VqmR sRNA

VqmR sRNA
VqmR sRNA
	VqmR小RNAの予測される二次構造と配列の保存性
識別子
Rfam	RF02834
その他のデータ
ドメイン	細菌
行く	GO:0042710、GO:0040033、GO:0003729
それで	SO:0000370
PDB構造	PDBe

RNAファミリー

VqmR 小分子RNAは、コレラの原因菌であるコレラ菌で、クオラムセンシング（QS）を研究するために使用されていた低細胞密度と高密度の条件下でのディファレンシャルRNAシーケンシング（sRNA-seq）を使用して発見されました。 ^[1] QSはコレラ菌の毒性とバイオフィルム形成を制御します。これは、Qrr sRNAによって制御されることが以前に示されていました。^[2]^[3] VqmRは、rtx（毒素内の繰り返し）毒素遺伝子やバイオフィルム形成に必要なvpsTを含む複数のmRNAの発現を抑制することが示されています。実際、ビブリオ科で高度に保存されているVqmRは、 vpsT遺伝子を抑制することによってバイオフィルム形成を強力に阻害することが示されており、これがバイオフィルム形成とQSを結び付けている可能性があります。^[1]

参考文献

^ ab Papenfort K, Förstner KU, Cong JP, Sharma CM, Bassler BL (2015年2月). 「コレラ菌のディファレンシャルRNA-seq解析により、バイオフィルム形成の制御因子としてVqmR小分子RNAが同定された」. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 (7): E766–775. Bibcode :2015PNAS..112E.766P. doi : 10.1073/pnas.1500203112 . PMC 4343088. PMID 25646441 .
^ Lenz DH, Mok KC, Lilley BN, Kulkarni RV, Wingreen NS, Bassler BL (2004年7月). 「小分子RNAシャペロンHfqと複数の小分子RNAがVibrio harveyiとVibrio choleraeにおけるクオラムセンシングを制御する」. Cell . 118 (1): 69– 82. doi : 10.1016/j.cell.2004.06.009 . PMID 15242645.
^ Bardill JP, Zhao X, Hammer BK (2011年6月). 「コレラ菌のクオラムセンシング応答はHfq依存性のsRNA/mRNA塩基対形成相互作用によって媒介される」. Molecular Microbiology . 80 (5): 1381– 1394. doi : 10.1111/j.1365-2958.2011.07655.x . PMID 21453446.

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[Papenfort_2015-1] Papenfort K, Förstner KU, Cong JP, Sharma CM, Bassler BL (2015年2月). 「コレラ菌のディファレンシャルRNA-seq解析により、バイオフィルム形成の制御因子としてVqmR小分子RNAが同定された」. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 (7): E766–775. Bibcode :2015PNAS..112E.766P. doi : 10.1073/pnas.1500203112 . PMC 4343088. PMID 25646441 .

[2] Lenz DH, Mok KC, Lilley BN, Kulkarni RV, Wingreen NS, Bassler BL (2004年7月). 「小分子RNAシャペロンHfqと複数の小分子RNAがVibrio harveyiとVibrio choleraeにおけるクオラムセンシングを制御する」. Cell . 118 (1): 69– 82. doi : 10.1016/j.cell.2004.06.009 . PMID 15242645.

[3] Bardill JP, Zhao X, Hammer BK (2011年6月). 「コレラ菌のクオラムセンシング応答はHfq依存性のsRNA/mRNA塩基対形成相互作用によって媒介される」. Molecular Microbiology . 80 (5): 1381– 1394. doi : 10.1111/j.1365-2958.2011.07655.x . PMID 21453446.