ゼノテキスト

ゼノテキストは、カナダの実験詩人クリスチャン・ボクによるバイオアートの進行中の作品です。このプロジェクトの主な目標は2つあります。第一に、 DNA鎖にエンコードされた詩を細菌デイノコッカス・ラジオデュランスに移植することです。第二に、細菌がこのDNA鎖を読み取り、理解可能な詩でもあるタンパク質を生成します。ボク自身は、このプロジェクトを「現代社会における遺伝学の美的可能性を探る文学的実践」と表現しています。この作品の宿主として極限環境細菌デイノコッカス・ラジオデュランスを用いることで、2つの詩が人類文明の終焉後も生き続けるという野望が抱かれています。 [ 1 ] [ 2 ]

インスピレーション

ボックは、ゼノテキストのインスピレーションの源として3つの主要な点を挙げている。1つ目は、パク・チュン・ウォン（パク・チョン・ウォン、パシフィック・ノースウェスト国立図書館の科学者）によるプロジェクトである。ウォンと彼のチームは、「イッツ・ア・スモール・ワールド・アフター・オール」の歌詞をDNAプラスミドとして暗号化し、それをデイノコッカス・ラジオデュランスに移植することに成功した。[ 3 ]ウォンの目標は、DNAに暗号化され微生物に保存された情報の可能性を示すことだった。ボックはこの長期保存という目標を借用し、詩をデイノコッカス・ラジオデュランスに保存するという決定はウォンの影響を受けたものと思われる。[ 4 ]

2つ目は、ポール・デイヴィス（シドニーのオーストラリア宇宙生物学センターの地球外探査（SETI ）教授）らが提唱する、地球外起源のメッセージがDNAに既にエンコードされている可能性があるという仮説です。デイヴィスは、DNAにエンコードされた情報は、遠く離れた文明同士が連絡を取るための最も効率的な手段であると考えていました。ボックは、そのような地球外からの伝達を「待つ」のではなく、DNAの持つコミュニケーション能力を現在活用しようとしています。[ 4 ]

3つ目は、先駆的なバイオアーティストであるエドゥアルド・カッツ による研究で、彼は聖書の創世記の一文をDNA鎖に暗号化し、それを大腸菌に移植して大量の放射線を照射し、文章に「編集」を加えた。[ 4 ] [ 5 ]しかし、ボクはカッツのこの実験を否定し、次のように主張している。

それは、ロバの鞍袋に聖書を詰め込み、ロバを地雷原の中を放浪させる行為と根本的に異なるようには思えません。もし可能であれば、挿入された聖書はロバの行動を何らかの根本的な形で変化させるはずです。言い換えれば、キリスト教に改宗させるかもしれません。[ 5 ]

詩

ボックは、DNAエンコードによる情報の忠実な伝達を超えることで、『ゼノテキスト』を先行作品と区別しようとしている。 [ 5 ]要約すると、ボックは生きた微生物に埋め込まれたDNA鎖として詩を保存するだけでなく、微生物を詩の共著者として参加させることを望んでいる。微生物がDNA詩を相補的なRNA鎖に転写すると、RNA鎖を構成するヌクレオチド、さらにはRNAがエンコードするアミノ酸配列も、判読可能な詩をエンコードすることになる。ボックはさらに、微生物がRNA詩を完全なヌクレオチド配列を反映したタンパク質に翻訳し、タンパク質詩として存在させることを期待している。[ 6 ]

ゼノコード

この偉業を成し遂げるために、ボクは「互いに暗号である」2つの詩を開発する必要があった。最初の詩を英語からDNAヌクレオチドに翻訳し、DNAヌクレオチドからRNAヌクレオチドに、RNAヌクレオチドからタンパク質に、そして最後にRNA/タンパク質を再び判読可能な英語の詩に翻訳することができた。[ 5 ] [ 6 ]

このように、ボックの暗号「ゼノコード」は、彼が「平文」と呼んだもの、コドン、そして「暗号文」を関連付ける複数の内部コードを必要としました。「平文」は、DNAに翻訳された最初の英語の詩でした。ボックは、合計64個のコドンの中から26個のコドンそれぞれにアルファベットの文字を任意に割り当てました。これらのDNAコドンは、相補的なRNAコドンに転写され、さらにアミノ酸配列に変換されます。2つ目の詩である「暗号文」は、このRNA/アミノ酸配列をボックの置換暗号を用いて英語に翻訳し直す​​ことで作成されます。この置換暗号は、アルファベットのすべての文字を互いにペアにすることで構成され、 DNAコドンとRNAコドンが互いに「ペア」になる方法を模倣しています。[ 6 ]

