神経画像ソフトウェアのリスト

神経画像ソフトウェアは、脳の構造と機能を研究するために使用されます。NIH神経科学研究ブループリントの資金提供を受けた、これらのソフトウェアアプリケーションやハードウェアなどの情報センターをご覧になるには、 NITRCのウェブサイトをご覧ください。

3D スライサー視覚化と分析のための拡張可能な無料オープンソース多目的ソフトウェア。
Amira 3D 可視化および分析ソフトウェア
機能的神経画像解析（AFNI）
メイヨークリニックのバイオメディカルイメージングリソース(BIR)によって開発されたAnalyze です。
脳画像解析パッケージ
カムBA
セントルイス・ワシントン大学、カレット・ヴァン・エッセン研究室
計算解剖学ツールボックス（CAT）
CONN（機能的接続性ツールボックス）
Pythonによる拡散イメージング（DIPY）^{[ 1 ]}
DL+ダイレクト^{[ 2 ]}
EEGLAB
FMRIB ソフトウェアライブラリ(FSL)
フリーサーファー
Imaris 神経科学者のためのImaris
ISAS（SPMによる発作期-発作間欠期SPECT解析）
LONIパイプライン、南カリフォルニア大学神経イメージング研究所
リードDBS
マンゴー^{[ 3 ]}
NITRC神経画像情報ツールおよびリソースクリアリングハウス。NIHが資金提供する神経画像ツールのデータベース
NeuroKit、生理学的信号処理のためのPython オープンソースツールボックス
神経生理学的バイオマーカーツールボックス
PyNets: 構造的および機能的コネクトームアンサンブル学習のための再現可能なワークフロー(PyNets)
シードベースの d マッピング(以前は符号付き差分マッピング、SDM): ボクセルベースの神経画像研究のメタ分析を実行する方法。
Spinal Cord Toolbox（SCT）は、脊髄のMR画像を処理するための最初の包括的かつオープンソースのソフトウェアです。^{[ 4 ]}
統計的パラメトリックマッピング（SPM）

参考文献

^ Garyfallidis, Eleftherios; Brett, Matthew; Amirbekian, Bagrat; Rokem, Ariel; van der Walt, Stefan; Descoteaux, Maxime; Nimmo-Smith, Ian; Dipy, Contributors (2014). 「Dipy：拡散MRIデータ解析用ライブラリ」 . Frontiers in Neuroinformatics . 8 : 8. doi : 10.3389/fninf.2014.00008 . ISSN 1662-5196 . PMC 3931231 . PMID 24600385 .{{cite journal}}:|first8=一般的な名前があります（ヘルプ）
^ Rebsamen, Michael; Rummel, Christian; Reyes, Mauricio; Wiest, Roland; McKinley, Richard (2020年12月). 「ディープラーニングベースの解剖学的セグメンテーションと皮質区画化を用いた皮質厚の直接推定」 . Human Brain Mapping . 41 (17): 4804– 4814. doi : 10.1002 / hbm.25159 . PMC 7643371. PMID 32786059 .
^ Sadigh-Eteghad S, Majdi A, Farhoudi M, Talebi M, Mahmoudi J (2014). 「認知視覚からみた正常加齢とアルツハイマー病における脳活性化の異なるパターン：活性化尤度推定を用いたメタ分析」Journal of the Neurological Sciences . 343 (1): 159– 66. doi : 10.1016/j.jns.2014.05.066 . PMID 24950901 . S2CID 24359894 .
^ Cohen-Adad J, De Leener B, Benhamou M, Cadotte D, Fleet D, Cadotte A, Fehlings MG, Pelletier Paquette JP, Thong W, Taso M, Collins DL, Callot V, Fonov V. Spinal Cord Toolbox: 脊髄MRIデータ処理のためのオープンソースフレームワーク. OHBM第20回年次会議議事録, ハンブルク, ドイツ 2014:3633

[1] Garyfallidis, Eleftherios; Brett, Matthew; Amirbekian, Bagrat; Rokem, Ariel; van der Walt, Stefan; Descoteaux, Maxime; Nimmo-Smith, Ian; Dipy, Contributors (2014). 「Dipy：拡散MRIデータ解析用ライブラリ」 . Frontiers in Neuroinformatics . 8 : 8. doi : 10.3389/fninf.2014.00008 . ISSN 1662-5196 . PMC 3931231 . PMID 24600385 .{{cite journal}}:|first8=一般的な名前があります（ヘルプ）

[2] Rebsamen, Michael; Rummel, Christian; Reyes, Mauricio; Wiest, Roland; McKinley, Richard (2020年12月). 「ディープラーニングベースの解剖学的セグメンテーションと皮質区画化を用いた皮質厚の直接推定」 . Human Brain Mapping . 41 (17): 4804– 4814. doi : 10.1002 / hbm.25159 . PMC 7643371. PMID 32786059 .

[3] Sadigh-Eteghad S, Majdi A, Farhoudi M, Talebi M, Mahmoudi J (2014). 「認知視覚からみた正常加齢とアルツハイマー病における脳活性化の異なるパターン：活性化尤度推定を用いたメタ分析」Journal of the Neurological Sciences . 343 (1): 159– 66. doi : 10.1016/j.jns.2014.05.066 . PMID 24950901 . S2CID 24359894 .

[4] Cohen-Adad J, De Leener B, Benhamou M, Cadotte D, Fleet D, Cadotte A, Fehlings MG, Pelletier Paquette JP, Thong W, Taso M, Collins DL, Callot V, Fonov V. Spinal Cord Toolbox: 脊髄MRIデータ処理のためのオープンソースフレームワーク. OHBM第20回年次会議議事録, ハンブルク, ドイツ 2014:3633

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