原核生物の国際命名規約

国際原核生物命名規約（ICNP）または原核生物規約（旧称：国際細菌命名規約（ICNB）または細菌学規約（BC ））は、細菌および古細菌の学名を規定する。[ 1 ] [ 2 ]これは、細菌の分類群をその相対的な階級に基づいて命名するための規則を示している。したがって、生物学の命名規約の一つである。

国際植物命名規約はもともと細菌を対象としており、1975年の国際植物学会議で細菌への言及が削除されるまで、細菌への言及は残されていました。細菌命名規約の初期版は1947年の第4回国際微生物学会議で承認されましたが、後に廃止されました。

書籍として出版された最新版は1990年改訂版である[ 3 ]が、本書は最新の規則を反映しているわけではない。2008年改訂版と2022年改訂版は、International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM)に掲載されている[ 2 ] 。規則は、国際原核生物系統分類委員会（ICSP、旧称国際細菌系統分類委員会、ICSB） によって管理されている。

細菌の名前の基準は1980年を起点とした承認リスト[ 4 ]です。新しい細菌の名前はICSPによって命名規則に準拠しているかどうか審査され、IJSEMに掲載されます。

シアノバクテリア

1975年以降、ほとんどの細菌は細菌学コードの対象となっていました。しかし、シアノバクテリアは依然として植物学コードの対象でした。1999年以降、シアノバクテリアは植物学コードと細菌学コードの両方の対象となりました。この状況により、シアノバクテリアの命名上の問題が発生しています。[ 5 ] [ 6 ] 2020年までに、この状況を解決するための3つの提案がありました

  1. 細菌学コードからシアノバクテリアを除外する。[ 7 ]
  2. 細菌学のコードを全てのシアノバクテリアに適用する。[ 8 ]
  3. 植物学コードに基づく有効な出版物は、細菌学コードに基づく有効な出版物として扱う。[ 9 ]

2021年にICSPは3つの提案について正式な投票を行い、3番目の選択肢が選ばれました。[ 10 ]

基準株

2001年以降、新しい細菌種または古細菌種が記載される際には、基準株を指定する必要があります。[ 11 ]基準株とは、その生物の学名が正式に付与された生きた培養物です。新しい種名が有効に公表されるためには、基準株が少なくとも2つの異なる国の公的培養コレクションに寄託されている必要があります。 [ 12 ] 2001年以前は、種は記載、保存標本、または図を用いて類型化することもできました。[ 11 ]原核生物種ごとに1つの基準株がありますが、異なる培養コレクションが同じ株に固有の名前を指定する場合があります例えば、大腸菌の標準株（元々はU5/41株）は、アメリカタイプカルチャーコレクションではATCC 11775 、ドイツ微生物細胞培養コレクションではDSM 30083 、日本微生物コレクションではJCM 1649 、ベルギー微生物協調コレクションではLMG 2092と呼ばれています。[ 13 ] [ 14 ]

原核生物種が実験室で培養できない場合（したがって培養コレクションに寄託できない場合）、暫定的なCandidatus名が付与されることがあります。ただし、これは有効に公表されたとはみなされません。[ 15 ] 2024年以降、これらの名前は「有効に公表された」と見なされ、「正当性」と「正確性」の両方の基準を満たすことができます。この基準を満たすには、有効な公表（および正当性と正確性）に関する既存の要件のほとんどを満たす必要があります。ただし、規則30における培養寄託は、規則30の要件を満たさない生きた培養物、保存標本、INSDCに寄託された配列決定されたゲノム、またはINSDCに寄託された単一遺伝子配列によって置き換えることができます。正当性を持つCandidatus名は優先権をめぐって互いに競合しますが、「真の」正当名とは競合しません。[ 16 ]

有効な公開メカニズムが導入される前は、Candidatus属の名前の検証は、ICSP とは別の組織である国際微生物生態学会によって 2022 年に公開された配列データから記述された原核生物の命名法コード( SeqCode ) によって行われていました。 [ 17 ]

植物学コードとのその他の注目すべき違い

ルールの注目すべき違い:

