UTRdb

UTRdb 2.0

コンテンツ
説明	真核生物mRNAの非翻訳領域の配列と制御モチーフ
生物	真核生物
接触
研究室	Università degli Studi di Bari、Piazza Umberto I、1、70121 Bari BA、イタリア
著者	クラウディオ・ロ・ジュディチェ
主な引用	ロ・ジュディチェら（2023）[1]
アクセス
Webサイト	http://utrdb.cloud.ba.infn.it/utrdb/

UTRdb 2.0は、真核生物mRNAの5'および3' 非翻訳領域（UTR）に焦点を当てた専門データベースUTRdbのアップデート版です。これらのUTRは、 mRNAの核-細胞質輸送、翻訳効率、細胞内局在、mRNAの安定性など、様々なプロセスに影響を及ぼすことで、遺伝子発現の転写後制御において重要な役割を果たしています。1996年のリリース以来、UTRdbはUTR配列とその機能的意義を研究する研究者にとって貴重なリソースとなっています。

コンテンツと機能

UTRdb 2.0は、573種の600万以上の遺伝子から得られた2,600万以上のエントリを網羅した包括的なコレクションです。このデータベースには、UTR機能の理解を深めるための厳選された機能アノテーションが付加されています。これらのアノテーションには以下が含まれます。

• CAGEタグ：5' UTRの完全性を示す
• ポリAシグナル：3' UTRの完全性を示す
• uORFとIRES：5' UTRの上流オープンリーディングフレーム（uORF）と内部リボソームエントリーサイト（IRES）の注釈付け
• miRNAターゲット：実験的に検証されたmiRNAターゲットの3' UTRへの注釈付け
• 進化的に保存されたブロック：種を超えて保存された領域の特定
• Rfamモチーフ：機能に関連するRNAモチーフを認識する
• ADARを介したRNA編集：ADAR酵素を介したRNA編集イベントの注釈
• m6A修飾：N6-メチルアデノシンに関連するmRNA修飾のマーキング

Webインターフェースとアクセス

UTRdb 2.0は、ユーザーが様々な基準に基づいてUTRのサブセットを選択・取得できる柔軟なウェブインターフェースを提供します。このツールは、さらなる分析のためにデータにアクセスするための包括的なダウンロードオプションを提供しています。^{[1] [2]}

参考文献

1. Lo Giudice、キアラ;ザンベリ・フランチェスコ。キアラ・マッテオ;パヴェシ・ジュリオ。タンガロ マルコ アントニオ;ピカルディ・エルネスト。ペソーレ・グラツィアーノ（2023年1月）。 「UTRdb 2.0: 真核生物の mRNA の非翻訳領域の包括的で専門家が厳選したカタログ」。核酸研究51 (D1): D337 – D344。土井：10.1093/nar/gkac1016。PMC  9825521。PMID  36399486。
2. ジョルジョ、グリッロ;トゥーリ・アントニオ。リチュッリ・フラヴィオ;ミニョーネ・フラヴィオ。リウニ・サビーノ。バンフィ・サンドロ。ジェンナリーノ・ヴィンチェンツォ・アレッサンドロ。ホーナー デビッド S;パヴェシ・ジュリオ。ピカルディ・エルネスト。ペソーレ・グラツィアーノ (2010 年 1 月)。 「UTRdb および UTRsite (RELEASE 2010): 真核生物 mRNA の非翻訳領域の配列および調節モチーフのコレクション」。核酸研究38 (補足_1): D75-80。土井：10.1093/nar/gkp902。PMC 2808995。PMID  19880380。 

外部リンク

• UTRdb