ウリジン一リン酸合成 酵素(EC 4.1.1.23 、UMPS )(オロト酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ およびオロチジン-5'-脱炭酸 酵素)は、多くの重要な生合成経路におけるエネルギー輸送分子であるウリジン一リン酸 (UMP)の形成を触媒します。 [ 5 ] ヒトでは、この酵素をコードする遺伝子は 3番染色体 の長腕(3q13)に位置しています。[ 6 ]
構造と機能 この二機能性酵素は、オロト酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ(OPRTase、EC 2.4.2.10 )サブユニットとオロチジン-5'-リン酸脱炭酸酵素(ODCase、EC 4.1.1.23 )サブユニットという2つの主要ドメインを有する。[ 7 ] これらの2つの部位は、de novoウリジン一リン酸(UMP)生合成経路の最後の2つのステップを触媒する。OPRTaseによってオロト酸にリボース-Pが付加されてオロチジン-5'-一リン酸(OMP)が形成されると、ODCaseによってOMPが脱炭酸されてウリジン一リン酸が形成される。微生物では、これらの2つのドメインは別々のタンパク質であるが、多細胞真核生物では、2つの触媒部位は単一のタンパク質であるウリジン一リン酸合成酵素上に発現している。[ 8 ]
UMPSは外部条件に応じて様々な形態で存在する。試験管内においては、沈降係数 S 20,wが3.6の単量体UMPSは、リン酸などの陰イオンを添加するとS 20,w = 5.1の二量体となる。OPRTaseの生成物であるOMPの存在下では、二量体はより沈降速度の速いS 20,w が 5.6の形態に変化する。[ 9 ] [ 10 ] これらの異なる立体配座はそれぞれ異なる酵素活性を示し、UMP合成酵素単量体は低い脱炭酸酵素活性を示し、5.6 S二量体のみが完全な脱炭酸酵素活性を示す。[ 11 ]
2つの独立した触媒部位が1つのタンパク質に融合することで、単量体形態が安定化すると考えられています。UMPSにおける共有結合は、それぞれの触媒中心を含むドメインを安定化させ、原核生物における個々の触媒中心の濃度の1/10程度となる多細胞生物における活性を向上させます。分離した酵素を持つ他の微生物は、酵素をより活性の高い二量体形態に保つために、より高い濃度を維持する必要があります。[ 12 ]
融合 二機能性酵素UMPSの形成につながったOPRTaseとODCaseの融合は、生命の樹の異なる枝で明確に発生しています。まず、ほとんどの真核生物(例:後生動物、アメーボゾア、植物界、ヘテロロボセア)ではOPRTaseがN 末端に、ODCaseがC 末端に存在しますが、逆の融合、つまりOPRTaseがC 末端に、ODCaseがN末端に存在するものも存在することが示されています(例:寄生性原生生物、トリパノソーマ類、ストラメノパイル)。さらに、真菌などの他の真核生物群は、両方の酵素を別々のタンパク質として保存しています。[ 13 ]
融合順序は重要であるものの、UMPSにおける各触媒ドメインの進化的起源もまた研究対象となっている。OPRTaseとODCaseはどちらも遺伝子水平伝播を経ており、その結果、真核生物は細菌由来と真核生物由来の酵素を持つようになった。例えば、後生動物、アメーボゾア、植物界、ヘテロロボセアは真核生物由来のODCaseとOPRTaseを持つのに対し、アルベオラータとストラメノパイルは細菌由来の酵素を持つ。菌類は細菌由来のOPRTaseと真核生物由来のODCaseを持つのに対し、キネトプラスチドは逆の組み合わせを持つことから、他の再配置も可能である。[ 13 ]
融合順序と進化の起源の両方を融合させた生物は、その触媒ドメインの1つが細菌に由来し、もう1つが真核生物に由来する融合UMPSを持つことになります。[ 13 ]
これらの融合イベントの原動力は、獲得した熱安定性であると考えられる。ホモ・サピエンスの OPRTaseとODCaseの活性は、融合タンパク質よりも加熱によって大きく低下する。[ 14 ]
