SYBRグリーンI
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| 名前 | |
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| IUPAC名 N',N'-ジメチル-N- [ 4-[(Z)-(3-メチル-1,3-ベンゾチアゾール-2-イリデン)メチル]-1-フェニルキノリン-1-イウム-2-イル]-N-プロピルプロパン-1,3-ジアミン | |
| 識別子 | |
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3Dモデル（JSmol） | |
| 9883000 | |
| チェムブル | |
| ケムスパイダー | |
PubChem CID | |
CompToxダッシュボード（EPA） | |
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| プロパティ | |
| C 32 H 37 N 4 S + | |
| モル質量 | 509.73 g /モル |
| 溶解度 | 通常、ジメチルスルホキシドに溶媒和されて供給される |
| 危険 | |
| GHSラベル： [1] | |
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| 警告 | |
| H341 | |
| P203、P280、P318、P405、P501 | |
特に記載がない限り、データは標準状態（25 °C [77 °F]、100 kPa）における材料のものです。 | |
SYBR Green I ( SG ) は、分子生物学において核酸染色剤として用いられる非対称シアニン色素[ 1 ]である。SYBRファミリーの色素は、現在Thermo Fisher Scientificが所有するMolecular Probes Inc.によって製造されている。SYBR Green I はDNAに結合し、結果として生じるDNA-色素複合体は、497ナノメートルの青色光 (λ max = 497 nm) を最もよく吸収し、緑色光 (λ max = 520 nm) を発する。この色素は二本鎖DNAに優先的に結合し、一本鎖DNAも染色するが、染色性能は低くなる。SYBR Green はRNAも染色することができるが、染色性能はssDNAよりも低い。
用途
SYBR Greenは、生化学および分子生物学の様々な分野で利用されています。定量PCR法の一部では、二本鎖DNAの定量化のための色素として使用されています。[ 2 ]また、ゲル電気泳動においてDNAを可視化するためにも使用されます。高濃度のSYBR Greenは、アガロースゲルを染色して存在するDNAを可視化するために使用できます。純粋な核酸の標識に加えて、SYBR Greenはフローサイトメトリーや蛍光顕微鏡検査のために細胞内のDNAを標識するためにも使用できます。これらの場合、細胞内のRNAに起因するバックグラウンドを低減するためにRNase処理が必要になる場合があります。
SYBR Safe、SYBR Green、PicoGreen、SYTO-16、SYTO-9、および新しい誘導体TOPhBuを含む、チアゾールオレンジベースのDNA色素の包括的な研究が発表されました。そこでは、これらの化合物の合成が公開され、二本鎖DNAに結合した際の蛍光増強を定量化するために分光学的に特性評価されました。低濃度でDNAを検出する色素の能力は、絶対蛍光増強（AFE）と相対蛍光増強（RFE）という2つの新しい指標を使用して評価されました。これらはqPCR実験でテストされ、感度とqPCR効率にいくつかの重要な違いが示され、分析目的でのDNAマーカー選択を容易にしました。[ 3 ] この研究では、Sybr Greenが最高の蛍光増強（AFE）を示し、PCR法に最良の特性を提供すると結論付けられました。研究された色素の中で2番目に優れていたのは、Sybr Greenと同様の分析性能を持つTOPhBuでした。
安全性
SYBR Green Iは、ヒト変異原性物質となる可能性のあるエチジウムブロマイドの代替品として販売されています。より安全に使用でき、エチジウムブロマイドの複雑な廃棄物処理の問題もないためです。しかし、DNAに高い親和性で結合できる低分子は、SYBR Greenを含め、 発がん性物質となる可能性があります。
化学物質の突然変異誘発能力を測定するエイムス試験を用いた研究では、同じ濃度で分析した場合、SYBR Green Iはエチジウムブロマイドよりも約30倍も変異原性が低いことが分かりました。[ 4 ]
類似のシアニン色素
- ピコグリーン（PG）
- SYBRセーフ
- SYBRゴールド
- チアゾールオレンジ（TO）
- オキサゾールイエロー（YO）
- セーフグリーン
- チャイ・グリーン
参照
参考文献
- ^ Zipper H; Brunner H; Bernhagen J; Vitzthum F (2004). 「SYBR Green IによるDNAインターカレーションと表面結合に関する研究、その構造決定および方法論的示唆」 . Nucleic Acids Research . 32 (12): e103. doi : 10.1093/nar/gnh101 . PMC 484200. PMID 15249599 .
- ^ Mackay IM; Arden KE; Nitsche A (2002年3月). 「ウイルス学におけるリアルタイムPCR」 . Nucleic Acids Res . 30 (6): 1292– 305. doi : 10.1093 / nar/30.6.1292 . PMC 101343. PMID 11884626 .
- ^ドマヒディ、ファルカス;コヴァチ、ベアトリクス。チェリ、レベンテ。カトナ、ゲルゲリー。ロザ、バラズ。他。 (2024 年 6 月 19 日)。「チアゾールオレンジ系 DNA 色素の総合的研究」。ケムフォトケム。土井：10.1002/cptc.202400080。ISSN 2367-0932。
この記事には、 CC BY 4.0ライセンス の下で利用可能なこのソースからのテキストが組み込まれています。 - ^ Singer VL; Lawlor TE; Yue S (1999年2月). 「サルモネラ／哺乳類ミクロソーム復帰突然変異試験（エイムス試験）におけるSYBR Green I核酸ゲル染色法とエチジウムブロマイド法の変異原性の比較」. Mutation Research . 439 (1): 37– 47. Bibcode : 1999MRGTE.439...37S . doi : 10.1016/s1383-5718(98)00172-7 . PMID 10029672 .
