VOTCA
| VOTCA | |
|---|---|
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| 原作者 | ヴィクトル・リューレ、クリストフ・ユンハンス、アレクサンダー・ルキャノフ、クルト・クレメル、デニス・アンドリエンコ |
| 開発者 | マックス・プランク高分子研究所ロスアラモス国立研究所ベックマン先端科学技術研究所アイントホーフェン工科大学[ 1 ] |
| 初回リリース | 2008 （2008年） |
| 安定版リリース | |
| プレビューリリース | |
| リポジトリ | github.com |
| 書かれた | C++、Perl、Bash |
| オペレーティング·システム | Linux、macOS、Windows、その他のUnix系OS |
| プラットフォーム | x86、x86-64 |
| 入手可能な | 英語 |
| タイプ | 粗粒度モデリング |
| ライセンス | Apacheライセンス2.0 |
| Webサイト | www.votca.org |
粗視化アプリケーション向け多用途オブジェクト指向ツールキット（VOTCA）は、分子動力学データの解析、体系的な粗視化手法の開発、そして無秩序半導体における微視的電荷（および励起子）輸送のシミュレーション手法に焦点を当てた粗視化モデリングパッケージです。VOTCAは元々マックス・プランク高分子研究所で開発され、現在は同研究所、ロスアラモス国立研究所、アイントホーフェン工科大学、ベックマン先端科学技術研究所の開発者によって、世界中の研究者の協力を得て保守されています。[ 4 ]
特徴
VOTCAは、粗視化ツールキット（VOTCA-CSG）、電荷輸送ツールキット（VOTCA-CTP）、励起輸送ツールキット（VOTCA-XTP）という3つの主要部分から構成されています。これらはすべて、共通手順を実装したVOTCA Toolsライブラリに基づいています。
粗視化ツールキット（VOTCA-CSG）
VOTCA-CSG [ 4 ]は、（反復）ボルツマン逆変換、逆モンテカルロ、フォースマッチング（マルチスケール粗視化法とも呼ばれる）、相対エントロピー[ 5 ]法、およびそれらのハイブリッドな組み合わせ、さらに単体法やCMAなどの最適化主導型のアプローチなど、さまざまな粗視化手法をサポートしています。統計情報を収集するために、VOTCA-CSGは、サンプリングにGROMACS、DL_POLY、 ESPResSo、ESPResSo++、LAMMPS、HOOMD-blue などの複数の分子動力学パッケージを使用できます。
電荷輸送ツールキット (VOTCA-CTP)
VOTCA-CTP [ 6 ]は分子軌道の重なり計算を行い、電荷輸送特性を推定するために必要なエネルギー的無秩序性と電子結合を評価できるモジュールである。
励起輸送ツールキット（VOTCA-XTP）
VOTCA-XTPはVOTCA-CTPの拡張版であり、励起輸送と特性のシミュレーションを可能にします。[ 7 ]そのため、局所基底関数を用いたGW - BSE法と基本的なDFT法の実装を独自に提供しています。励起状態の分極QM/MM計算はTholeフレームワークで提供されています。また、大規模計算のための 量子化学パッケージORCAへのインターフェースを備えています。
リリース名
メジャーリリースには名前が割り当てられています。
- 1.1 スーパーアン
- 1.2 スーパードリス
- 1.3 スーパーウズマ
- 1.4 スーパークルト -クルト・クレマーの60歳の誕生日を記念して[ 8 ]
- 1.5 SuperVictor - オリジナルのコア開発者の一人であるVictor Rühleにちなんで名付けられた[ 9 ]
- 1.6 スーパーペラギア
- 1.6.2 スーパーギッタ
参照
参考文献
- ^ 「VOTCA開発ページ」 。 2017年8月16日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年8月16日閲覧。
- ^ VOTCA の Github リリース
- ^ VOTCA の Github リリース
- ^ a b Victor Rühle、Christoph Junghans、Alexander Lukyanov、Kurt Kremer、Denis Andrienko. 「粗視化アプリケーションのための汎用オブジェクト指向ツールキット」Journal of Chemical Theory and Computation 5 (2009): 3201. doi : 10.1021/ct900369w
- ^ Mashayak, SY; Jochum, Mara N.; Koschke, Konstantin; Aluru, NR; Rühle, Victor; Junghans, Christoph (2015-07-20). 「VOTCAにおける相対エントロピーと最適化駆動型粗視化法」 . PLOS ONE . 10 (7) e0131754. Bibcode : 2015PLoSO..1031754M . doi : 10.1371/ journal.pone.0131754 . ISSN 1932-6203 . PMC 4507862. PMID 26192992 .
- ^ Victor Rühle, Alexander Lukyanov, Falk May, Manuel Schrader, Thorsten Vehoff, James Kirkpatrick, Bjoern Baumeier, Denis Andrienko. 「無秩序有機半導体における電荷輸送の微視的シミュレーション」Journal of Chemical Theory and Computation, 7 (2011): 3335. doi : 10.1021/ct200388s
- ^ Jens Wehner、Lothar Brombacher、Joshua Brown、Christoph Junghans、Onur Çaylak、Yuriy Khalak、Pranav Madhikar、Gianluca Tirimbò、Björn Baumeier. 「複雑な分子環境における電子励起：VOTCA-XTPにおける多体グリーン関数理論」Journal of Chemical Theory and Computation. doi : 10.1021/acs.jctc.8b00617
- ^ 「Votca 1.4 リリース」。
- ^ 「Votca 1.5 リリース」。