  • ハイフネーションは許可されません。以前にハイフンでつながれた名前と新しい複合語は、単純に結合されます。[ 18 ]：規則12a
  • 発音区別符号は認められない。発音区別符号付きの文字には、2文字の固定された置換文字が存在する。[ 18 ]：規則64 深圳法典の規則60.7にあるような、発音区別符号(ë)に関する明確な例外規定はない。[ 19 ]

推奨される実践における注目すべき違い:

  • 学名は「異なる書体（例えばイタリック体など）またはその他の工夫によって」区別することが推奨される。イタリック体の使用は必須ではない。[ 18 ] : 4.A.(3)
    • ICNPには、ランクに応じたイタリック体表記のルールはありません。多くの出版社は属と種のみをイタリック体で表記していますが、関連機関であるIJSEMとICNPのテキスト自体は、すべての学名をイタリック体で表記しています（ Candidatus特有の書式設定を除く）。
    • イタリック体の学名に続くラテン語の単語や略語はイタリック体にしてはならない。ローマン体（標準）フォントで表記してもよいし、区別したい場合は太字にしてもよい。[ 18 ]：規則33a：注2
  • 著者引用用語exは括弧内に記載し、「Taxon (ex Earlier) Later 」の形式で表記する。その後の改訂版は、「 Taxon (Later ex Earlier) Subsequent」の形式で引用する。nonも括弧内に記載し、「Achromobacter Yabuuchi and Yano 1981 (non Achromobacter Bergey et al. 1923 ) 」の形式で表記する。 [ 18 ] : 4.B.(3)

バージョン

  • ブキャナン、R.E.、ラルフ・セント・ジョン＝ブルックス（1947年6月）（編集者）。細菌命名法の提案。第3回国際微生物学会議において国際細菌命名法委員会によって承認された提案に基づいて作成された。総会で出版が承認された。61ページ。アイオワ州立大学出版局、アイオワ州エイムズ。USAハティ・トラスト
  • Buchanan RE, St , John-Brooks R., Breed RS (1948). 「国際細菌命名規約」 . Journal of Bacteriology . 55 (3): 287– 306. doi : 10.1128/jb.55.3.287-306.1948 . PMC  518444. PMID  16561459 .{{cite journal}}: CS1 maint: 複数の名前: 著者リスト (リンク)1949年に再版、Journal of General Microbiology 3、444-462。
  • 国際細菌命名法委員会 (1958年6月).細菌およびウイルスの国際命名法. エイムズ, アイオワ州立大学出版局. BHL .
  • Lapage, SP, Sneath, PHA, Lessel, EF, Skerman, VBD, Seeliger, HPR & Clark, WA (1975).国際細菌命名規約. 1975年改訂. アメリカ微生物学会, ワシントンD.C.
  • Lapage, SP, Sneath, PHA, Lessel, EF, Skerman, VBD, Seeliger, HPR & Clark, WA (1992).国際細菌命名規約. 細菌学規約. 1990年改訂. アメリカ微生物学会, ワシントンD.C.リンク.
  • パーカー, CT, ティンダル, BJ & ギャリティ, GM 編 (2019).原核生物命名法国際規約. 原核生物規約（2008年改訂） .国際系統進化微生物学ジャーナル69(1A): S1–S111. doi: 10.1099/ijsem.0.000778
  • Oren, Aharon; Arahal, David R.; Göker, Markus; Moore, Edward RB; Rossello-Mora, Ramon; Sutcliffe, Iain C. (2023年5月1日). 「原核生物命名規約. 原核生物規約（2022年改訂版）」 . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 73 (5a). doi : 10.1099/ijsem.0.005585 . hdl : 10261/338243 . PMID  37219928 .

