分子エディター
分子エディターは、化学構造の表現を作成および変更するためのコンピュータ プログラムです。
分子エディターは、それぞれ2Dコンピュータグラフィックスまたは3Dコンピュータグラフィックスを介して、シミュレートされた2次元空間または3次元空間で化学構造表現を操作できます。2次元出力はイラストとして、または化学データベースへのクエリとして使用されます。3次元出力は、通常、分子モデリングソフトウェアパッケージの一部として、分子モデルの構築に使用されます。
Leatherface [ 1 ] 、 RECAP [ 2 ]、Molecule Slicer [ 3 ]などのデータベース分子エディタでは、ユーザーが指定できる「カルボン酸の脱プロトン化」や「環外結合の切断」などのルールに従って、多数の分子を自動的に修正することができます。
分子エディタは通常、少なくとも1つのファイル形式または行表記の読み書きをサポートしています。それぞれの例としては、 MolfileとSMILES（ Simpled molecular input line entry specification）が挙げられます。
分子エディタによって生成されたファイルは、分子グラフィックツールで表示できます。
スタンドアロンプログラム
2D構造編集
| プログラム | 開発者 | ライセンス | プラットフォーム | 情報 |
|---|---|---|---|---|
| ACD/ケムスケッチ | ACD/ラボ | 独自の | ウィンドウズ | 有機化合物、有機金属化合物、ポリマー、マルクーシュ構造の2D構造を作成できる、化学的にインテリジェントな描画インターフェース。フリーウェア版もご利用いただけます。 |
| BIOVIA ドロー | ダッソー・システムズ | 独自の | ウィンドウズ | ISIS/Drawの後継。 |
| ケムドロー | 回転信号 | 独自の | Windows、macOS | 主に2D化学構造と反応を編集するためのもの |
| ケムウィンドウ | ワイリー | 独自の | ウィンドウズ | 学術研究および教育のためのフリーウェア。KnowItAll ソフトウェア環境の一部です。 |
| JChemPaint | JChemPaint開発者 | GNU LGPL | クロスプラットフォーム | Javaで書かれた2D構造式エディタ |
| XDrawChem | XDrawChem開発者 | GNU GPL | Windows、macOS、Linux | OpenBabelをベースにした2D化学構造描画ツール |
3D構造編集
| プログラム | 開発者 | ライセンス | プラットフォーム | 情報 | 最終リリース |
|---|---|---|---|---|---|
| アミラ（ソフトウェア） | Visage Imaging Zuse Institute ベルリン | 独自の | Windows、macOS、Linux | 3D視覚化ツールが含まれています。試用版もご利用いただけます。 | |
| アスカラフデザイナー | アジャイル分子 | GNU GPL | ウィンドウズ、リナックス | フリーウェアの 3D 分子エディター。 | 2009 |
| アボガドロ | アボガドロプロジェクトチーム | GNU GPL | Windows、macOS、Linux | 3D 分子エディターおよびビジュアライザー。 | 2025年10月27日  |
| デネブ | アテルグラフィックス | 独自の | ウィンドウズ、リナックス | 3D 編集を含むシミュレーション パッケージ用の GUI。 | |
| ガベディット | アブドゥルラーマン・アルーシュ | BSD | Windows、macOS、Linux | 視覚化機能を備えた 3D 分子エディター。 | 2021年7月27日 |
| 文部科学省 | 化学コンピューティンググループ | 独自の | Windows、macOS、Linux | 3D 分子スケッチ、編集、2D から 3D への変換が含まれます。 | 2024年6月 |
| ピモル | シュレディンガー株式会社 | 独自仕様（オープンソース版あり） | クロスプラットフォーム | 構造解析用の基本的な 3D 編集機能を備えた人気の分子視覚化ツール。 | 2025年2月1日 |
| サムソン | ワンオングストローム | 独自の | Windows、macOS、Linux | 3D 分子編集を含む計算ナノサイエンスのためのモジュール式プラットフォーム。 | 2025 |
| スパルタン | ウェーブファンクション株式会社 | 独自の | Windows、macOS、Linux | 3D 分子モデリングとシミュレーションに焦点を当てています。 | 2024年5月14日 |
| VMD | イリノイ大学 | 非商用利用は無料 | クロスプラットフォーム | Molefacture プラグインによる構造編集機能を備えた 3D 分子視覚化ツール。 | 2016年11月30日 |
| ヤサラ | ヤサラバイオサイエンス | 独自仕様（無料版あり） | クロスプラットフォーム | 広範な 3D 機能を備え、構造生物学に重点を置いた分子グラフィックスおよびモデリング ソフトウェアです。 | 2024年10月5日 |
Javaアプレット
| アプレット | 開発者 | ライセンス | 情報 |
|---|---|---|---|
| JChemPaint | GNU LGPL | エディターとビューアのアプレット | |
| JME 分子エディター | ピーター・エルトル | 独自の | Molinspirationから入手可能なフリーウェア。非商用利用の フリーウェア |
JavaScript 埋め込みエディタ
| プログラム | 開発者 | ライセンス | デスクトップブラウザ IE6-7-8 | デスクトップブラウザその他 | iPad | iPhone | アンドロイド | 情報 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ケクレプログラム | Kekule.js ラボ | MITライセンス | はい | はい | 未知 | 未知 | 未知 |
参照
注釈と参考文献
- ^ Kenny, Peter W.; Sadowski, Jens (2005). 「化学データベースにおける構造修飾」.創薬におけるケモインフォマティクス. 医薬化学における方法と原理. pp. 271–285 . doi : 10.1002/3527603743.ch11 . ISBN 9783527307531。
- ^ Lewell, Xiao Qing; Judd, Duncan B.; Watson, Stephen P.; Hann, Michael M. (1998). 「RECAP-レトロ合成コンビナトリアル分析手順：コンビナトリアルケミストリーにおける有用な応用を持つ特権分子フラグメントの同定のための強力な新技術」. Journal of Chemical Information and Computer Sciences . 38 (3): 511– 522. doi : 10.1021/ci970429i . PMID 9611787 .
- ^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G.; Higgs, Richard E.; Watson, Ian A.; Robertson, Daniel H.; Savin, Kenneth A.; Durst, Gregory L.; Hipskind, Philip A. (2004). 「市販経口薬の特徴的な物理的性質と構造フラグメント」. Journal of Medicinal Chemistry . 47 (1): 224– 232. doi : 10.1021/jm030267j . PMID 14695836 .
外部リンク
