シアノバクテリア光化学系II、二量体、PDB 2AXT 光化学系II (または水-プラストキノン酸化還元酵素 )は、酸素発生型光合成における 光依存反応 の最初のタンパク質複合体です。 植物 、藻類 、シアノバクテリア のチラコイド膜 に存在します。光化学系内では、酵素が 光子を捕らえて電子をエネルギー化し、この 電子は 様々な補酵素 や補因子を介して プラストキノンを プラストキノールに還元します。エネルギー化された電子は酸化水と置換され、 水素イオン と分子状酸素を生成します。
光合成系IIは、失われた電子を水の分解 で得た電子で補充することで、すべての酸素発生型[ 1 ] 光合成に必要な電子を供給する。水の酸化によって生成された水素イオン(プロトン)は、ATP合成酵素が ATPを 生成するために用いるプロトン勾配を形成するのに役立つ。プラストキノンに転移したエネルギーを与えられた電子は、最終的に NADPを 還元するために用いられる。+ NADPH への電子伝達に利用されるか、非循環的な電子伝達 に利用される。[ 2 ] DCMUは 、実験室では光合成を阻害するためによく用いられる化学物質である。DCMUが存在すると、光合成系IIからプラストキノンへの電子伝達が阻害される。
複合体の構造 シアノバクテリアの光合成系 II、モノマー、PDB 2AXT。 電子伝達を強調した PSII の概略図。 PSIIの核は、相同タンパク質D1とD2からなる擬似対称ヘテロ二量体から構成されています。[ 3 ] 他のすべての光合成系 の反応中心では、光誘起電荷分離が起こるクロロフィル二量体の正電荷が2つのモノマーに均等に分配されますが、PSIIの反応中心では、電荷は主に1つのクロロフィル中心に集中しています(70〜80%)。[ 4 ] このため、P680 + は酸化力が強く、水の分解に関与することができます。[ 3 ]
光合成系II(シアノバクテリア および緑色植物)は、約20のサブユニット(生物によって異なる)とその他の補助的な集光タンパク質から構成されています。各光合成系IIは、少なくとも99の補因子を含みます。クロロフィルaが35、ベータカロテンが 12 、フェオフィチンが2、プラスト キノンが2、 ヘムが 2 、重炭酸塩が1、脂質が20、マンガンが1です。4 酸化カルシウム5 クラスター(2つの塩化物イオンを含む)、1つの非ヘム鉄2歳以上 および2つの推定Ca2歳以上 単量体あたりイオン。[ 5 ] 光化学系II にはいくつかの結晶構造がある。[ 6 ] このタンパク質のPDBアクセッションコードは3WU2、3BZ1、3BZ2 (3BZ1 と3BZ2 は光化学系II二量体の単量体構造)、[ 5 ] 2AXT 、1S5L 、1W5C 、1ILX 、1FE1、1IZL である 。
タンパク質サブユニット(機能が既知のもののみ) サブユニット 家族 関数 D1(PsbA) 光合成反応中心タンパク質ファミリー 反応中心タンパク質、クロロフィルP680、フェオフィチン、ベータカロチン、キノン、マンガン中心に結合する D2(PsbD) 反応中心タンパク質 CP43(PsbC) 光化学系II集光タンパク質 マンガン中心に結合する CP47(PsbB) お マンガン安定化タンパク質 (InterPro : IPR002628 ) マンガン安定化タンパク質 慣例により、遺伝子名はPsb + サブユニット文字で構成されます。例えば、サブユニットOはPsbO です。例外はD1(PsbA )とD2(PsbD )です。
酸素発生複合体(OEC)マンガンセンターの提案構造 酸素発生複合体は水の酸化反応の場である。これは、4つのマンガンイオン(酸化状態は+3から+4)[ 7 ] と1つの二価カルシウムイオンからなる金属酸化物クラスターである。この複合体が水を酸化して酸素ガスとプロトンを生成すると、水から4つの電子がチロシン(D1-Y161)側鎖へ、そしてP680自身へと順次渡される。この複合体は、OEE1(PsbO)、OEE2(PsbP)、OEE3(PsbQ)という3つのタンパク質サブユニットから構成され、4つ目のPsbRペプチドが近くに結合している。
酸素発生複合体の最初の構造モデルは、2001年に凍結タンパク質結晶からのX線結晶構造解析によって 3.8Åの分解能で解読されました。 [ 8 ] その後数年間で、モデルの分解能は徐々に2.9Åまで向上しました。 [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]これら の構造を得ること自体は大きな功績でしたが、酸素発生複合体の完全な詳細を示すものではありませんでした。2011年にPSIIのOECは1.9Åのレベルまで解像され、5つの酸素原子がオキソ橋として機能し、5つの金属原子と4つの水分子がMn4 酸化カルシウム5 クラスター; 各光化学系IIモノマーには1,300を超える水分子が見つかり、そのいくつかは、プロトン、水、または酸素分子のチャネルとして機能している可能性のある広範な水素結合ネットワークを形成しています。