アスカラフデザイナー

アスカラフデザイナー
アスカラフデザイナー
	Ascalaph Designer はデオキシリボ核酸 ( DNA )をレンダリングします
原作者	アレクセイ・ニキーチン
開発者	アジャイル分子
安定版リリース	1.8.94 / 2015年12月3日; 10年前（2015年12月3日）
書かれた	C++
オペレーティング·システム	ウィンドウズ
プラットフォーム	x86
サイズ	138.9MB
入手可能な	英語
タイプ	分子モデリング
ライセンス	GNU GPLおよびCode Project Open Licenseを含むその他のライセンス
Webサイト	www.biomolecular-modeling.com/Ascalaph

Ascalaph Designerは、分子設計とシミュレーションのための汎用分子モデリング用コンピュータプログラムです。量子および古典分子モデリングの一般的なプログラムであるORCA、NWChem、Firefly、CP2K、MDynaMix ^[1]^[2 ]のためのグラフィカル環境を提供します。分子力学計算は、モデル構築、エネルギー最適化、分子動力学をカバーしています。Firefly （旧称PC GAMESS）^[3]^[4]^[5]は、幅広い量子化学手法をカバーしています。Ascalaph Designerは、 GNU General Public Licenseバージョン2 （GPLv2）に基づいてリリースされた無料のオープンソースソフトウェアです。^[6]

主な特徴

分子モデル構築：ポリマー、ナノチューブ、タンパク質、核酸
AMBER - OPLS 力場ファミリー
形状最適化
分子動力学
量子化学
柔軟なSPC ^[7]水モデル

用途

核酸^[8]
タンパク質
脂質二重層のモデリング^[9]
高分子電解質^[10]
イオン液体^[11]^[12]
液体の熱力学的性質^[13]
化学力場の開発^[14]

参照

参考文献

^ APLyubartsev, A.Laaksonen (2000). 「MDynaMix - 任意の分子混合物のためのスケーラブルでポータブルな並列MDシミュレーションパッケージ」. Computer Physics Communications . 128 (3): 565– 589. Bibcode :2000CoPhC.128..565L. doi :10.1016/S0010-4655(99)00529-9.
^ APLyubartsev, A.Laaksonen (1998). 「生体分子システムの並列分子動力学シミュレーション」.応用並列コンピューティング大規模科学産業問題. コンピュータサイエンス講義ノート. 第1541巻. ハイデルベルク: Springer Berlin. pp. 296– 303. doi :10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490。
^ 計算化学、デイビッド・ヤング、ワイリー・インターサイエンス、2001年。付録AA2.3、334ページ、GAMESS
^ MW Schmidt; et al. (1993). 「一般原子・分子電子構造システム」. J. Comput. Chem . 14 (11): 1347– 1363. doi :10.1002/jcc.540141112. S2CID 3358041.
^ MS Gordon、MW Schmidt、「電子構造理論の進歩：GAMESSから10年後」、『計算化学の理論と応用、最初の40年』、CE Dykstra、G. Frenking、KS Lim、GE Scusaria共著、Elsevier、アムステルダム、2005年。
^ 「Ascalaph デザイナー」。
^ Toukan K, Rahman A (1985). 「水中の原子運動の分子動力学研究」. Physical Review B. 31 ( 5): 2643– 2648. Bibcode :1985PhRvB..31.2643T. doi :10.1103/PhysRevB.31.2643. PMID 9936106.
^ Y. Cheng, N. Korolev & L. Nordenskiöld (2006). 「凝縮秩序化DNAとK+およびNa+の相互作用における類似点と相違点。分子動力学コンピュータシミュレーション研究」. Nucleic Acids Research . 34 (2): 686– 696. doi :10.1093/nar/gkj434. PMC 1356527. PMID 16449204 .
^ C.-J. Högberg; AMNikitin and AP Lyubartsev (2008). 「DMPC脂質二重層におけるCHARMM力場の修正」. Journal of Computational Chemistry . 29 (14): 2359– 2369. doi :10.1002/jcc.20974. PMID 18512235. S2CID 8599984.
^ A. Vishnyakov & AV Neimark (2008). 「水、ジメチルメチルホスホネート、およびそれらの混合物におけるスルホン化高分子電解質の溶媒和特性：分子シミュレーション研究」J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode :2008JChPh.128p4902V. doi :10.1063/1.2899327. PMID 18447495.
^ G. Raabe & J. Köhler (2008). 「分子シミュレーションによるイミダゾリウム系イオン液体の熱力学的および構造的特性」J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode :2008JChPh.128o4509R. doi :10.1063/1.2907332. PMID: 18433237.
^ X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). 「精密力場による[bmim][BF _{4 ]とアセトニトリルの室温イオン液体混合物の分子動力学シミュレーション」.}Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771– 2779. Bibcode :2005PCCP....7.2771W. doi :10.1039/b504681p. PMID 16189592.
^ T. Kuznetsova & B. Kvamme (2002). 「モデル水–二酸化炭素系の熱力学的特性と界面張力」. Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937– 941. Bibcode :2002PCCP....4..937K. doi :10.1039/b108726f.
^ AM Nikitin & AP Lyubartsev (2007). 「液体アセトニトリルとその水性混合物のシミュレーションのための新しい6サイトアセトニトリルモデル」J. Comput. Chem . 28 (12): 2020– 2026. doi :10.1002/jcc.20721. PMID 17450554. S2CID 5333395.

