| S MKボックス翻訳リボスイッチ | |
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 配列の保存度合いを示すカラースキームを含む、 S MKボックス翻訳リボスイッチ二次構造の表現。 | |
| 識別子 | |
| シンボル | SMK_box_リボスイッチ |
| 代替記号 | SAM-III、SMK |
| Rfam | RF01767 |
| その他のデータ | |
| RNA型 | リボスイッチ |
| ドメイン | バシロタ |
| PDB構造 | PDBe 3e5f 3e5e 3e5c |
S MKボックスリボスイッチ（SAM-IIIとも呼ばれる）は、細菌における遺伝子発現を制御するRNAエレメントである。 [ 2 ] [3] S MKボックスリボスイッチは、乳酸菌のMetK遺伝子の5' UTRに存在する。このエレメントは、S-アデノシルメチオニン（SAM）に結合すると構造が変化し、シャイン・ダルガルノ配列を阻害し、遺伝子の翻訳を阻害する。
SAM-IやSAM-IIなど、他の SAM 結合リボスイッチも知られていますが、これらは SAM-III と配列や構造に類似性がないようです。
構造
E. faecalis由来のリボスイッチの結晶構造は、X線結晶構造解析によって解明されました。この構造は、 SAM結合に関与する最も保存されたヌクレオチドが、3つのヘリックス間の接合部を中心に配置されていることを示しました。[1]一部の種では、この構造内に最大210ヌクレオチドの大きな挿入が見られます。
参照
- SAHリボスイッチ
- SAM-Iリボスイッチ
- SAM-IIリボスイッチ
- SAM-IVリボスイッチ
- SAM-Vリボスイッチ
- SAM-VIリボスイッチ
- SAM-クロロビRNAモチーフ
- SAM-SAHリボスイッチ
参考文献
- ^ ab Lu C, Smith AM, Fuchs RT, Ding F, Rajashankar K, Henkin TM, Ke A (2008). 「SAM-III/S(MK)リボスイッチの結晶構造はSAM依存性翻訳阻害機構を明らかにする」Nat Struct Mol Biol . 15 (10): 1076– 1083. doi :10.1038/nsmb.1494. PMC 3467307. PMID 18806797 .
- ^ Fuchs RT, Grundy FJ, Henkin TM (2006). 「S(MK)ボックスはSAM合成酵素の翻訳制御における新規SAM結合RNAである」Nat. Struct. Mol. Biol . 13 (3): 226– 233. doi :10.1038/nsmb1059. PMID 16491091. S2CID 8481958.
- ^ Fuchs RT, Grundy FJ, Henkin TM (2007). 「S-アデノシルメチオニンは30SリボソームサブユニットとSMKボックス翻訳リボスイッチRNAの結合を直接阻害する」Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 104 (12): 4876– 4880. Bibcode :2007PNAS..104.4876F. doi : 10.1073/pnas.0609956104 . PMC 1829232. PMID 17360376 .
外部リンク
- RfamのSMKボックストランスレーショナルリボスイッチのページ