参照

参考文献

  1. ^ 「ホーム」 . the-icsp.org
  2. ^ a b P. HA Sneath, 2003. 細菌学コードの短い歴史URL Archived 2012-05-24 at the Wayback Machine
  3. ^ラパージュ、SP;スニース、PHA;レッセル、EF;スケルマン、VBD;シーリガー、HPR;ワシントン州クラーク（1992 年 3 月 5 日）。命名規則と推奨事項。 ASMプレス – ncbi.nlm.nih.gov経由。
  4. ^ VBD Skerman、Vicki McGowan、PHA Sneath、1989年。細菌名の承認リスト、改訂版、ワシントン（DC）： ASM Press
  5. ^ Oren, A. (2011). 「International Bulletin of Bacteriological Nomenclature and Taxonomy / International Journal of Systematic Bacteriology / International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiologyに掲載されたシアノバクテリアの系統学と命名法」(PDF) . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 61 (1): 10– 15. doi : 10.1099/ijs.0.018838-0 . PMID 21097637. S2CID 206169872 .  
  6. ^ Oren A, Ventura S (2017). 「『原核生物』コードと『植物学』コードにおけるシアノバクテリア命名の現状」Antonie van Leeuwenhoek . 110 (10): 1257– 1269. doi : 10.1007/ s10482-017-0848-0 . PMID 28243951. S2CID 23489558 .  
  7. ^ Oren A, Garrity GM (2014). 「原核生物命名規約の一般的考慮事項5および原則2の変更提案」. Int J Syst Evol Microbiol . 64 (1): 309–10 . doi : 10.1099/ijs.0.059568-0 . PMID 24408952 . 
  8. ^ Pinevich AV. (2015). 「国際植物命名規約（ICBN）／国際藻類・菌類・植物命名規約（ICN）に基づいて有効に公表されているものを含む、酸素発生型光合成細菌（シアノバクテリア）の命名に国際原核生物命名規約（ICNP）を一貫して適用する提案、およびICNPの原則2の変更提案」 Int J Syst Evol Microbiol . 65 (3): 1070–4 . doi : 10.1099/ijs.0.000034 . PMID 25505344 . 
  9. ^ Oren A. (2020). 「原核生物命名法におけるシアノバクテリアの地位を解決するための、原核生物命名法国際規約の規則を改正する3つの代替案」 . Int J Syst Evol Microbiol . 70 (7): 4406– 4408. doi : 10.1099/ijsem.0.004268 . PMID 32602831. S2CID 220270571 .  
  10. ^ Oren A, Arahal DR, Rosselló-Móra R, Sutcliffe IC, Moore ER (2021). 「原核生物命名法におけるシアノバクテリアの地位を解決するための、国際原核生物命名規約の一般考慮事項5ならびに規則18a、24a 、 30の改正」 . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 71 (8): 004939. doi : 10.1099/ijsem.0.004939 . PMID 34342563. S2CID 236884663 .  
  11. ^ a b原核生物法（2008年改訂）、規則18a。
  12. ^原核生物法（2008年改訂）、規則30。
  13. ^ Euzéby JP, Parte AC. 「大腸菌」。原核生物名一覧（LPSN） （命名法における地位付き）。 2022年6月21日閲覧。
  14. ^ Reimer LC、Sardà Carbasse J、Koblitz J、Ebeling C、Podstawka A、Overmann J. 「大腸菌U5/41」。バックダイブ。2022 年6 月 21 日に取得。
  15. ^原核生物のコード（2008年改訂）、付録11。
  16. ^ Oren, Aharon (2025年1月8日). 「Candidatus属の名称を国際原核生物命名規約にさらに統合するための第10条、規則66～73の追加」 . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 75 ( 1): 006638. doi : 10.1099/ijsem.0.006638 . PMC 12281813. PMID 39786349 .  
  17. ^ Hedlund BP, Chuvochina M, Hugenholtz P, Konstantinidis KT, Murray AE, Palmer M, Parks DH, Probst AJ, Reysenbach AL, Rodriguez-R LM, Rossello-Mora R, Sutcliffe IC, Venter SN, Whitman WB (2022年10月). 「SeqCode：配列データから記述された原核生物の命名コード」 . Nat Microbiol . 7 (10): 1702– 1708. doi : 10.1038/ s41564-022-01214-9 . PMC 9519449. PMID 36123442 .  
  18. ^ a b c d e Oren, Aharon; Arahal, David R.; Göker, Markus; Moore, Edward RB; Rossello-Mora, Ramon; Sutcliffe, Iain C. (2023年5月1日). 「原核生物の国際命名規約. 原核生物規約（2022年改訂版）」 . International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 73 (5a). doi : 10.1099/ijsem.0.005585 . hdl : 10261/338243 . PMID 37219928 . 
  19. ^ 「第60条」www.iapt-taxon.org .
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