ショーン・エキンス
イギリスの薬理学者

ショーン・エキンス
2020年のショーン・イーキンス
生まれる
クリーソープス、イギリス
母校アバディーン大学
ノッティンガム・トレント大学
知られているADME/Toxモデル
ファーマコフォア
医薬品研究開発のための新技術
科学者としてのキャリア
フィールド薬理学
ケモインフォマティクス
科学協力
動物実験代替法
機関
  • 化学におけるコラボレーション
  • 国際異物学会
博士課程の指導教員ガブリエル・M・ホークスワースとM・ダニー・バーク

ショーン・エキンスは、英国の薬理学者であり、 ADME/Tox、計算毒性学、ケモインフォマティクスの分野の専門家です。彼は、企業コミュニケーション会社Collaborations in Communicationsの一部門であるCollaborations in Chemistryに所属しています。また、 John Wiley & Sons社で4冊の書籍と1シリーズの編集者を務めています。

バイオグラフィー

ショーン・エキンズは、創薬分野で23年以上にわたる幅広い経験を持つ科学リーダーです。 1970年3月2日、イギリスのクリーソープスにて、ジョン・エキンズとエルシー・メイ・エキンズの息子として生まれました。グリムズビーで育ち、エドワード・ストリート小学校・中学校を経て、ハブロック・スクールに進学しました。その後、ノッティンガム・トレント大学（旧称：ノッティンガム・ポリテクニック、1988～1991年）で応用生物学の理学博士号（HND）を取得し、1991年に卒業しました。その間、1989～1990年に英国フルマーの製薬会社セルヴィエ社でサンドイッチ・イヤー（1年間）を過ごし、そこで創薬への関心を育みました。エキンスはその後、アバディーン大学で臨床薬理学の修士号（1991～1992年）を取得し、「S12363の代謝におけるシトクロムP450とフラビン含有モノオキシゲナーゼの相対的役割に関する考察」[1]と題する学位論文を執筆した。その後、1996年にセルヴィエの資金援助を受けてアバディーン大学で臨床薬理学の博士号を取得し、「精密切片肝切片における異物代謝の維持と凍結保存：単離肝細胞に代わるin vitroモデルの評価」と題する論文を執筆した。博士課程在学中、動物モデルの代わりに 、薬物間相互作用を計算的に予測することに興味を持つようになった。

1996年から1998年にかけて、エキンスはイーライリリー・アンド・カンパニーの研究所でポスドク研究員として研究を続け、あまり知られていないCYP2B6の特性を明らかにし、この酵素に計算手法を適用しました。彼は他のP450の薬物間相互作用のKiデータを収集し、ファーマコフォアを生成しました。そして、モデルをテストするためのテストセットを作成し、最終的に発表しました。[2] [3] [4] [5] [6]彼は、このようなモデルを用いて化合物ライブラリのプロファイリングを行い、薬物間相互作用を予測する方法について、画期的なアイデアを発表しました。[7] [8]

1998年後半、エキンスはファイザー社に入社し、薬物相互作用とADME特性の予測への関心を継続しました。1999年にはリリー社に移籍し、ADME/Tox予測グループを立ち上げました。1999年から2001年後半にかけて、P糖タンパク質[9] [10] [11] [12] 、 PXR [13]、酵素[ 14] [15]など、様々なタンパク質のファーマコフォアと統計モデルを作成しました。

2001年12月、彼は新興企業であるコンカレント・ファーマシューティカルズ（現ヴィタエ・ファーマシューティカルズ）[16]の計算創薬部門アソシエイトディレクターとして働き始めました。ADME/Toxおよび標的の計算モデルの開発を担当し、この間、 ADME/Toxタンパク質の多薬理学に興味を持つようになりました。2004年にはGeneGo（現トムソン・ロイター傘下）の計算生物学部門バイスプレジデントに就任し、MetaDrug製品（特許出願中）を開発しました。[17] [18] [19] [20]

2005 年に彼はアバディーン大学で「ヒトにおける薬物相互作用を予測するための計算および in vitro モデル」と題する論文により理学博士号を取得しました。

2006年から2016年まで、Ekins氏はCollaborative Drug Discoveryを含むいくつかの企業にコンサルティングを提供しました。

2011年、エキンス氏はサンフィリッポ症候群の治療に取り組むフェニックス・ネストを共同設立しました。

2015年、エキンスはCollaborations Pharmaceuticalsを設立しました。同社は、複数の希少疾患および感染症に対する革新的な治療薬の研究開発を行う非上場企業です。Collaborations Pharmaceuticalsは、学術界や企業と提携し、早期の前臨床段階の資産を特定し、臨床段階へと移行させています。

また、Ekins は、薬物トランスポーターのファーマコフォア、免疫測定の交差反応性を予測するためのケモインフォマティクス、核受容体-リガンドの共進化を研究するためのモデル、PXR アゴニストとアンタゴニストの計算モデル、大規模データセットとクラウドソーシング データの分析などのトピックに関する独立した研究と共同研究も行っています。

医薬品データのオープン化

2010 年、ショーン・エキンスはデータ共有と医薬品データのよりオープンな利用に関する重要な提唱論文の共著者となり、次のような論文を発表しました。

  • 前臨床ADME/Toxデータを競争前に評価する必要性について[21]
  • 製薬業界でクラウドソーシングをどのように活用できるかについて[22]
  • 薬剤経済学の計算モデルを科学界でどのように共有できるかについて[23]
  • ケモインフォマティクスにおいてどのようなツールがまだ必要とされているのか、そしてモデル共有の方法がどのように重要になるのかについて[24]
  • 製薬会社がオープンソースの分子記述子とアルゴリズムをどのように利用して、学術界や顧みられない病気のコミュニティと計算モデルの共有を促進できるかについて[25]

