質は、ATP依存性クロマチンリモデリング複合体であるSWI/SNFの一部であり、多くの転写因子に特徴的なロイシンジッパーモチーフを有することが予測されています。^[6]

相互作用

SMARCC1 は以下と相互作用することが示されています。

• BAZ1B , ^[7]
• ING1 , ^[8]
• SIN3A、^{[8] [9]}
• SMARCA2 , ^{[9] [10]}
• SMARCA4、^{[9] [10] [11] [12]}および
• SMARCB1 . ^{[9] [10]}

参考文献

1. GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000173473 – Ensembl、2017年5月
2. GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000032481 – Ensembl、2017年5月
3. 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
4. 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
5. Wang W, Xue Y, Zhou S, Kuo A, Cairns BR, Crabtree GR (1996年11月). 「哺乳類SWI/SNF複合体の多様性と特殊化」. Genes Dev . 10 (17): 2117–30 . doi : 10.1101/gad.10.17.2117 . PMID  8804307.
6. "Entrez Gene: SMARCC1 SWI/SNF関連、マトリックス関連、アクチン依存性クロマチン調節因子、サブファミリーc、メンバー1".
7. 北川裕、藤木隆、吉村和、目崎裕、植松裕、松井D、小川秀、海野和、大久保正、時田A、中川隆、伊藤隆、石見裕、長澤裕、松本隆、柳沢J、加藤S (2003年6月)。 「クロマチン再構築複合体WINACはプロモーターに対する核内受容体を標的にしており、ウィリアムズ症候群では機能不全に陥る。」セル。113 (7): 905–17 .土井: 10.1016/s0092-8674(03)00436-7。PMID  12837248。
8. Kuzmichev A, Zhang Y, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D (2002年2月). 「候補腫瘍抑制因子p33(ING1)による増殖制御におけるSin3-ヒストン脱アセチル化酵素複合体の役割」Mol. Cell. Biol . 22 (3): 835–48 . doi :10.1128/mcb.22.3.835-848.2002. PMC 133546. PMID 11784859  . 
9. Sif S, Saurin AJ, Imbalzano AN, Kingston RE (2001年3月). 「mSin3A含有Brg1およびhBrmクロマチンリモデリング複合体の精製と特性解析」. Genes Dev . 15 (5): 603–18 . doi :10.1101/gad.872801. PMC 312641. PMID 11238380  . 
10. Wang W、Côté J、Xue Y、Zhou S、Khavari PA、Biggar SR、Muchardt C、Kalpana GV、Goff SP、Yaniv M、Workman JL、Crabtree GR (1996 年 10 月)。 「哺乳類のSWI-SNF複合体の精製と生化学的不均一性」。エンボ J . 15 (19): 5370–82 .土井:10.1002/j.1460-2075.1996.tb00921.x。PMC 452280。PMID  8895581。 
11. Otsuki T, Furukawa Y, Ikeda K, Endo H, Yamashita T, Shinohara A, Iwamatsu A, Ozawa K, Liu JM (2001年11月). 「ファンコニ貧血タンパク質FANCAはヒトSWI/SNF複合体の構成要素であるBRG1と会合する」. Hum. Mol. Genet . 10 (23): 2651–60 . doi : 10.1093/hmg/10.23.2651 . PMID  11726552.
12. Zhao K, Wang W, Rando OJ, Xue Y, Swiderek K, Kuo A, Crabtree GR (1998年11月). 「Tリンパ球受容体シグナル伝達後のSWI/SNF様BAF複合体のクロマチンへの迅速かつホスホイノシトール依存的な結合」. Cell . 95 (5): 625–36 . doi : 10.1016/s0092-8674(00)81633-5 . PMID  9845365. S2CID  3184211.

