FGFR1OP2
線維芽細胞増殖因子受容体がん遺伝子パートナー2（FGFR1OP2）は、骨髄増殖症候群（EMS）の研究で同定されました。この研究は、この症候群に関与する線維芽細胞増殖因子受容体1 （FGFR1）のパートナー遺伝子を同定することを目的としていました。5' -RACE PCR法を用いて、FGFR1OP2は機能が未知の新規遺伝子として同定されました。[ 1 ]
機能
FGFR1OP2は、線維芽細胞増殖因子受容体1（FGFR1）と融合すると、骨髄増殖症候群を引き起こすことが示されています。 [ 1 ] FGFR1遺伝子によってコードされるタンパク質は、線維芽細胞増殖因子受容体ファミリーに属します。[ 2 ] FGFRは通常、細胞外リガンド結合ドメイン、単一の膜貫通ドメイン、および細胞内チロシンキナーゼドメインを含みます。細胞外ドメインは、受容体が結合するリガンドを特定し、リガンド誘導性受容体二量体化を媒介します。[ 3 ] FGFR1OP2がFGFR1と融合すると、恒常的なキナーゼ活性を示す可能性があります。[ 4 ]さらに、FGFR1OP2は創傷治癒経路のいくつかの段階に関与している可能性があります。[ 5 ]
進化生物学
以下の表は、ホモ・サピエンスFGFR1OP2遺伝子およびタンパク質とオーソログを比較したものです。以下の表の両方において、ホモ・サピエンスFGFR1OP2遺伝子またはタンパク質からオーソログへの分岐はTimeTree [ 6 ]を使用して検出されました。オーソログmRNAおよびタンパク質配列は、NCBIのBLAST [ 7 ] およびUCSCのBLATツール[ 8 ]を使用して検出されました。アクセッション番号、配列長、および配列類似性はBLAST [ 7 ]を使用してまとめられました
| 属種 | 一般名 | 分岐（百万年前） | 登録番号 | 配列長（塩基対） | 配列類似性 |
|---|---|---|---|---|---|
| ホモ・サピエンス | ヒト | 0 | NP_056448.1 | 3030 | 100% |
| ノマスカス・レウコゲニス | テナガザル | 20.4 | XM_003265627.1 | 3020 | 96% |
| ウシ | 牛 | 94.2 | BC148973.1 | 2616 | 94% |
| イヌ | 犬 | 94.2 | NM_001197313.1 | 694 | 94% |
| アフリカトビネズミ | ゾウ | 98.7 | XM_003405700.1 | 762 | 93% |
| キヌアシ | リス | 92.3 | 該当なし | 1859 | 92% |
| ハツカネズミ | ネズミ | 92.3 | NM_026218.2 | 2828 | 89% |
| ドブネズミ | ネズミ | 92.3 | NM_201421.1 | 2860 | 88% |
| モノデルフィス・ドメスティカ | オポッサム | 162.6 | XM_001362357.1 | 765 | 88% |
| キンカチョウ | キンカチョウ | 296 | XM_002194575.2 | 1071 | 85% |
| ニワトリ | ニワトリ | 296 | NM_001007855.1 | 3142 | 83% |
| メレアグリス・ガロパボ | トルコ | 296 | XM_003202514.1 | 1275 | 82% |
| アノール・カロリネンシス | アノール | 296 | XM_003221530.1 | 1964 | 82% |
| トリケクス・イヌングイス | マナティー | 98.7 | 該当なし | 2752 | 81% |
| オレオクロミス・ニロティクス | ティラピア | 400.1 | XM_003455706.1 | 937 | 79% |
| アフリカツメガエル | カエル | 371.2 | NM_001085932.1 | 1279 | 79% |
| ゼブラフィッシュ | ゼブラフィッシュ | 400.1 | NM_199955 | 1501 | 78% |
ホモ・サピエンスFGFR1OP2に対するmRNAオーソログ配列の類似性を時間の関数としてグラフ化し、FGFR1OP2遺伝子が時間の経過とともにどのように変化したかを示しました。グラフは右側に示されています
下の表は、ホモ・サピエンスFGFR1OP2タンパク質の相同遺伝子を示しています。FGFR1OP2は、下の表に示すように、動物界のあらゆる系統において保存されています。
| 属種 | 一般名 | 分岐（百万年前） | 登録番号 | 配列の長さ（アミノ酸） | 配列類似性 |
|---|---|---|---|---|---|
| ホモ・サピエンス | ヒト | 0 | NP_056448.1 | 253 | 100% |
| リスザル | リスザル | 42.6 | XP_003926645.1 | 253 | 99% |