タンパク質会合の駆動力を決定するために、両ドメインを分離し、それらを結合させているリンカーペプチドを変化させる実験がいくつか行われた。熱帯熱マラリア原虫(Plasmodium falciparum) では、OPRTase-OMPDCase複合体は、単機能酵素と比較して、運動学的および熱的安定性を向上させる。[ 15 ] ホモ・サピエンス(H. sapiens) では、分離したドメインと融合したドメインは同様の活性を示すものの、前者はモノマー解離を促進する条件に対してより高い感受性を示す。[ 12 ] また、リンカーペプチドは触媒を不活性化することなく除去することができる。[ 14 ] ドノバン・リーシュマニア(Leishmania donovani)では、分離したOPRTaseは、熱安定性が低いかリンカーペプチドが欠如しているためか、検出可能な活性を示さない。[ 16 ]
調節 OMと複合体を形成するOPRTase UMPSは、そのOPRTaseの生成物であり、ODCaseの基質であるOMPによって複雑な調節を受ける。[ 17 ] OMPはOMP脱炭酸酵素活性のアロステリック活性化因子である。[ 10 ] 酵素濃度とOMP濃度が低い場合、OMP脱炭酸酵素は負の協同性を示すが、OMP濃度が高い場合、酵素は正の協同性を示す。しかし、酵素濃度が高い場合、これらの複雑な速度論は現れない。[ 17 ]オロチン酸PRTase活性は、低濃度のOMP、 [ 18 ] リン酸、[ 8 ] およびADPによって活性化される。[ 19 ]
メカニズム
OPRTase 熱帯熱マラリア原虫(Plasmodium falciparum)の OPRTaseは、OMPの合成と分解においてランダムな経路を辿ります。遷移状態 解析では、同位体効果と量子計算を用いて、完全に解離したジアニオン性オロチン酸構造、リボカチオン、および求核性ピロリン酸分子が明らかになりました。しかしながら、ほとんどのN-リボシルトランスフェラーゼはプロトン化された中性脱離基を含むのに対し、脱プロトン化されたオロチン酸はカチオン性遷移状態において好ましい脱離基ではないため、これは予想外のことです。[ 20 ]
OPRTaseはI型PRTaseの一種であり、活性部位の隣に顕著なループを有する。このループは開状態では柔軟であり、一部のOPRTaseの電子密度マップではほとんど確認できない。触媒作用が起こるためには、一方のサブユニットのループがもう一方のサブユニットの活性部位を覆う二量体が存在する必要がある。サルモネラ・チフス菌(Salmonella typhimurium) では、新たな反平行βシートのペアが形成され、ループ内、ループとタンパク質の残りの部分、そしてループとリガンドの間に5つの新たな原子間接触が形成される。[ 21 ]
ループの動きに関しては2つの可能性が考えられる。それは、剛直な動きをするか、あるいは無秩序な構造から秩序を獲得するかのどちらかである。OPRTaseでは後者のシナリオの方が起こりやすいと思われる。ペプチドの新たな秩序とループ内の水素結合形成、ループとタンパク質の残りの部分、そしてループとリガンドの間にはエネルギーバランスが存在するはずである。酵素-Mg-PRPP複合体では、閉じた構造と開いた構造の間に30:1の平衡が存在し、これは閉じた構造が優先されることを示唆している。[ 21 ]
触媒ループ残基には様々な役割が提案されている。まず、ループの動きと基質触媒の配置には相関関係があるように思われる。生物学的反応において、ピロリン酸(PPi)分子へのプロトン移動は、PPiのpKaが9であるにもかかわらず、負電荷の蓄積を最小限に抑えることができる。Lys26、His105、およびLys103は、αリン酸位へのプロトン移動の候補である。しかし、側鎖や金属イオンが生成されたPPiの負電荷の一部を中和する可能性があるため、必ずしもそうではないかもしれない。遷移状態の幾何学的安定化も、ループへの関与によって得られる可能性がある。[ 21 ]
ODCase CallahanとMiller(2007)は、ODCaseのメカニズムを3つの提案にまとめています。1つ目は、静電ストレスによる基質カルボキシル基の活性化です。リン酸基の結合は、カルボキシル基と負に帯電したAsp残基(Saccharomyces cerevisiaeではAsp91)の並置を伴います。負電荷間の反発により、遷移状態付近のエネルギー値が上昇すると考えられます。しかしながら、結晶構造解析や、カルボキシル基がカチオン性置換基に置換された基質類似体に対する S. cerevisiae 酵素の親和性の欠如は、この理論に反する証拠を示しています。[ 22 ]
