マクドネルゲノム研究所
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| 設立 | 1993 |
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研究分野 | |
| 監督 | ジェフリー・ミルブラント |
| 位置 | ミズーリ州セントルイス |
| 所属 | |
| Webサイト | ゲノム.wustl.edu |
ミズーリ州セントルイスのワシントン大学にあるマクドネルゲノム研究所（エリザベス・H・アンド・ジェームズ・S・マクドネル3世ゲノム研究所）は、米国でNIHが資金提供している3つの大規模シーケンシングセンターのうちの1つです。[ 1 ]ワシントン大学医学部およびアルビン・J・サイトマンがんセンターと提携しているマクドネルゲノム研究所は、人間の健康と病気、および進化と他の生物の生物学を理解することを目的として、ゲノミクス研究の新しいアプローチを作成、テスト、実装しています。
歴史
1993年に設立されたマクドネルゲノム研究所（旧称ゲノムシーケンシングセンターおよびゲノム研究所）は、ヒトゲノムプロジェクトの主要メンバーとしてスタートし、最終的に完成した配列の25％以上を提供しました。[ 2 ] 2000年にヒトゲノムの作業草案が完成し、2003年にヒトゲノムの配列が完成したのち、マクドネルゲノム研究所は、その配列決定および分析スキルを他の多くの生物のゲノム決定に転用し、これらの種の最初の参照配列を提供しました。[ 3 ] 2014年、市民指導者および長年の慈善家であるエリザベス・H・マクドネル3世とジェームズ・S・マクドネル3世が、ゲノム研究所に2,500万ドルを寄付することを約束し、同研究所はワシントン大学のエリザベス・H・およびジェームズ・S・マクドネル3世ゲノム研究所に改名されました。[ 4 ]
プロジェクト
- がんゲノムアトラスは、成人のがん患者とその腫瘍の DNA 配列を比較して、がんにとって重要な遺伝子の変化を特定します。
- ヒトマイクロバイオームプロジェクトは、人間の健康と病気に関与する微生物のゲノムの配列を解析しています。
- 1000ゲノムプロジェクトは、遺伝子コードに書き込まれた膨大な人間の変異をカタログ化することを目指しています。
- ワシントン大学がんゲノムイニシアチブは、数百の腫瘍および正常サンプルのゲノムの配列解析を提供します。
- 小児がんゲノムプロジェクトは、セントジュード小児研究病院との共同研究で、世界で最も致命的な小児がんの原因となる遺伝子変化を特定することを目的としています。
- メディカル シーケンシングは、メタボリック シンドロームや視覚関連障害などの疾患のシーケンスをターゲットにして、患者の治療を個別化するのに役立ちます。
スタッフ
マクドネル・ゲノム研究所は、様々な分野から300名を超える常勤の教職員を擁しています。主な職員は以下の通りです。
ジェフリー・ミルブラント博士（医学博士、博士）：ミルブラント博士はマクドネルゲノム研究所のエグゼクティブ・ディレクターです。
活動
全ゲノム再配列:全ゲノム再配列グループは、主にがんに重点を置き、ヒト疾患のゲノム研究のためのサンプル取り込み、生産配列、配列分析パイプラインの開発と最適化に重点を置いています。
De Novo アセンブリ: De Novo アセンブリ グループは、さまざまな種のゲノムの配列決定された断片を取得し、それらを可能な限り連続的かつ正確に組み立てる役割を担っています。
微生物ゲノミクス:微生物ゲノミクス グループは、個々の細菌の配列決定から微生物種の集団ゲノミクス研究、複雑なメタゲノム サンプルの分析まで、さまざまな活動を行っています。
ターゲット再配列:ターゲット再配列グループは、PCR やハイブリッド選択技術など、いくつかの異なる方法を使用してゲノムの特定の領域を配列します。
トランスクリプトーム:トランスクリプトーム グループは、RNA の次世代シーケンシングに基づいて、トランスクリプトームのシーケンシングと分析のさまざまな側面に取り組んでいます。
