変装した分類群
仮説的な例
グループ

A1

B

A2

C

B は系統学的には A グループの一部ですが、分類学的にはそうではないため、A は側系統的です。

細菌学において、変装した分類群とは、進化の歴史から、類似またはより低いランクの別の単位から進化したことが明らかであり、親単位を側系統化している生物分類上の種、属、またはより高位の単位である。[1] [2]これは、急速な進化によって新しい種が祖先グループとは根本的に異なるように見え、（最初は）進化段階として残された親系統群に属すると認識されない場合に起こる。

この用語は細菌学に由来しますが、生命の樹全体に類似の例が見られます。例えば、四足動物は魚類の祖先から進化しましたが、一般的に魚類とは見なされていないため、「魚の化身」と言えるでしょう。

多くの場合、問題の分類群を親群に再分類することで側系統は解決されます。しかし、細菌学では、群名の変更は病原体の正体に関する混乱を引き起こし、深刻な結果を招く可能性があるため、一部の群では一般的に避けられています。

例

赤痢菌

細菌性赤痢の原因菌である赤痢菌は、毎年100万人以上が死亡する重篤な感染症です。 [ 3]この属（S. dysenteriae、S. flexneri、S. boydii、S. sonnei ）は、一般的な腸内細菌である大腸菌から進化したため、大腸菌は側系統を形成しています。大腸菌自体も重篤な赤痢を引き起こす可能性がありますが、[4]大腸菌と赤痢菌の遺伝子構造の違いにより、病状や症状が異なります。[2]

大腸菌は、一部の株がゲノムのわずか20%しか共通していないため、分類が困難な種です。本種は非常に多様性に富んでいることが証明されており、理想的にはさらに細分化された分類群に分けられるべきです。しかしながら、大腸菌と赤痢菌に関連する疾患は、医療現場での混乱を避けるため、再分類を複雑化させています。そのため、赤痢菌と大腸菌のいくつかの亜系統は、ゲノム学的証拠がそうでないことを示唆しているにもかかわらず、未分類のままとなっています。

セレウス菌-グループ

同様に、B. cereus群のバチルス属菌（B. anthracis、B. cereus、B. thuringiensis、B. mycoides、B. pseudomycoides、B. weihenstephanensis、B. medusa）は、16S rRNA配列が99～100%相同であり（97%は一般的に適切な種の限界とされている）、単一種とみなされるべきである。[5]この群の一部は、タンパク質をコードするプラスミドを獲得することで他のバチルス株から発生したと考えられており、したがってこの群は多系統性を有する可能性がある。炭疽菌などの医学的理由により、現在の別々の種の配置はそのまま維持されている。[5]

微生物の大きな属

  • 細菌属シュードモナスは、数世代にわたる分類手法の進化により、その種数は驚くべき規模にまで増加し、20世紀半ばまでに約800種が確認されました。[6] [7]窒素固定細菌であるアゾトバクター属とアゾモナス・マクロサイトゲネス種は、シュードモナス属の種から進化しました。[8]その窒素固定能力と異常な特徴から、アゾトバクターは「偽装シュードモナス」と表現されています。 [1]
  • バチルス属は微生物学の歴史の初期に記述されたため、遺伝的に非常に多様な266種を有する大きな属です。[9]パエニバチルス属とブレビバチルス属はバチルス内に含まれる系統群です。[10]バチルスは医学的に非常に重要であり、パエニバチルスは研究に使用されるモデル生物であるため、系統発生を反映して名前を変更すると混乱が生じます。

参照

参考文献

  1. ^ ab Rediers, H; Vanderleyden, J; De Mot, R (2004). 「Azotobacter vinelandii：偽装したPseudomonasか？」Microbiology . 150 (Pt 5): 1117–9 . doi : 10.1099/mic.0.27096-0 . PMID  15133068.
  2. ^ ab Lan, R; Reeves, PR (2002). 「偽装した大腸菌：赤痢菌の分子起源」. Microbes and Infection / Institut Pasteur . 4 (11): 1125–32 . doi :10.1016/S1286-4579(02)01637-4. PMID  12361912.
  3. ^ 世界保健機関。細菌性赤痢。
  4. ^ Tauschek M, Gorrell R, Robins-Browne RM (2002年5月). 「大腸菌の腸管毒素原性株による耐熱性腸管毒素の分泌におけるタンパク質分泌経路の同定」. PNAS . 99 (10): 7066–71 . Bibcode :2002PNAS...99.7066T. doi : 10.1073/pnas.092152899 . PMC 124529. PMID  12011463 . 
  5. ^ ab Bavykin, SG; Lysov, YP; Zakhariev, V.; Kelly, JJ; Jackman, J.; Stahl, DA; Cherni, A. (2004). 「16S rRNA、23S rRNA、およびgyrB遺伝子配列解析を用いたBacillus cereus群微生物の系統関係の解明」. Journal of Clinical Microbiology . 42 (8): 3711–30 . doi :10.1128/JCM.42.8.3711-3730.2004. PMC 497648. PMID 15297521  . 
  6. ^ Palleroni, NJ (2010). 「シュードモナスの物語」.環境微生物学. 12 (6): 1377– 1383. Bibcode :2010EnvMi..12.1377P. doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.02041.x . PMID  20553550.
  7. ^ Cornelis P編 (2008). Pseudomonas: Genomics and Molecular Biology (第1版). Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-19-6。
  8. ^ Young, JM; Park, D.-C. (2007). 「窒素固定菌属アゾトバクターとシュードモナス属の推定シノニム」. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 57 (12): 2894– 2901. doi : 10.1099/ijs.0.64969-0 . PMID  18048745.
  9. ^ Bacillus in LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (2020年11月1日). 「List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) moves to the DSMZ」. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 70 (11): 5607– 5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  10. ^ Xu, D; Côté, JC (2003). 「3'末端16S rDNAと5'末端16S-23S ITSヌクレオチド配列の比較から推定されるバチルス属菌類と関連属菌類の系統関係」. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 53 (Pt 3): 695– 704. doi : 10.1099/ijs.0.02346-0 . PMID  12807189.
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