[ 12 ] この段階では、使用された高強度X線 によってマンガン原子が還元され、観察されたOEC構造が変化するという証拠があるため、X線結晶構造解析で得られた構造には偏りがあることが示唆されています。これにより、研究者は結晶を米国の SLAC などのX線自由電子レーザー と呼ばれる別のX線施設に持ち込みました。2011年に観察された構造は2014年に確認されました。[ 13 ] 光化学系IIの構造を知るだけでは、それがどのように正確に機能するかを明らかにするのに十分ではありませんでした。そのため、現在、メカニズムサイクルのさまざまな段階での光化学系IIの構造を解明するための競争が始まっています(以下で説明)。現在、S1状態とS3状態の構造が2つの異なるグループからほぼ同時に発表されており、Mn1とMn4の間にO6と呼ばれる酸素分子が追加されていることが示されており、[ 14 ] [ 15 ] これは、酸素発生複合体上で酸素が生成される場所である可能性があることを示唆しています。
水分解 水分解プロセス:電子輸送と制御。第1レベル(A )はS状態循環のKokモデルを示し、第2レベル(B )は電子輸送(S状態の進行)と中間S状態([YzSn]、n=0,1,2,3)形成の緩和過程との関連を示す。 光合成による水分解(または酸素発生 )は、地球上で最も重要な反応の一つであり、大気中のほぼすべての酸素の源となっています。さらに、人工的な光合成による水分解は、太陽光を代替エネルギー源として有効活用することに貢献する可能性があります。
水の酸化のメカニズムはかなり詳細に解明されている。[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] 水から分子状酸素への酸化には、2分子の水から4つの電子と4つの陽子を抽出する必要がある。1つのPSII内の酸素発生複合体(OEC)の循環反応によって酸素が放出されるという実験的証拠は、ピエール・ジョリオらによって示された。[ 19 ] 彼らは、暗順応した光合成材料(高等植物、藻類、シアノバクテリア)が一連の単一ターンオーバーフラッシュに曝露されると、3番目と7番目のフラッシュで最大、1番目と5番目のフラッシュで最小となる典型的な周期4の減衰振動で酸素の発生が検出されることを示した(レビューについては[ 20 ] を参照)。この実験に基づいて、ベッセル・コックと同僚ら[ 21 ] は 、いわゆるS 状態の 5 つのフラッシュ誘導遷移のサイクルを導入し、OEC の 4 つの酸化還元状態を説明しました。4 つの酸化当量が(S 4 状態で)蓄えられると、OEC は基本の S 0 状態に戻ります。光がない場合、OEC は S 1 状態に「緩和」します。S 1 状態はしばしば「暗安定」であると説明されます。S 1状態は主に、酸化状態が Mn 3+ 、Mn 3+ 、Mn 4+ 、Mn 4+ であるマンガンイオンで構成されていると考えられています。[ 22 ] 最後に、中間 S 状態 [ 23 ] は、 S 状態とチロシン Z の間の制御メカニズムおよびリンクとして、ジャブロンスキーとラザールによって提案されました。
2012年にレンガーは、水分解中に水分子が様々なS状態の典型的な酸化物に内部変化するという考えを表現した。[ 24 ]
阻害剤 PSII阻害剤 は除草剤として用いられる。主な化合物群は2つあり、塩化シアヌル酸 由来のトリアジン [ 25 ] (アトラジン とシマジンが 最も一般的に使用されている)と、クロルトルロン やジウロン (DCMU)を含むアリール 尿素である [ 26 ] [ 27 ] 。
参照
参考文献 ^ 「無酸素光合成 ―酸素再生に寄与しない光化学反応―」 国立医学図書館 NIH出版社 2016年3月31日2025年12月16日 閲覧 。^ Loll B, Kern J, Saenger W, Zouni A, Biesiadka J (2005年12月). 「光化学系IIの3Å分解能構造における完全な補因子配置に向けて」 Nature 438 ( 7070 ): 1040–4 . Bibcode : 2005Natur.438.1040L . doi : 10.1038/nature04224 . PMID 16355230 . S2CID 4394735 . ^ a b Rutherford AW , Faller P (2003年1月). 「光化学系II:進化論的視点」 . ロンドン王立協会哲学論文集. シリーズB, 生物科学 . 358 (1429): 245–53 . doi : 10.1098 / rstb.2002.1186 . PMC 1693113. PMID 12594932 . ^ 大久保 剛志、友 剛志、杉浦 誠、野口 剛志 (2007年4月). 「フーリエ変換赤外分光法による光化学系IIの孤立反応中心複合体におけるP680の構造摂動とラジカルカチオン上の電荷分布」. 