| アフリカトビネズミ | ゾウ | 98.7 | XP_003405748.1 | 253 | 99% |
| ハツカネズミ | ネズミ | 92.3 | NP_080494.1 | 253 | 99% |
| モノデルフィス・ドメスティカ | オポッサム | 162.6 | XP_001362394.1 | 254 | 96% |
| メレアグリス・ガロパボ | トルコ | 296 | XP_003202562.1 | 215 | 83% |
| アノール・カロリネンシス | アノール | 296 | XP_003221578.1 | 214 | 82% |
| オレオクロミス・ニロティクス | ティラピア | 400.1 | XP_003455754.1 | 224 | 78% |
| アフリカツメガエル | カエル | 371.2 | NP_001079401.1 | 215 | 77% |
| ゼブラフィッシュ | ゼブラフィッシュ | 400.1 | NP_956249.1 | 215 | 77% |
| ストロンギロセントロトゥス・プルプラトゥス | ウニ | 742.9 | XP_786805.2 | 250 | 66% |
| ワカサギ | オイスター | 782.7 | EKC25301.1 | 233 | 64% |
| カピテラ・テレタ | 環形動物 | 782.7 | ELU02494.1 | 287 | 63% |
| ネマトステラ・ベクテンシス | イソギンチャク | 855.3 | XP_001639733.1 | 174 | 62% |
| カタユウレイボヤ | ホヤ | 722.5 | XP_002130340.1 | 236 | 61% |
| トリボリウム・カスタネウム | ビートル | 782.7 | XP_974301.1 | 201 | 57% |
| ロアロア | 線虫 | 937.5 | EFO20048.2 | 266 | 51% |
| マンソン住血吸虫 | 吸虫 | 792.4 | CCD58880.1 | 342 | 51% |
| アンフィメドン・クイーンズランディカ | 海綿動物 | 716.5 | XP_003387498.1 | 221 | 48% |
遺伝子
FGFR1OP2遺伝子には3つの転写変異体があり、最初のものが最も長い。[ 9 ] FGFR1OP2はHSPC123様タンパク質（HSPC123L）および創傷誘導性転写産物3.0（wit3.0）としても知られている。[ 9 ]
軌跡
ホモサピエンスFGFR1OP2遺伝子は12番染色体上にあり、その特異的遺伝子座は12p11.23である。[ 9 ]ホモサピエンス精子形成調節因子（ASUN）遺伝子（NCBI参照配列NM_018164.2）は、FGFR1OP2のすぐ上流に位置する。[ 11 ] ASUN遺伝子は、発生と有糸分裂細胞周期の調節因子である。[ 12 ]ホモサピエンス膜貫通7スーパーファミリーメンバー3（TM7SF3）遺伝子は、FGFR1OP2のわずかに下流に位置する。[ 13 ]
プロモーター
| 転写因子（TF） | 正式名称 | 機能 | マトリックス類似性 | ストランドTF結合 | 配列TFが結合する |
|---|---|---|---|---|---|
| AP1 | 活性化タンパク質1 | 分化、増殖、アポトーシス | 0.874 | + | gggaGAGTcagcg |
| Smad3 | デカペンタプレジックホモログ3に対する母親 | TGF-βシグナル伝達因子 | 0.983 | + | agtGTCTggtg |
| DRE | ダイオキシン応答エレメント | AHR/AHRNTヘテロダイマーに結合 | 0.971 | + | gcgcgcgtgcGCGTgcacacacaca |
| HAS | HIF-1補助配列 | 血管内皮細胞の増殖を誘導する | 0.923 | + | acaCACGcact |
| RBP2 | 網膜芽細胞腫結合タンパク質2 | 脱メチラーゼ | 1.000 | + | GCACagcgc |
| PLAG1 | 多形性腺腫遺伝子1 | 細胞増殖 | 1.000 | - | gaGGGGgaagggaggcttggccg |
| KLF7 | クルッペル様因子7 | 細胞の増殖、分化、生存を調節する | 0.972 | + | ggaagagGGCGgggcca |
| NFAT<extra_id_1> 活性化T細胞の核因子 | 免疫反応 | 0.994 | あああああああああああ | + | 0.955 |
| NFAT | Nuclear factor of activated T-cells | Immune response | ああああああああ | - | イカロス2 |
| イカロスジンクフィンガー | リンパ球の潜在的な調節因子 | 0.986 | 猫GGGAagcag | + | 0.980 |
