サブゲノムmRNAは、本質的には、元の転写されたテンプレート鎖のより小さなセクションです。
3'から5'のDNAまたはRNA
転写中、元の鋳型鎖は通常、3'末端から5'末端に向かって最初から最後まで読み取られます。サブゲノムmRNAは、転写が鋳型鎖の3'末端（または新たに合成される鋳型鎖の5'末端）から開始され、鋳型鎖の5'末端に向かってコピーを開始した後、鋳型の末端に「ジャンプ」して鋳型鎖の5'末端の最後のヌクレオチドをコピーすることで生成されます（これにより、新たに生成された鎖の3'末端が完成します）。
その結果、翻訳された鎖は、元のテンプレートと（転写がテンプレートのどの部分を飛び越えたかに応じて）程度の差はあれ5'末端が類似し、3'末端もテンプレートと類似することになる。[1]
5'から3'（プラスセンス）のウイルスRNA
プラスセンス（5'→3'）ウイルスRNAは、目的のウイルスタンパク質に直接翻訳される可能性があり、3'→5'の場合と同様のプロセスを経ます。ウイルスRNAの一部は、翻訳中にスキップされる可能性があります。
結果
その結果、同じmRNA鎖から、5'末端は（程度の差はあれ）類似し、3'末端は同じである、多種多様なタンパク質が生成される。あるいは、プラス鎖ウイルスRNAから異なるタンパク質が生成されることもある。
新しく生成された鎖の5'セクションはテンプレート鎖の5'セクションと一致し、テンプレート鎖のこのセクションは「ネストセット」と呼ばれます。[2]
3フィート5フィート GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCACGTTATATATACGTTATTTCTGCGCGGAAAAAAAAA - オリジナルテンプレートストランド 5フィート3フィート GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCACGTTATATATAC--------------AAAAAAAAA | GCCGCCCCGTATCGATCGTAGCGCAC--------------------------AAAAAAAAA | = サブゲノム mRNA。 GCCGCCCCGTAT----------------------------------------AAAAAAAAA | GCCGCCCCGTAT = ネストされたセット - ジャンプを示します。
例
この複雑な転写方法は、一般的にウイルス、特に一本鎖プラス鎖RNAウイルスやボルチモア分類システムによるクラスIVウイルス（例えばニドウイルス目）に限定されます。
これは主に、より多くの遺伝情報をより短い量の遺伝物質に圧縮するために使用されます。[3]
文学
- ^ Wu B, White KA (2007年12月). 「RNAウイルスの複製と転写をポリメラーゼを介して分離する：機能的および進化的洞察」. The EMBO Journal . 26 (24): 5120–30 . doi :10.1038/sj.emboj.7601931. PMC 2140117. PMID 18034156 .
- ^ Le, TM; Wong, HH; Tay, FP; Fang, S; Keng, CT; Tan, YJ; Liu, DX (2007年8月). 「重症急性呼吸器症候群コロナウイルスのサブゲノムmRNA8にコードされるタンパク質の発現、翻訳後修飾、および生化学的特性解析」. FEBS J. 274 ( 16): 4211–22 . doi : 10.1111/j.1742-4658.2007.05947.x . PMC 7164070. PMID 17645546 .
- ^ Xu W, White KA (2008年2月). 「黄色ブドウ球菌ウイルスにおけるサブゲノムmRNA転写：転写のダウンレギュレーションと制御RNAエレメントの進化」. Virology . 371 (2): 430–8 . doi : 10.1016/j.virol.2007.09.035 . PMID 17988704.