生化学 . 46 (14): 4390–7 . doi : 10.1021/bi700157n . PMID 17371054 . ^ a b Guskov A, Kern J, Gabdulkhakov A, Broser M, Zouni A, Saenger W (2009年3月). 「2.9Å解像度でのシアノバクテリア光化学系IIとキノン、脂質、チャネル、塩化物の役割」 Nature Structural & Molecular Biology . 16 (3): 334– 42. doi : 10.1038/nsmb.1559 . PMID 19219048 . S2CID 23034289 . ^ Junko Y, Kern J, Yachandra VK, Nilsson H, Koroidov S, Messinger J (2015). 「第2章 第3節 フェムト秒X線パルスを用いた室温での光化学系IIのX線回折と分光法 」 Kroneck PM, Sosa Torres ME (編). 『 地球上の生命の維持:二酸素やその他の噛み応えのあるガスを操る金属酵素 』 Metal Ions in Life Sciences. 第15巻. Springer. pp. 13– 43. doi : 10.1007/978-3-319-12415-5_2 . ISBN 978-3-319-12414-8 . PMC 4688042 . PMID 25707465 .^ Cox, Nicholas; Pantazis, Dimitrios A.; Lubitz, Wolfgang (2020). 「光化学系IIにおける水の酸化メカニズムの現状とXFELデータとの関連性」 . Annual Review of Biochemistry . 89 : 795–820 . doi : 10.1146/annurev-biochem-011520-104801 . PMID 32208765. S2CID 214645936 . ^ Zouni A, Witt HT, Kern J, Fromme P, Krauss N, Saenger W, Orth P (2001年2月). 「Synechococcus elongatus由来光化学系IIの3.8Å分解能における結晶構造」 Nature 409 ( 6821): 739–43 . Bibcode : 2001Natur.409..739Z . doi : 10.1038 /35055589 . PMID 11217865. S2CID 4344756 . ^ Kamiya N, Shen JR (2003年1月). 「Thermosynechococcus vulcanus由来酸素発生型光化学系IIの3.7Å分解能における結晶構造」 . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 100 (1): 98– 103. Bibcode : 2003PNAS..100...98K . doi : 10.1073 / pnas.0135651100 . PMC 140893. PMID 12518057 . ^ Ferreira KN, Iverson TM, Maghlaoui K, Barber J, Iwata S (2004年3月). 「光合成酸素発生中心の構造」 . Science . 303 ( 5665): 1831–8 . Bibcode : 2004Sci...303.1831F . doi : 10.1126/science.1093087 . PMID 14764885. S2CID 31521054 . ^ Guskov A, Kern J, Gabdulkhakov A, Broser M, Zouni A, Saenger W (2009年3月). 「2.9Å解像度でのシアノバクテリア光化学系IIとキノン、脂質、チャネル、塩化物の役割」 Nature Structural & Molecular Biology . 16 (3): 334–42 . doi : 10.1038/nsmb.1559 . PMID 19219048. S2CID 23034289 . ^ Umena Y, Kawakami K, Shen JR, Kamiya N (2011年5月). 「1.9Å分解能における酸素発生型光化学系IIの結晶構造」 ( PDF) . Nature . 473 (7345): 55– 60. Bibcode : 2011Natur.473...55U . doi : 10.1038/nature09913 . PMID 21499260. S2CID 205224374 . ^ 菅 正之、秋田 文雄、平田 健、上野 剛、村上 英樹、中島 雄一、清水 剛、山下 功、山本 正治、阿郷 秀、Shen JR (2015年1月). 「フェムト秒X線パルスによる1.95Å分解能の光化学系IIの天然構造」 . Nature . 