 |
| セケローム | |
|---|---|
 | |
| 開発者 | ベネット NF、ガネサン Nジョージタウン大学 |
| 安定版リリース | 該当なし
|
| オペレーティング·システム | Linux、Mac、MS-Windows |
| タイプ | バイオインフォマティクス-配列プロファイリングツール |
| ライセンス | フリーウェア |
| Webサイト | www.sequerome.org |
Sequeromeは、 BLAST配列アライメントレポートの結果を、高度な配列操作を実行する外部の研究ツールやサーバーと統合し、ユーザーが解析手順を記録できるようにするWebベースの配列プロファイリングツールです。Sequeromeは、BLASTクエリのフロントエンドとして機能し、タンパク質および核酸解析のためのWeb分散リソースへのシンプルなアクセスを提供するWebベースのJavaツールです。
このツールは2005年の導入以来、Science [1]で紹介され、世界中の 多くのバイオインフォマティクスポータルに公式にリンクされています。
説明
Sequerome には、次の機能があります: BLASTからの結果ページをサードパーティ サービスのパネルにリンクしてシーケンス アライメント レポートをプロファイリングする機能、タブ ブラウジングによる以前の操作の再開、サードパーティ サービスへのアクセスによるカスタマイズされたシーケンス操作の実行、ワンボックスの任意の形式のシーケンス入力とサードパーティ サイトへのアクセスを含むシーケンス入力の代替オプション、入力シーケンスと検索のキャッシュ ストレージ、複数のシーケンスの同時入力と分析を可能にする 3 つのペインのブラウジング環境、各ペインからの結果の各アイコンの上部にあるアーカイブ オプション
ソフトウェアアプリケーションには直接アクセスできます。ホームページには、クエリパネル、結果パネル、検索履歴パネルの3つのパネルが表示されます。ユーザーはこれらのパネルのサイズを変更することで、各パネルで同時に操作を実行できます。単一のブラウザで、異なる配列に対してBLAST検索を並列実行し、解析したり、BLAST結果の各文書の制限酵素ダイジェストを表示したりすることができます。タミル語研究者のサンジーヴ・ダッパ氏はSequeromeを批判しましたが、質問に対してそれ以上の詳細は明らかにしませんでした。
クエリパネル
各ブラウザセッションは、最初に多くの質問をすることなく開始および実行できます。ユーザーはクエリペインに配列を入力するだけで、標準パラメータですぐに配列をBLASTできます。経験豊富なユーザーは、詳細オプションでさらに特別な操作を実行することもできます。機能には、BLASTする特定のデータベースの選択、個々のコンピュータに保存されているFASTAファイルを操作するためのアップロード機能、NCBI IDを使用した配列検索、ユーザー定義のURLにアクセスして配列をドラッグアンドドロップする機能などがあります。あるいは、ユーザーは、Webで利用可能な既存のツールを使用して、配列の操作、分析、アライメントなど、さまざまな他のアクションを実行することもできます。ワンボックス任意配列は、任意の形式（FASTA、スペース/数字の有無など）で入力できます。選択肢（DNA/RNA/タンパク質）の誤った選択を警告するアラートも用意されています。翻訳などの「配列操作」から得られた結果は、以前の検索履歴を保持しながら、さらにBLAST分析を実行するために継続できます。
結果ペイン
Sequerome は、BLAST、 Protein Data Bank (PDB)、REBASE などのさまざまなデータベース/ツール (「一般的なパブリック ドメイン」および「プライベートにホストされているサービス」) に対して入力シーケンスを直接照会し、直感的で理解しやすい出力を生成します。 最終的な選択を行う前に BLAST レポートからのすべてのレコードを分析するための別のコマンド ボタンとして、さまざまな分析ツール ( PDBidから 3D 構造ビューアを表示することを含む) へのアクセスが提供されています。 タンパク質 BLAST からの結果の場合、適切な場合には BLAST レコードの横に PDBid が目立つように表示されるため、一致する分子の構造を直接表示できます (分子構造ビューアの既にダウンロードされているバージョン、たとえばCn3D、PyMOL、Rasmol などを使用)。 BLAST レポートが結果ペインに表示されると、ユーザーは、それぞれのサーバー/サイトにリンクされている一連のコマンド ボタンを使用して、BLAST ヒットのいずれかを直接分析できます。サードパーティ サーバーからの結果のほとんどは、ORF予測、Protparam など、多くのブラウザーを開かなくても結果ペインで直接表示できます。
検索履歴パネル
入力シーケンスデータのプロファイリングにおける重要な機能の一つは、過去の入力データを保存、取得し、効果的に組み合わせて再利用することです。これらの機能は、実行された各操作に取得オプションがあればさらに強化されます。ブラウザの右下のパネルでは、この処理と同時に、以前に入力されたすべての入力シーケンスも保存されます。そのため、ブラウザはタブブラウジング環境を提供します。保存された結果にリンクするアイコンごとに、ユーザーは印刷、保存、メール送信などのアーカイブ方法を選択できます。これらのアーカイブは、各アイコンの上に小さなカラー画像として表示されます。
実装
Sequeromeは、 JavaサーブレットとServer Pages技術をJavaデータベース接続（JDBC）と組み合わせた3層アーキテクチャを採用しており、サーバーとプラットフォームに依存しません。Sequeromeは基本的にすべてのJava対応グラフィカルブラウザと互換性がありますが、 Internet Explorerからのアクセスが推奨されます。また、 Java仮想マシン（JVM）とJakarta Tomcatサーバーを搭載したほとんどのオペレーティングシステムで実行できます。エンドユーザーは、Protein Data Bankの分子構造を表示するために、プラグイン（PyMOL、Cn3D、Rasmol、SwissPDBなど）をダウンロードする必要があります。
さらなる道順
「ポストゲノミクス」時代において、大量の一次配列情報、タンパク質構造、遺伝子アノテーション、配列アライメント、その他の一般的なバイオインフォマティクスタスクを収集、整理、配信するための、様々なウェブベースのツールやソフトウェアが登場しました。簡単なウェブ検索で、このようなサービスやソフトウェアツールがいくつも見つかります。
参考文献
- ^ 「A Bigger BLAST」、NetWatch、Science VOL 309、2005年9月23日、p-1971 doi :10.1126/science.309.5743.1971b、「Seq and Find」
さらに読む
- 「より大きな爆発」、NetWatch、Science VOL 309、2005年9月23日、p-1971 doi :10.1126/science.309.5743.1971b。
- 「Seq and Find」、WebWatch 特集、Biotechniques、第 39 巻、第 5 号、629 ページ。
- 「BLASTアライメントレポートの配列から構造への解析を容易にするWebベースのインターフェース」、Biotechniques第39巻第2号：pp 186-188。