「オルフェウス」と「エウリュディケー」

この換字暗号の構成を解明し、二つの詩を同時に書けるようにすることは非常に困難であることが判明した。なぜなら「アルファベットのすべての文字を互いに参照するように組み合わせる方法は、7兆9050億8530万58万625通り（7,905,853,580,625通り）ある」からである。[ 5 ]ボクは、このプロセスを迅速化するために、暗号を入力すると、各暗号に存在する英語の単語ペアのリストを取得できるPerlプログラムを作成した。ボクはそのような暗号をいくつか試作し、その過程で「abased」を「iciest」に、「binary」を「caring」に変えるなど、暗号ING-ARY 786のような有効な単語の組み合わせを追跡しました。しかし、彼は創造と言語の関係について瞑想する詩も書こうとしており、これが課題をさらに困難にするもう一つの創造的な制約でした。[ 5 ]

ボクは適切な暗号を見つけ、古代の伝説[ 1 ]に着想を得て「オルフェウス」と「エウリュディケー」と名付けた二つの詩を完成させるのに4年を要した。二つの詩はそれぞれ14行のソネットである。詩の意味について、ボクは次のように説明している。

[「オルフェウス」]は、生命の美的創造についての男性的な主張として私が書きました。一方、[「エウリュディケー」]は、生命の悲しげな不在についての女性的な反論として微生物によって書きました。この二つの詩は、ペトラルカ風のソネットの対話に似ており、牧童がニンフに語りかける哀歌的な田園詩の伝統に倣っています。 [ 1 ]

さらに、遺伝子配列は、結果として得られるタンパク質が赤色蛍光タンパク質「mcherry」によってタグ付けされるようにコード化されており、したがって、微生物による赤色蛍光はタンパク質の生成が成功したことを意味し、この状況は「Eurydice」の「rosy」という単語によって自己反射的に表されています。

Xenotextの進捗状況

ボックは2002年には既にこのプロジェクトを構想し、2006年にはスチュアート・A・カウフマン（マッカーサー・フェローで、当時はボックが教鞭を執るカルガリー大学のバイオ複雑性・情報科学研究所のiCore議長）と話し合っていたが、4年がかりの作業を経て2011年春に『オルフェウス』と『エウリュディケー』を書き終えた。[ 1 ] [ 4 ]この期間中、ボックは自分の研究を完全に理解するために、独学でコンピュータープログラミングのスキル、遺伝学、プロテオミクスを学んだ。[ 7 ]

こうして、9年間の研究と概念的な試行錯誤を経て、ボックはついに実験の実現に着手した。まず、彼はDNA詩にエンコードされたタンパク質を、カルガリー大学生物複雑性・情報科学研究所（IBI）のスーパーコンピューターでシミュレートした。当時AlphaFoldはまだ開発されていなかったため、ボックは当時利用可能なRosettaソフトウェアを用いてタンパク質の折り畳みを予測した。次に、彼は遺伝子設計・合成会社であるDNA 2.0に仕様書を送り、DNA詩はプラスミドとして製造され、IBIに送り返された。2011年3月、IBIの生物学者たちはプラスミドを大腸菌株に移植した。[ 5 ]

当初、実験は成功に見えた。IBIはボク氏に、大腸菌が赤い蛍光を発していることを報告した。これはDNAからRNAへの変換（翻訳）とRNAからタンパク質への変換（転写）が起こったことを示している。ボク氏は2011年3月31日に一連のツイートとPoetry Foundationへの記事掲載で、この実験の成功を祝った。[ 8 ] 2011年4月初旬、ボク氏はMolyModのコンポーネントで構築したタンパク質の模型をマンチェスターのベリー美術館で展示した。[ 5 ]

しかし、2011年4月の第3週、ボクはIBIから、大腸菌が作り出したタンパク質詩が蛍光を発しているにもかかわらず、正しく形成されていないという通知を受けた。研究室は電気泳動を行い、タンパク質詩が予想サイズの半分しかないことを突き止めた。スチュアート・カウフマン博士の退職後、IBIでボクのパートナーとなったスイ・ファン博士は、タンパク質詩が破壊された正確な理由は不明だったが、DNA配列の反復性によって問題が発生したという仮説を立てた。つまり、細菌がDNA詩をウイルスと誤認して攻撃した可能性があるのだ。[ 5 ]ボクはこの挫折を振り返り、「私は事実上、最初の微生物作家ではなく、最初の微生物批評家を生み出したのだ」と皮肉を込めて語った。[ 1 ]

