1999年ペンテコステ洪水(ドイツ語:Pfingsthochwasser 1999)は、1999年のペンテコステの時期に発生した100年に一度の洪水であり、主にバイエルン州、フォアアールベルク州、チロル州を襲った。この洪水は、アルプス山脈の通常の雪解け水と重なった豪雨[ 1 ]によって引き起こされた。
5月下旬には、アルプス山脈からの毎年恒例の春の雪解け水により、バイエルン州の多くの河川の水位はすでに高くなっていました。5月22日には、暴風雨「クアルトゥス」が北アルプスを襲い、1平方メートルあたり180リットルもの雨量をもたらしました。これにより、アマー湖、アンパー川、イザール川の水位は上昇し、広範囲に洪水が発生しました。浸水地域は急速に拡大し、イラー川沿いのオーバーアルゴイの一部も浸水しました。洪水はその後、下流のバイエルン州でも人口の多い地域へと広がりました。
ミュンヘンを流れるイザール川の水位は、バート・テルツ近郊のシルヴェンシュタインシュパイヒャー貯水池によって低下しました。しかし、イラー川の土手道が決壊し、ゾントホーフェン、アウクスブルクの一部、ノイシュタットが浸水しました。ヒンデラング=ヒンターシュタインでは、過去250年間で記録されたことのない洪水のピークに達しました。その後、2005年8月23日から24日にかけて発生したアルプス高水位により、これらの地域は再び被害を受けました。
フォアアールベルク州では、ライン川の洪水がボーデン湖に影響を及ぼし、ハルトとブレゲンツに被害を与えた。