ホモサピエンスにおけるタンパク質コード遺伝子
| VPS29 |
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| 利用可能な構造 |
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| PDB | オーソログ検索: PDBe RCSB |
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| 識別子 |
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| エイリアス | VPS29、DC15、PEP11、DC7、VPS29レトロマー複合体成分、レトロマー複合体成分 |
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| 外部ID | オミム：606932; MGI : 1928344;ホモロジーン: 9433;ジーンカード：VPS29; OMA :VPS29 - オルソログ |
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| 遺伝子の位置（マウス） |
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 | | キリスト | 5番染色体（マウス）[2] |
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| | バンド | 5|5 F | 始める | 122,492,432 bp [2] |
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| 終わり | 122,503,047 bp [2] |
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| RNA発現パターン |
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| ブギー | | 人間 | マウス（相同遺伝子） |
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| 上位の表現 | - 単球
- 前脛骨筋
- 回腸粘膜
- 平滑筋組織
- 左心室の心筋
- 胃粘膜
- 直腸
- 右心房の心筋組織
- 右冠動脈
- 脛骨動脈
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| | 上位の表現 | - 耳板
- 顔面運動核
- 球形嚢
- バレル皮質
- 卵黄嚢
- 心内膜クッション
- リンパ管の内皮細胞
- 房室弁
- 脊髄前角
- 側坐核
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| | より多くの参照表現データ |
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| バイオGPS | |
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| 遺伝子オントロジー |
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| 分子機能 | | | 細胞成分 |
- 後期エンドソーム
- 初期エンドソーム
- エンドソーム膜
- 膜
- 細胞内膜小器官
- 細胞質
- 細胞質
- レトロマー複合体
- レトロマー、貨物選択複合体
- エンドソーム
| | 生物学的プロセス |
- タンパク質輸送
- Wntシグナル伝達経路
- オートファジーの調節
- 細胞内タンパク質輸送
- 逆行輸送、エンドソームからゴルジ体へ
- ウイルスプロセス
- エンドサイトーシスリサイクル
| | 出典：Amigo / QuickGO |
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| オーソログ |
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| 種 | 人間 | ねずみ |
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| エントレズ | | |
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| アンサンブル | | |
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| ユニプロット | | |
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| RefSeq (mRNA) | |
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NM_001282150
NM_001282151
NM_016226
NM_057180 |
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NM_019780
NM_001347453
NM_001359226 |
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| RefSeq（タンパク質） | |
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NP_001269079
NP_001269080
NP_057310
NP_476528 |
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NP_001334382
NP_062754
NP_001346155 |
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| 場所（UCSC） | 12章: 110.49 – 110.5 Mb | 5番目の文字: 122.49 – 122.5 Mb |
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| PubMed検索 | [3] | [4] |
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| ウィキデータ |
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VPS29は、レトロマー複合体の構成要素である液胞タンパク質選別タンパク質Vps29をコードするヒト遺伝子である。[5]
酵母ホモログ
酵母における相同タンパク質（同じ機能を果たすタンパク質）は液胞タンパク質選別29ホモログ（S. cerevisiae）である。[6]
関数
VPS29は、液胞タンパク質選別（VPS）タンパク質をコードする遺伝子群に属し、その機能障害により液胞加 水分解酵素の効率的な輸送が阻害される。[7]この遺伝子によってコードされるタンパク質Vps29は、レトロマー複合体と呼ばれる大きな多量体複合体の構成要素であり、エンドソームからトランスゴルジ体ネットワークへのタンパク質の逆行輸送に関与している。Vps29は、前液胞区画を離れる逆行性小胞のレトロマーコートの内殻形成に関与している可能性がある。[8]この遺伝子には、異なるアイソフォームをコードする 選択的スプライスバリアントや、複数のポリアデニル化部位の使用が見つかっている。[6]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000111237 – Ensembl、2017年5月
- ^ abc GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000029462 – Ensembl、2017年5月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ Edgar AJ, Polak JM (2000年11月). 「酵母液胞タンパク質選別29および35のヒトホモログ」. Biochem. Biophys. Res. Commun . 277 (3): 622–30 . doi :10.1006/bbrc.2000.3727. PMID 11062004.
- ^ ab "Entrez Gene: VPS29 液胞タンパク質選別 29 ホモログ (S. cerevisiae)".
- ^ Haft CR, de la Luz Sierra M, Bafford R, Lesniak MA, Barr VA, Taylor SI (2000年12月). 「酵母液胞タンパク質選別タンパク質Vps26, 29, 35のヒトオーソログ：多量体複合体への集合」. Mol. Biol. Cell . 11 (12): 4105–16 . doi :10.1091/mbc.11.12.4105. PMC 15060. PMID 11102511 .