| Ikaros2 | Ikaros zinc finger | Potential regulator of lymphocytes | ガクトGGGAaaatt | - | タッグGGGGgccgtggttggtacttc |
| PLAG1 | Pleomorphic adenoma gene 1 | Cell proliferation | 1.000 | - | WT |
| ウィルムス腫瘍抑制因子 | EGR/神経成長因子 | 0.948 | gaccgggTGGGtgggtc | - | AREB6 |
| Atp1a1調節エレメント結合因子6 | IL-2の負の調節因子 | 0.982 | ggccgGTTTcccc | + | NMP4 |
| 核マトリックスタンパク質4 | Cas相互作用ジンクフィンガータンパク質 | ggAAAAactcg | 0.994 | + | SPI1 |
| SPI-1プロトオンコゲン | 造血転写因子 | 0.918 | ガァ ... | + | 0.989 |
| KLF7 | Kruppel-like factor 7 | Regulate cell proliferation, differentiation, and survival | cgcgaGGAAagaaatctcg | - | TBX20 |
| NFAT | Nuclear factor of activated T-cells | Immune response | ブラキュリ遺伝子 | + | 中胚葉発生因子 |
| ggtcggcggAGGTgtctaccccg | STAT3 | シグナル伝達および転写活性化因子3 | 1.000 | + | 転写を活性化する |
| 0.940 | tggcTTCCcggccttccgt | タンパク質 | FGFR1OP2 のタンパク質配列は PELE を使用して分析され、主にアルファヘリックスで構成されていることが判明しました。 | + | ModBaseからの |
FGFR1OP2タンパク質には3つのアイソフォームが存在する。転写バリアント1は253個のアミノ酸から構成され、質量は29.4キロダルトンである。 [ 9 ] FGFR1OP2の等電点は5.61である。 [ 14 ] FGFR1OP2タンパク質にはシグナル配列がないため、分泌されない。 [ 15 ]
There are three isoforms of the FGFR1OP2 protein. Transcript variant 1 consists of 253 amino acids and weighs 29.4 kilodaltons.[9] FGFR1OP2's isoelectric point is 5.61.[14] The FGFR1OP2 protein does not have a signal sequences, and therefore is not secreted.[15]
Domains
FGFR1OP2 has a domain of unknown function, designated DUF837.[9]
Protein Structure
Biology WorkBenchのPELEプログラムを使用してFGFR1OP2のタンパク質配列を解析したところ、FGFR1OP2は完全にアルファヘリックスで構成されていることが判明した。[ 14 ]ホモサピエンスのFGFR1OP2タンパク質の構造モデルは見つからなかったが、Mus musculusのFGFR1OP2タンパク質の構造は以下に示すとおりである。
発現
FGFR1OP2の発現は、NCBIのGene Expression Omnibusを介して解析されました。[ 16 ]以下は、Gene Expression Omnibusデータベースから得られた知見です
- 肺サルコイドーシスでは FGFR1OP2 の発現レベルがわずかに上昇しており、これは FGFR1OP2 が創傷治癒経路の一部で機能していることを示唆しています。
- FGFR1OP2は、VAF347リガンドによって引き起こされる免疫応答の増加において、対照群と比較して強く発現が亢進する。FGFR1OP2は、VAF347リガンドに対する単球由来樹状細胞応答において発現が亢進する。VAF347はアリール炭化水素受容体を活性化し、単球およびナイーブCD4+ Th細胞に作用してIL-22分泌Th細胞の分化を促進する。[ 17 ]
- Mus musculusのランゲルハンス細胞では、ヌルアリール炭化水素受容体（リガンドは VAF347）を持つ FGFR1OP2 の発現が減少していることが示されています。
- この遺伝子は、単球減少症の対照サンプルと比較しても高度に発現しています。
- これは白血病の場合に発現し、この病気と関連がある可能性があります。