脱炭酸反応前のO4またはO2上のOMPのプロトン化(N1上のイリド形成を伴う)も検討されてきた。結晶構造においてO4またはO2近傍にプロトン供与体が存在しないことは、この説を否定する証拠であり、15N実験におけるイリド生成の排除が制限段階であることも否定的である。さらに、電子安定剤の不在により、プロトン化された中間体の生存可能性に疑問が生じている。結果として、C6とC7間の結合が、前者のプロトン化によってカルバニオン状態を経て切断されるという説が提唱されている。[ 22 ]
最後に、触媒作用は単純な静電引力によって起こる可能性がある。C6カルバニオンの形成は、活性部位のカチオン性リジンとの双極子相互作用を生み出すと考えられる。しかし、これは触媒なしのプロセスと比較した場合の速度増加を説明できない。[ 22 ]
臨床的意義 UMP合成酵素欠損は、オロト酸尿症 と呼ばれる代謝障害を引き起こす可能性があります。[ 23 ]
この酵素の欠乏はホルスタイン牛 の常染色体劣性 遺伝形質であり、出産前に死亡を引き起こします。[ 24 ]
この酵素の欠損は、モデル生物である線虫Caenorhabditis elegansを 用いて研究することができる。rad -6 株は、タンパク質のオロチジン5'-脱炭酸酵素ドメインを除去する未熟な終止コドンを有する。このドメインは、ゲノムにコードされている他のタンパク質には存在しない。この株は、生存率と繁殖力の低下、成長の遅れ、放射線感受性など、多面的な表現型を示す。[ 25 ]
薬理学的重要性 UMPSとその2つの独立したドメインであるODCaseとOPRTaseは、L. donovani やP. falciparum などのChromoalveolata分類群の寄生虫の生存に必須であることが示されています。[ 16 ] [ 26 ] UMPS、ODCase、およびOPRTaseは生物間で異なるため、種特異的な阻害剤の研究が行われています。[ 20 ] [ 26 ]
阻害
OPRTase OPRTase阻害に関する研究は、基質類似体に基づいています。結核菌 において、最も有望な阻害剤の2つは、2,6-ジヒドロキシピリジン-4-カルボン酸と3-ベンジリデン-2,6-ジオキソ-1,2,3,6-テトラヒドロピリジン-4-カルボン酸です。後者の結合エンタルピーとエントロピーは、高親和性リガンドに対応します。親油性、溶解性、透過性、平衡定数などの特性が研究されています。[ 27 ]
セレン化生成物も利用されている。Abdoら (2010)は、電子豊富な芳香族基質を用いて2-エトキシエタンセレン酸の反応を行い、(2-エトキシエチル)セレノエーテルを生成した。これらは5-ウリジニルファミリーなどのアリールセレン化生成物となり、マイクロモル未満の濃度で熱帯マラリア原虫(P. falciparum) およびホモサピエンス(H. sapiens) において阻害効果を示した。[ 28 ]
ODCase ODCase阻害剤は、OMPまたはUMPリングの修飾などの基質類似体からも得られます。ホモ・サピエンス では、ODCaseはUMP由来のハロゲン化化合物(例:5-FUMP、5-BrUMP、5-IUMP、6-IUMP)によって阻害されています。[ 29 ]
Methanobacterium thermoautotrophicum では、異なる戦略が適用され、シチジン-5'-モノリン酸などの弱い相互作用リガンドを修飾し、バルビツール酸リボヌクレオシド-5'-モノリン酸、キサントシン-5'-モノリン酸に誘導体化する。[ 30 ] P. falciparum ODCaseは、シチジン-5'-モノリン酸N3とN4の修飾によって阻害することに成功した。[ 31 ]
インタラクティブパスウェイマップ 以下の遺伝子、タンパク質、代謝物をクリックすると、それぞれの記事にリンクします。 [ §1 ]
参照
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