Ekins 氏はChemSpiderの諮問グループに所属し、医薬品データセットを提供しました。

結核とマラリア研究

ビル＆メリンダ・ゲイツ財団の資金提供を受けたCollaborative Drug Discovery（共同創薬）に勤務していた彼は、製薬業界から公開されたデータを分析しました。具体的には、グラクソ・スミスクライン社が提供した13,000種類以上の化合物に関するマラリアスクリーニングデータでした。この研究の結果、科学界はこのようなデータを額面通りに受け取るべきではないという重要な警告を受けました。[26]これらのデータは、他のマラリアおよび結核のデータと比較されました。[27]

さらに彼は、重要な物理化学的特性を明らかにする結核データの非常に大規模なライブラリの解析を提供した。[28] [29]

エキンスは結核研究におけるギャップ、特にケモインフォマティクスと他の計算ツールをどのように統合して効率性を向上させることができるかを強調し[30]、結核に有効な化合物のスクリーニングを支援するために計算方法をどのように使用できるかの例を示しました[31]。

2011年2月、エキンスは共同創薬研究の一環としてMM4TBプロジェクトに参加し始めた。[32]このプロジェクトはスチュワート・コール教授が主導した。[33]

科学モバイルアプリケーション

エキンスはアントニー・ジョン・ウィリアムズと共同で、サイエンスモバイルアプリケーション[34]と呼ばれるウィキを開発し、2011年6月21日に公開しました[35]。当初は化学アプリ[36] （提出された論文用）を追跡したいという願望から始まり、その後化学教室での科学アプリを追跡するようになりました[37] 。

データベースの品質

エキンスとアントニー・ウィリアムズは、それぞれのブログを通じて、NCGC NPCブラウザのリリースから数日以内に科学界に警告を発しました。[38]分子構造に重大な誤りがあることを指摘しました。これらの指摘は後にDrug Discovery Today誌の論説記事として掲載されました。[39]

コラボレーション医薬品

2015年、ショーンは機械学習アプローチの応用から生まれたコラボレーションとプロジェクトを基盤として、Collaborations Pharmaceuticals社を設立しました。これらのプロジェクトは、結核、シャーガス病などの顧みられない病気や、バッテン病、ピット・ホプキンス症候群などの希少疾患を対象としています。これまでに、5つの希少疾患または顧みられない病気において8つの希少疾病用医薬品の指定を取得し、その成果は査読付き学術誌に広く発表されています。[SE1] 同社はこれまでに、NIHと国防総省から760万ドル以上の助成金を獲得しています。

エボラ研究

ショーンは2014年以来、エボラ出血熱の創薬研究に携わり、 19本の論文を発表しています。そのうちの1本は、機械学習モデルを用いてエボラ出血熱に有効な化合物を初めて特定した論文です（こちら）。[SE2] この論文では、in vitroで3つの活性化合物（チロロン、キナクリン、ピロナリジン）が特定され、その後、in vivoで試験され、マウスで活性が確認されました（論文1、2、3）。（最近では、ピロナリジンがモルモットのin vivoでエボラ出血熱に活性を示すことが示されました。これらの分子はマールブルグ病にも活性を示し、エボラ糖タンパク質に結合します。）

シャーガス病研究

2015年、ショーンはシャーガス病を引き起こす寄生虫であるT.Cruziに対する活性を持つ分子を予測する機械学習モデルを開発しました。ピロナリジンは、in vitroおよびin vivoで活性が確認された複数の分子の一つでした。

SARS-CoV-2研究

2020年に、エボラに対する活性があると特定された3つの分子がSARS-CoV-2に対してテストされ、チロロンがMERSを阻害することが示され、他のウイルスを阻害することがよく知られているため、潜在的な関心を集めました。

ソフトウェア製品

Collaborations Pharmaceuticals Inc. は、データキュレーションと機械学習を活用して創薬や計算 ADME/Tox に関連するモデルをキュレートする Assay Central®、MegaTox®、MegaTrans®、MegaPredict® などのソフトウェア製品をいくつか開発しました。

編集職

Ekins は、Wiley の次の 4 冊の書籍の編集または共同編集を担当しています: Computer Applications in Pharmaceutical Research and Development (2006)、Computational Toxicology: Risk Assessment For Pharmaceutical and Environmental Chemicals (1007)、Drug Efficacy, Safety, and Biologics Discovery (2009)、Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research (2011)。これらの書籍はすべて、計算技術と医薬品研究開発への応用に根底で関連しています。

彼が最近編集した本は『Computational Toxicology: Risk Assessment for Chemicals』で、これは以前の本『Computational Toxicology: Risk Assessment for Pharmaceutical and Environmental Chemicals』の続編です。

特許

エキンスは4件の米国特許[40]と[41]の発明者である。

最も引用された論文

エキンスの最も引用されている科学論文は以下の通りである: [42]

  1. 創薬のためのインシリコ薬理学：仮想リガンドスクリーニングおよびプロファイリングの方法、British journal of pharmacology、2007年（引用数959、2025年4月1日）
  2. 創薬のためのインシリコ薬理学：標的とその先への応用、British journal of pharmacology、2007年（引用数531、2025年4月1日）
  3. エンドツーエンドの創薬・開発における機械学習の活用、Nature materials、2019年（引用数522、2025年4月1日）
  4. 人間のADMEパラメータのシミュレーション予測の進歩、薬理学および毒性学的方法ジャーナル、2000年（引用数384、2025年4月1日）

参考文献

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