さらに読む

• Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). 「正規化と減算：遺伝子発見を促進する2つのアプローチ」Genome Res . 6 (9): 791– 806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID  8889548.
• Wang W、Côté J、Xue Y、Zhou S、Khavari PA、Biggar SR、Muchardt C、Kalpana GV、Goff SP、Yaniv M、Workman JL、Crabtree GR (1996)。 「哺乳類のSWI-SNF複合体の精製と生化学的不均一性」。エンボ J . 15 (19): 5370–82 .土井:10.1002/j.1460-2075.1996.tb00921.x。PMC  452280。PMID  8895581。
• Fryer CJ, Archer TK (1998). 「グルココルチコイド受容体によるクロマチンリモデリングにはBRG1複合体が必要である」. Nature . 393 (6680): 88– 91. Bibcode :1998Natur.393...88F. doi :10.1038/30032. PMID:  9590696. S2CID  : 2208522.
• Ring HZ, Vameghi-Meyers V, Wang W, Crabtree GR, Francke U (1998). 「5つのSWI/SNF関連、マトリックス関連、アクチン依存性クロマチン調節因子（SMARC）遺伝子がヒトゲノム中に分散している」. Genomics . 51 (1): 140–3 . doi : 10.1006/geno.1998.5343 . PMID  9693044.
• Cho H, Orphanides G, Sun X, Yang XJ, Ogryzko V, Lees E, Nakatani Y, Reinberg D (1998). 「クロマチン構造を変化させる因子を含むヒトRNAポリメラーゼII複合体」. Mol. Cell. Biol . 18 (9): 5355–63 . doi :10.1128/MCB.18.9.5355. PMC 109120.  PMID 9710619  .
• Sif S, Stukenberg PT, Kirschner MW, Kingston RE (1998). 「ヒトSWI/SNFクロマチンリモデリング複合体の有糸分裂不活性化」. Genes Dev . 12 (18): 2842–51 . doi :10.1101/gad.12.18.2842. PMC 317164.  PMID 9744861  .
• Shanahan F, Seghezzi W, Parry D, Mahony D, Lees E (1999). 「サイクリンEは哺乳類SWI-SNF複合体の構成要素であるBAF155およびBRG1と会合し、BRG1の増殖停止誘導能を変化させる」Mol. Cell. Biol . 19 (2): 1460–9 . doi :10.1128/mcb.19.2.1460. PMC  116074. PMID 9891079  .
• Phelan ML, Sif S, Narlikar GJ, Kingston RE (1999). 「SWI/SNFサブユニットからのコアクロマチンリモデリング複合体の再構成」. Mol. Cell . 3 (2): 247–53 . doi : 10.1016/S1097-2765(00)80315-9 . PMID  10078207.
• Kowenz-Leutz E, Leutz A (2000). 「AC/EBP βアイソフォームはSWI/SNF複合体をリクルートして骨髄系遺伝子を活性化する」Mol. Cell . 4 (5): 735–43 . doi : 10.1016/S1097-2765(00)80384-6 . PMID  10619021.
• Bochar DA, Wang L, Beniya H, Kinev A, Xue Y, Lane WS, Wang W, Kashanchi F, Shiekhattar R (2000). 「BRCA1はヒトSWI/SNF関連複合体と関連：クロマチンリモデリングと乳がんの関連」Cell . 102 (2): 257–65 . doi : 10.1016/S0092-8674(00)00030-1 . PMID  10943845. S2CID  6500100.
• Kadam S, McAlpine GS, Phelan ML, Kingston RE, Jones KA, Emerson BM (2000). 「組換え哺乳類SWI/SNFサブユニットの機能選択性」. Genes Dev . 14 (19): 2441–51 . doi :10.1101/gad.828000. PMC  316972. PMID  11018012 .
• Xue Y, Canman JC, Lee CS, Nie Z, Yang D, Moreno GT, Young MK, Salmon ED, Wang W (2001). 「ヒトSWI/SNF-Bクロマチンリモデリング複合体は酵母Rscと関連し、有糸分裂染色体の動原体に局在する」Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 97 (24): 13015–20 . Bibcode :2000PNAS...9713015X. doi : 10.1073/pnas.240208597 . PMC  27170. PMID 11078522  .
• Sif S, Saurin AJ, Imbalzano AN, Kingston RE (2001). 「mSin3A含有Brg1およびhBrmクロマチンリモデリング複合体の精製と特性解析」. Genes Dev . 15 (5): 603–18 . doi :10.1101/gad.872801. PMC 312641.  PMID 11238380  .
• 大月 剛志、古川 雄三、池田 健、遠藤 浩、山下 剛志、篠原 明、岩松 明、小澤 功、劉 俊一 (2002). 「ファンコニ貧血タンパク質FANCAは、ヒトSWI/SNF複合体の構成因子であるBRG1と会合する」. Hum. Mol. Genet . 10 (23): 2651–60 . doi : 10.1093/hmg/10.23.2651 . PMID  11726552.
• 加藤 H、Tjernberg A、Zhang W、Krutchinsky AN、An W、竹内 T、大槻 Y、菅野 S、de Bruijn DR、Chait BT、Roeder RG (2002)。 「SYTはヒトSNF/SWI複合体と会合し、その融合パートナーであるSSX1のC末端領域はヒストンを標的とします。」Ｊ．Ｂｉｏｌ．化学。277 (7): 5498–505 .土井: 10.1074/jbc.M108702200。hdl : 2066/170683。PMID  11734557。
• Nie Z, Yan Z, Chen EH, Sechi S, Ling C, Zhou S, Xue Y, Yang D, Murray D, Kanakubo E, Cleary ML, Wang W (2003). 「新規SWI/SNFクロマチンリモデリング複合体は混合系白血病染色体転座パートナーを含む」Mol. Cell. Biol . 23 (8): 2942– 52. doi :10.1128/MCB.23.8.2942-2952.2003. PMC 152562.  PMID 12665591  .
• Hsiao PW, Fryer CJ, Trotter KW, Wang W, Archer TK (2003). 「BAF60aは核内受容体とBRG1クロマチンリモデリング複合体間の重要な相互作用を媒介し、転写活性化を促進する」Mol. Cell. Biol . 23 (17): 6210–20 . doi :10.1128/MCB.23.17.6210-6220.2003. PMC  180928. PMID 12917342  .

外部リンク

• ファクターブックBAF155