- FGFR1OP2 は、 Mus musculusの敗血症性脾細胞において低い発現レベルを示す。
- FGFR1OP2 は胎児網状赤血球では発現しているが、成人網状赤血球では発現していないことから、赤血球の発達に役割を果たしている可能性が示唆されている。
| FGFR1OP2 GEOプロファイル[ 16 ] | |||
|---|---|---|---|
| 病状または細胞 | GEOプロファイル | 病状または細胞 | GEOプロファイル |
| 肺サルコイドーシス |  | VAF347リガンドに対する単球由来樹状細胞応答 | |
| ランゲルハンス細胞 |  | 常染色体優性単球減少症 |  |
| 敗血症性脾細胞 |  | 胎児および成人の網状赤血球 |  |
相互作用
STRINGデータベースと遺伝子カードを用いて、FGFR1OP2と相互作用する可能性のあるタンパク質が同定され、以下の表に示されている。[ 5 ] [ 18 ]
| 相互作用体 | 正式名称 | 機能 | 出典 |
|---|---|---|---|
| STK24 | セリン/スレオニンキナーゼ24 | プロテインキナーゼ | 遺伝子カード |
| TRAF3IP3 | TRAF3相互作用タンパク質 | アダプター分子 | 遺伝子カード、STRING |
| ZRANB1 | ジンクフィンガー、RAN結合ドメイン1含有 | Wntシグナル伝達、細胞骨格形成の正の調節因子 | 遺伝子カード |
| PPP2R1A | タンパク質ホスファターゼ2 | 細胞の成長と分裂の負の制御 | 遺伝子カード |
| STRN | ストリアチン、カルモジュリン結合タンパク質 | 足場タンパク質 | 遺伝子カード、STRING |
| FAM40A | 配列類似度40のファミリー、メンバーA | 細胞骨格の構成 | ストリング |
| PDCD10 | プログラム細胞死10 | アポトーシス経路を調節する | ストリング |
| MST4 | セリン/スレオニンキナーゼ3 | 細胞増殖のメディエーター | ストリング |
| SIKE1 | IKBKE1の抑制因子 | IKK-εの抑制因子およびTBK1阻害因子 | ストリング |
| MOBKL3 | Mps1バインダーキナーゼ活性化因子様3 | 紡錘体極体の複製と有糸分裂チェックポイントの調節 | ストリング |
臨床的意義
FGFR1OP2遺伝子の一塩基多型（SNP）が、韓国の小規模集団（60～80歳の被験者134人）の下顎無歯症につながることが判明しました。 [ 19 ]また、FGFR1OP2がFGFR1と融合すると、8p11骨髄増殖性症候群を引き起こす可能性があります。[ 1 ]
参考文献
- ^ a b c Grand, EK (2006). 「8p11骨髄増殖性症候群におけるfgfr1に融合した新規遺伝子fgfr1op2の同定」. Genes , Chromosomes & Cancer . 40 (1): 78–83 . doi : 10.1002/ gcc.20023 . PMID 15034873. S2CID 511788
- ^ Ornitz, DM; Xu (1996). 「線維芽細胞増殖因子ファミリーの受容体特異性」 . Journal of Biological Chemistry . 271 (25): 15292– 15297. doi : 10.1074/jbc.271.25.15292 . PMID 8663044 .
- ^ J. Schlessinger, A. Ullrich (1992年9月). 「受容体チロシンキナーゼによる成長因子シグナル伝達」. Neuron . 9 ( 3): 383– 391. doi : 10.1016/0896-6273(92)90177-f . PMID 1326293. S2CID 5515795 .
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- ^ a b " FGFR1OP2 " . GeneCards . 2013年1月27日閲覧。
- ^ Hedges SB、Dudley J、Kumar S. 「TimeTree：生物間の分岐時期に関する公開知識ベース」2013年2月12日閲覧。
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- ^ Baba, N (2012). 「アリール炭化水素受容体（AHR）リガンドVAF347は単球およびナイーブCD4+ Th細胞に選択的に作用し、IL-22分泌Th細胞の分化を促進する」 . Human Immunology . 73 (8): 795– 800. doi : 10.1016/j.humimm.2012.05.002 . PMID 22609446 .
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外部リンク