データ
マクドネル・ゲノム研究所は、適切な品質分析を待って、すべての配列データを研究コミュニティに公開します。一部のデータは暫定的なものであり、欠落や誤りが含まれる可能性があります。また、新しいデータやアセンブリバージョンの入手可能性に応じて、データは変更されることがあります。
NHGRIのデータ公開ポリシーに従い、すべてのユーザーはデータソースとしてマクドネルゲノム研究所を認めなければなりません。 [ 5 ]
アウトリーチ
マクドネルゲノム研究所のアウトリーチ部門は、国立ヒトゲノム研究所のマイノリティ行動計画に応えて2003年に設立されました。 [ 6 ]設立以来、アウトリーチ部門は、ゲノミクスとこの分野でマクドネルゲノム研究所が果たす役割について、K-12の生徒とコミュニティ全体を教育する活動を行ってきました。アウトリーチは、ツアー、プレゼンテーション、科学フェア、さまざまなオフサイト訪問を通じて何千人ものパトロンを受け入れてきました。部門は、ゲノミクス/遺伝学の分野で博士号を取得する少数民族の数を増やすことを目的とした、ゲノミクス研究の機会を設立しました。OGRの下で2つのプログラムが実施されており、学部生（学部生研究員）と新卒者（集中研究）に研究機会を提供しています。
設備
マクドネル・ゲノム研究所は、ミズーリ州セントルイスのワシントン大学医学部キャンパス内、フォレスト・パーク・アベニュー4444番地にあります。メトロリンク（セントラル・ウェストエンド駅）でアクセスできます。
マクドネル・ゲノム研究所は、通りの向かい側、ニューステッド・アベニュー222番地に独立したデータセンターを所有しています。2,000万ドルを投じて建設されたこの16,000平方フィート（約16,000平方メートル）のデータセンターは、100ラックを超える高密度コンピューティングシステムとストレージシステムを収容できる、完全冗長化された電源システムと冷却システムを備えています。
マクドネルゲノム研究所のデータセンターは、医学部キャンパスで最初の「グリーン」ビルであり、米国グリーンビルディング協会からエネルギーと環境デザインにおけるリーダーシップ（LEED）のゴールド認定を取得しました。[ 7 ]データセンターには、上げ床、冗長電源、冷却装置を備えた1,200平方フィート（110 m 2）のレガシーサーバールームも収容されています。
参考文献
- ^ Arbanas, Caroline (2006年11月30日). 「ゲノムセンターが1億5,600万ドルを受け取る」 . ワシントン大学セントルイス校. 2012年7月29日閲覧。
- ^パーディ、マイケル（2004年10月21日）「ゲノムセンターはヒトゲノム配列の『完成』に大きく貢献」ワシントン大学セントルイス校。 2012年7月29日閲覧。
- ^ Dryden, Jim (2003年4月23日). 「ヒトゲノムプロジェクト完了」 . ワシントン大学セントルイス校. 2012年7月29日閲覧。
- ^ Outlook Magazine Staff. (2015年4月1日). 「新しい名前、新しい時代」 . ワシントン大学セントルイス校. 2015年5月3日時点のオリジナルよりアーカイブ。2015年5月1日閲覧。
- ^ 「NHGRI迅速データ公開ポリシーの再確認と延長」genome.gov .国立ヒトゲノム研究所. 2003年2月. 2012年7月29日閲覧。
- ^ 「NHGRIの少数派行動計画について」genome.gov .国立ヒトゲノム研究所. 2012年2月23日. 2012年7月29日閲覧。
- ^ Arbanas,Caroline (2009年10月21日). 「ゲノムセンターのデータ施設がLEEDゴールド認証を取得」 . ワシントン大学セントルイス校. 2012年7月29日閲覧。
外部リンク
北緯38度38分13.7秒、西経90度15分24.8秒 / 北緯38.637139度 西経90.256889度 / 38.637139; -90.256889
