足跡印刷アッセイ

分子生物学における方法

トープリンティングアッセイ（プライマー伸長阻害アッセイとも呼ばれる） ^[1]は、分子生物学においてメッセンジャーRNAとリボソームまたはRNA結合タンパク質との相互作用を調べるために用いられる手法である。^{[2]これは、より一般的に用いられる}DNAフットプリントアッセイとは異なる。トープリンティングアッセイは、翻訳開始複合体の形成を調べるために利用されてきた。^[3]

トープリントアッセイを行うには、対象となるmRNA、リボソーム、DNAプライマー、遊離ヌクレオチド、逆転写酵素（RT）などの試薬が必要です。^{[4]このアッセイでは、結合したリボソームによってブロックされるまでRTで}cDNAを生成し、その結果をシーケンシングゲルで観察すると、トープリントと呼ばれる短い断片が生成されます。

参考文献

^ Hartz, D.; McPheeters, DS; Traut, R.; Gold, L. (1988-01-01). 「翻訳開始複合体の伸長阻害解析」.リボソーム. Methods in Enzymology. 第164巻. pp. 419– 425. doi :10.1016/s0076-6879(88)64058-4. ISBN 978-0-12-182065-7. ISSN 0076-6879. PMID 2468068.
^ シロキフ, ニコライ E.; アルカラエヴァ, エレナ Z.; ヴァシレンコ, コンスタンチン S.; アフォニナ, ジャンナ A.; アレキナ, オルガ M.; キセレフ, レブ L.; スピリン, アレクサンダー S. (2010-01-01). 「異なる翻訳段階におけるリボソーム–mRNA複合体の定量分析」. Nucleic Acids Research . 38 (3): e15. doi :10.1093/nar/gkp1025. ISSN 0305-1048. PMC 2817456. PMID 19910372 .
^ Chang, JT; Green, CB; Wolf, RE (1995-11-01). 「リボソーム結合部位と内部相補配列を含む長距離二次構造の形成による大腸菌gnd mRNAの翻訳開始阻害」. Journal of Bacteriology . 177 (22): 6560– 6567. doi :10.1128/jb.177.22.6560-6567.1995. ISSN 0021-9193. PMC 177509. PMID 7592434 .
^ Kozak, M (1998-11-01). 「真核生物リボソーム-mRNA複合体のプライマー伸長解析」. Nucleic Acids Research . 26 (21): 4853– 4859. doi :10.1093/nar/26.21.4853. ISSN 0305-1048. PMC 147915. PMID 9776744 .

外部リンク

(A) プライマー伸長阻害（トープリント）アッセイの概略図

[1] Hartz, D.; McPheeters, DS; Traut, R.; Gold, L. (1988-01-01). 「翻訳開始複合体の伸長阻害解析」.リボソーム. Methods in Enzymology. 第164巻. pp. 419– 425. doi :10.1016/s0076-6879(88)64058-4. ISBN 978-0-12-182065-7. ISSN 0076-6879. PMID 2468068.

[2] シロキフ, ニコライ E.; アルカラエヴァ, エレナ Z.; ヴァシレンコ, コンスタンチン S.; アフォニナ, ジャンナ A.; アレキナ, オルガ M.; キセレフ, レブ L.; スピリン, アレクサンダー S. (2010-01-01). 「異なる翻訳段階におけるリボソーム–mRNA複合体の定量分析」. Nucleic Acids Research . 38 (3): e15. doi :10.1093/nar/gkp1025. ISSN 0305-1048. PMC 2817456. PMID 19910372 .

[3] Chang, JT; Green, CB; Wolf, RE (1995-11-01). 「リボソーム結合部位と内部相補配列を含む長距離二次構造の形成による大腸菌gnd mRNAの翻訳開始阻害」. Journal of Bacteriology . 177 (22): 6560– 6567. doi :10.1128/jb.177.22.6560-6567.1995. ISSN 0021-9193. PMC 177509. PMID 7592434 .

[4] Kozak, M (1998-11-01). 「真核生物リボソーム-mRNA複合体のプライマー伸長解析」. Nucleic Acids Research . 26 (21): 4853– 4859. doi :10.1093/nar/26.21.4853. ISSN 0305-1048. PMC 147915. PMID 9776744 .