外部リンク

公式サイト
ソースフォージ
ツイッター

[1] APLyubartsev, A.Laaksonen (2000). 「MDynaMix - 任意の分子混合物のためのスケーラブルでポータブルな並列MDシミュレーションパッケージ」. Computer Physics Communications . 128 (3): 565– 589. Bibcode :2000CoPhC.128..565L. doi :10.1016/S0010-4655(99)00529-9.

[2] APLyubartsev, A.Laaksonen (1998). 「生体分子システムの並列分子動力学シミュレーション」.応用並列コンピューティング大規模科学産業問題. コンピュータサイエンス講義ノート. 第1541巻. ハイデルベルク: Springer Berlin. pp. 296– 303. doi :10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490。

[3] 計算化学、デイビッド・ヤング、ワイリー・インターサイエンス、2001年。付録AA2.3、334ページ、GAMESS

[4] MW Schmidt; et al. (1993). 「一般原子・分子電子構造システム」. J. Comput. Chem . 14 (11): 1347– 1363. doi :10.1002/jcc.540141112. S2CID 3358041.

[5] MS Gordon、MW Schmidt、「電子構造理論の進歩：GAMESSから10年後」、『計算化学の理論と応用、最初の40年』、CE Dykstra、G. Frenking、KS Lim、GE Scusaria共著、Elsevier、アムステルダム、2005年。

[6] 「Ascalaph デザイナー」。

[7] Toukan K, Rahman A (1985). 「水中の原子運動の分子動力学研究」. Physical Review B. 31 ( 5): 2643– 2648. Bibcode :1985PhRvB..31.2643T. doi :10.1103/PhysRevB.31.2643. PMID 9936106.

[8] Y. Cheng, N. Korolev & L. Nordenskiöld (2006). 「凝縮秩序化DNAとK+およびNa+の相互作用における類似点と相違点。分子動力学コンピュータシミュレーション研究」. Nucleic Acids Research . 34 (2): 686– 696. doi :10.1093/nar/gkj434. PMC 1356527. PMID 16449204 .

[9] C.-J. Högberg; AMNikitin and AP Lyubartsev (2008). 「DMPC脂質二重層におけるCHARMM力場の修正」. Journal of Computational Chemistry . 29 (14): 2359– 2369. doi :10.1002/jcc.20974. PMID 18512235. S2CID 8599984.

[10] A. Vishnyakov & AV Neimark (2008). 「水、ジメチルメチルホスホネート、およびそれらの混合物におけるスルホン化高分子電解質の溶媒和特性：分子シミュレーション研究」J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode :2008JChPh.128p4902V. doi :10.1063/1.2899327. PMID 18447495.

[11] G. Raabe & J. Köhler (2008). 「分子シミュレーションによるイミダゾリウム系イオン液体の熱力学的および構造的特性」J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode :2008JChPh.128o4509R. doi :10.1063/1.2907332. PMID: 18433237.

[12] X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). 「精密力場による[bmim][BF _{4 ]とアセトニトリルの室温イオン液体混合物の分子動力学シミュレーション」.}Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771– 2779. Bibcode :2005PCCP....7.2771W. doi :10.1039/b504681p. PMID 16189592.

[13] T. Kuznetsova & B. Kvamme (2002). 「モデル水–二酸化炭素系の熱力学的特性と界面張力」. Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937– 941. Bibcode :2002PCCP....4..937K. doi :10.1039/b108726f.

[14] AM Nikitin & AP Lyubartsev (2007). 「液体アセトニトリルとその水性混合物のシミュレーションのための新しい6サイトアセトニトリルモデル」J. Comput. Chem . 28 (12): 2020– 2026. doi :10.1002/jcc.20721. PMID 17450554. S2CID 5333395.