数ヶ月にわたる失敗の末、2012年10月3日、ボックはDNA 2.0社から、同社の研究室が大腸菌にタンパク質詩を完全に発現させることに成功したという知らせを受けた。これにより、ボックは「暗号化された遺伝子に反応して意味のある文章を書き込むことができる微生物を設計した史上初の人物」となった。2013年、ボックはワイオミング大学の研究室と共同で、真の標的細菌である極限環境細菌D.ラジオデュランスにDNA詩を埋め込むと発表した。[ 1 ]

しかし、 D.ラジオデュランス の研究はより困難であることが判明した。2015年のインタビューで、ボク氏は細菌の協力の欠如に不満を表明した。

極限環境細菌は遺伝子操作がより困難で、生成されるタンパク質が完全に発現しません。タンパク質を破壊しすぎて特性解析が不可能になるか、あるいは生成中に抑制されるかのどちらかです。正確には分かりませんが、タンパク質全体を安定的に生成しているわけではありません。[ 9 ]

2015年までに、ゼノテキストは14年間継続され、15万ドル以上の助成金が必要となった。[ 9 ]公衆に具体的なものを公開したいと考えたボクは、一連の詩、文章、イラストでプロジェクトの科学的枠組みを提供する「悪魔の魔道書」である「ゼノテキスト：第1巻」を出版した。 [ 9 ] [ 10 ]第1巻はゼノテキストの背景にある歴史や科学を記録したものではないが、「実験そのものを記録する第2巻の概念的な基礎を築く」ことを目指している。[ 10 ]

2015年と2016年には、第1巻の出版に続いていくつかの記事やインタビューが掲載されました。[ 11 ] [ 12 ] Xenotext: 第2巻は2025年6月3日に出版されました。このプロジェクトはピーター・ワッツの小説『エコープラキシア』で言及されており、小説の終盤に登場します。

参考文献

  1. ^ a b c d e f Xenotextとは何か？ | Christian Bök | Walrus Talks 、 2022年5月2日閲覧
  2. ^ Zala, Krista (2009年3月). 「Q&A: 遺伝子の中の詩」 . Nature . 458 (7234): 35. Bibcode : 2009Natur.458...35Z . doi : 10.1038/458035a . ISSN 1476-4687 . PMID 19262657 .  
  3. ^ Foote, Pak Chung Wong, Kwong-kwok Wong, Harlan. 「Organic Data Memory -sing the DNA Approach | January 2003 | Communications of the ACM」 . cacm.acm.org . 2022年5月2日閲覧。{{cite web}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク)
  4. ^ a b c d「Xenotext実験：Christian Bök氏へのインタビュー」pmc.iath.virginia.edu . 2022年5月3日閲覧。
  5. ^ a b c d e f g h i Wershler, Darren S. (2012-03-29). 「Xenotext実験のこれまでの成果」 . Canadian Journal of Communication . 37 (1): 43– 60. doi : 10.22230/cjc.2012v37n1a2526 . ISSN 1499-6642 . 
  6. ^ a b c「Xenotextの誕生」アメリカン・サイエンティスト2017年1月3日2022年5月3日閲覧。
  7. ^村上幸子 (2011年6月1日). 「SLSインタビュー：クリスチャン・ブック」メゾンヌーヴ. 2022年5月3日閲覧。
  8. ^ Foundation, Poetry (2022年5月2日). 「クリスチャン・ブックのXenotext作品集」 . Poetry Foundation . 2022年5月3日閲覧。
  9. ^ a b c「奇妙な科学：クリスチャン・ボクがXenotext：Book 1をリリース、世界初の生きた詩を創る試みの概要」カルガリーヘラルド。 2022年5月3日閲覧。
  10. ^ a b Bök, Christian (2015年10月5日). The Xenotext: Book 1 . Coach House Books. ISBN 978-1-77056-434-3。
  11. ^ 「黙示録のための詩」アメリカン・サイエンティスト誌、2017年2月6日。 2022年5月3日閲覧。
  12. ^ 「宇宙の果ての散文」 Engadget 2022年5月3日閲覧。

参照

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