ボール
BALLプロジェクト
開発者BALLプロジェクトチーム
安定版リリース
1.4.2 / 2013年1月28日 （2013年1月28日）
プレビューリリース
1.4.79 / 2014年8月7日 （2014年8月7日）
リポジトリパッケージ.debian .org /source /wheezy /ball
書かれたC++、Python
オペレーティング·システムLinux、Unix、macOS、Windows
プラットフォームIA-32、x86-64
入手可能な英語
タイプソフトウェアフレームワーク
ライセンスLGPL
Webサイトボールプロジェクト.org

BALL (生化学アルゴリズム ライブラリ) は、分子モデリングと計算構造バイオインフォマティクス用のC++クラス フレームワークとアルゴリズムおよびデータ構造のセット、このライブラリへのPythonインターフェイス、および分子ビューアBALLViewである BALL へのグラフィカル ユーザー インターフェイスです。

BALLは商用製品から、 GNU Lesser General Public License (LGPL)に基づく無料のオープンソースソフトウェアへと進化しました。BALLViewはGNU General Public License (GPL) に基づいてライセンスされています。

BALL と BALLView は、 Linux、macOS、Solaris、Windows の各オペレーティング システムに移植されています。

BALLプロジェクトチームによって開発された分子ビューアBALLViewは、QtとOpenGLを使用し、レンダリングバックエンドとしてリアルタイムレイトレーサーRTFactを搭載したBALLのC++アプリケーションです。BALLViewは、QtとOpenGLの両方において、複数の異なるモードで3次元および立体視の視覚化を提供し、グラフィカルユーザーインターフェースを介してBALLライブラリのアルゴリズムを直接適用します。

BALLプロジェクトは、ザールラント大学、マインツ大学、テュービンゲン大学のグループによって開発・保守されています。ライブラリとビューアはどちらも教育と研究に利用されています。BALLパッケージはDebianプロジェクトで公開されています。[ 1 ]

主な特徴

  • インタラクティブな分子描画と構造編集
  • 分子ファイル形式（PDB、MOL2、MOL、HIN、XYZ、KCF、SD、AC）の読み取りと書き込み
  • 二次データソースの読み取り（例：DCD、DSN6、GAMESS、JCAMP、SCWRL、TRR）
  • SMILESおよびSMARTS表現から分子を生成し、分子とマッチングする
  • 形状最適化
  • ミニマイザーと分子動力学のクラス
  • スコアリングとエネルギー最小化のための力場（MMFF94、AMBER、CHARMM）のサポート
  • Pythonインターフェースとスクリプト機能
  • プラグイン インフラストラクチャ (3D Space-Navigator)
  • 分子グラフィックス（3D、立体視）
  • 包括的なドキュメント（Wiki、コードスニペット、オンラインクラスのドキュメント、バグトラッカー）
  • 包括的な回帰テスト
  • プレゼンテーションと共同データ交換のためのBALLプロジェクト形式
  • 核磁気共鳴
  • 編集可能なショートカット

BALLライブラリ

BALLは構造バイオインフォマティクス開発フレームワークです。BALLをプログラミングツールボックスとして使用することで、複雑なアルゴリズムの再実装（エラーが発生しやすい）を回避し、多くの開発者によってテストされたライブラリへの呼び出しに置き換えることで、アプリケーション開発時間を大幅に短縮し、安定性と正確性を確保できます。

ファイルのインポート/エクスポート

BALLは、PDB、MOL2、MOL、HIN、XYZ、KCF、SD、ACなどの分子ファイル形式に加え、DCD、DSN6、GAMESS、JCAMP、SCWRL、TRRなどの二次データソースもサポートしています。分子は、BALLのペプチドビルダー、またはSMILES式に基づいて作成することもできます。

一般構造解析

更なる準備と構造検証は、例えば、ケクリサー、芳香族性、結合次数、双結合、二次構造プロセッサによって可能になります。フラグメントライブラリは、タンパク質の水素や結合などの不足情報を自動的に推測します。回転異性体ライブラリは、タンパク質の最も可能性の高い側鎖構造の決定、割り当て、切り替えを可能にします。BALLの変換プロセッサは、有効な3D構造の生成を支援します。その選択メカニズムにより、分子の部分を単純な式（SMILES、SMARTS、要素タイプ）で指定できます。この選択は、プロセッサや力場などのすべてのモデリングクラスで使用できます。

分子力学

一般的な力場 CHARMM、Amber、および MMFF94 の実装は、BALL の最小化クラスおよびシミュレーション クラス (最急降下法、共役勾配法、L-BFGS、シフト L-VMM) と組み合わせることができます。

Pythonインターフェース

SIPは、BALLライブラリ内の関連するすべてのC++クラスに対してPythonクラスを自動的に作成し、同じクラスインターフェースを実現するために使用されます。PythonクラスはC++クラスと同じ名前を持つため、BALLを使用するコードをC++からPythonへ、あるいはその逆へ移植する際に便利です。

PythonインターフェースはビューアアプリケーションBALLViewに完全に統合されており、Pythonスクリプトで計算された結果を直接視覚化できます。また、BALLViewはスクリプトインターフェースから操作でき、繰り返し実行されるタスクを自動化することも可能です。

ボールビュー

BALLViewは、BALLのスタンドアロン分子モデリングおよび可視化アプリケーションです。また、分子可視化機能を開発するためのフレームワークでもあります。

BALLViewは、原子、結合、表面、そして静電ポテンシャルなどのグリッドベースの可視化のための標準的な可視化モデルを提供します。ライブラリBALLの機能の大部分は、BALLViewに読み込まれた分子に直接適用できます。BALLViewは、様々なステレオモード、空間ナビゲーター、VRPN対応入力デバイスなど、様々な可視化および入力方法をサポートしています。

CeBIT 2009では、BALLViewは、リアルタイムレイトレーシング技術を分子ビューアとモデリングツールに初めて完全に統合した製品として大々的に発表されました。[ 2 ]

参照

参考文献

さらに読む

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