- ^ Bonifacino JS, Hurley JH (2008年8月). 「レトロマー」. Curr. Opin. Cell Biol . 20 (4): 427–36 . doi :10.1016/j.ceb.2008.03.009. PMC 2833274. PMID 18472259 .
さらに読む
- Seaman MN, McCaffery JM, Emr SD (1998). 「酵母におけるエンドソームからゴルジ体への逆行性輸送に必須の膜コート複合体」. J. Cell Biol . 142 (3): 665–81 . doi :10.1083/jcb.142.3.665. PMC 2148169. PMID 9700157 .
- Edgar AJ, Polak JM (2000). 「酵母液胞タンパク質ソーティング29および35のヒトホモログ」. Biochem. Biophys. Res. Commun . 277 (3): 622–30 . doi :10.1006/bbrc.2000.3727. PMID 11062004.
- Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). 「in vitro部位特異的組換えを用いたDNAクローニング」. Genome Res . 10 (11): 1788–95 . doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863 .
- Haft CR, de la Luz Sierra M, Bafford R, et al. (2001). 「酵母液胞タンパク質選別タンパク質Vps26, 29, 35のヒトオーソログ：多量体複合体への集合」Mol. Biol. Cell . 11 (12): 4105–16 . doi :10.1091/mbc.11.12.4105. PMC 15060. PMID 11102511 .
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, et al. (2001). 「ヒト遺伝子およびタンパク質のカタログ作成に向けて：ヒトcDNAをコードする新規完全タンパク質500種の配列決定と解析」Genome Res . 11 (3): 422–35 . doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166 .
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, et al. (2001). 「大規模cDNAシークエンシングによって同定された新規タンパク質の系統的細胞内局在」. EMBO Rep . 1 (3): 287–92 . doi :10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614 .
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). 「15,000以上のヒトおよびマウス完全長cDNA配列の生成と初期解析」Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903 . Bibcode :2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241. PMID 12477932 .
- Vergés M, Luton F, Gruber C, et al. (2004). 「哺乳類のレトロマーはポリマー免疫グロブリン受容体のトランスサイトーシスを制御する」Nat. Cell Biol . 6 (8): 763–9 . doi :10.1038/ncb1153. PMID 15247922. S2CID 22296469.
- Mingot JM, Bohnsack MT, Jäkle U, Görlich D (2005). 「Exportin 7は新たな核外輸送経路を定義する」. EMBO J. 23 ( 16): 3227–36 . doi :10.1038/sj.emboj.7600338. PMC 514512. PMID 15282546 .
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). 「NIH完全長cDNAプロジェクト：哺乳類遺伝子コレクション（MGC）の現状、品質、そして拡大」Genome Res . 14 (10B): 2121–7 . doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 .
- Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). 「ORFeomeから生物学へ：機能ゲノミクスパイプライン」Genome Res . 14 (10B): 2136–44 . doi :10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336 .
- Wang D, Guo M, Liang Z, et al. (2005). 「ヒト液胞タンパク質選別タンパク質29の結晶構造は、ホスホジエステラーゼ／ヌクレアーゼ様フォールドと2つのタンパク質間相互作用部位を明らかにする」J. Biol. Chem . 280 (24): 22962–7 . doi : 10.1074/jbc.M500464200 . PMID 15788412.
- Mehrle A, Rosenfelder H, Schupp I, et al. (2006). 「LIFEdbデータベース 2006」Nucleic Acids Res 34 (データベース号): D415–8. doi :10.1093/nar/gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901 .
- Damen E, Krieger E, Nielsen JE, et al. (2006). 「ヒトVps29レトロマー成分は、陽イオン非依存性マンノース6-リン酸受容体基質ペプチドに対するメタロホスホエステラーゼである」Biochem. J. 398 ( 3): 399– 409. doi :10.1042/BJ20060033. PMC 1559457. PMID 16737443 .
- Rojas R, Kametaka S, Haft CR, Bonifacino JS (2007). 「レトロマーとエンドソームの会合およびマンノース6リン酸受容体の輸送におけるSNX1とSNX2の互換性を持つが必須な機能」Mol. Cell. Biol . 27 (3): 1112–24 . doi :10.1128/MCB.00156-06. PMC 1800681. PMID 17101778 .
- Hierro A, Rojas AL, Rojas R, et al. (2007). 「レトロマーカーゴ認識複合体の機能的構造」. Nature . 449 (7165): 1063–7 . Bibcode :2007Natur.449.1063H. doi :10.1038/nature06216. PMC 2377034. PMID 17891154 .