517 ( 7532): 99– 103. Bibcode : 2015Natur.517...99S . doi : 10.1038/nature13991 . PMID 25470056. S2CID 205241611 . ^ Young ID, Ibrahim M, Chatterjee R, Gul S, Fuller F, Koroidov S, et al. (2016年12月). 「光化学系 II の構造と室温での基質結合」 . Nature . 540 (7633): 453– 457. Bibcode : 2016Natur.540..453Y . doi : 10.1038/nature20161 . PMC 5201176. PMID 27871088 . ^ 菅 正之、秋田 文雄、菅原 正之、久保 正之、中島 雄之、中根 剛志、他 (2017年3月). 「XFELで捉えた光誘起構造変化とPSIIのO=O結合 形成 部位」 . Nature . 543 (7643): 131– 135. Bibcode : 2017Natur.543..131S . doi : 10.1038/nature21400 . PMID 28219079. S2CID 205254025 . ^ Vinyard DJ, Brudvig GW (2017年5月). 「光化学系IIにおける水酸化の分子メカニズムへの進歩」. Annual Review of Physical Chemistry . 68 (1): 101– 116. Bibcode : 2017ARPC...68..101V . doi : 10.1146/annurev-physchem-052516-044820 . PMID 28226223 . ^ Cox N, Pantazis DA, Lubitz W (2020年6月). 「光化学系IIにおける水酸化のメカニズムに関する最新の知見とXFELデータとの関連性」 . Annual Review of Biochemistry . 89 (1): 795– 820. doi : 10.1146/annurev-biochem-011520-104801 . PMID 32208765 . ^ Ibrahim M, Fransson T, Chatterjee R, Cheah MH, Hussein R, Lassalle L, et al. (2020年6月). 「光化学系IIにおけるS 2 → S 3 遷移中の一連のイベントの解明と水酸化機構への示唆」 . Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 117 (23): 12624– 12635. Bibcode : 2020PNAS..11712624I . doi : 10.1073 / pnas.2000529117 . PMC 7293653. PMID 32434915 . ^ ジョリオット P.;バルビエリ G.シャボー R. (1969)。 「Un nouveau modele des center photochimiques du systeme II」。 光化学と光生物学 。 10 (5): 309–329 . 土井 : 10.1111/j.1751-1097.1969.tb05696.x 。 S2CID 96744015 。 ^ Joliot P (2003). 「光合成におけるフラッシュ誘起酸素生成の周期4振動」. 光合成 研究 . 76 ( 1–3 ): 65–72 . doi : 10.1023/A:1024946610564 . PMID 16228566. S2CID 8742213 . ^ Kok B, Forbush B, McGloin M (1970年6月). 「光合成による酸素発生における電荷の協力-I. 線形4段階メカニズム」. 光化学と光生物学 . 11 (6): 457–75 . doi : 10.1111 / j.1751-1097.1970.tb06017.x . PMID 5456273. S2CID 31914925 . ^ Kuntzleman T, Yocum CF (2005年2月). 「ヒドロキノンまたはNH2OHによる光化学系II酸素発生複合体からの還元誘導阻害およびMn(II)放出は、暗順応酵素のMn(III)/Mn(III)/Mn(IV)/Mn(IV)酸化状態と一致する」. 生化学 . 44 (6): 2129–42 . doi : 10.1021/bi048460i . PMID 15697239 . ^ Jablonsky J, Lazar D (2008年4月). 「酸素発生複合体の酸化過程における初期段階として の 中間S状態の証拠」 . Biophysical Journal . 94 (7): 2725–36 . Bibcode : 2008BpJ....94.2725J . doi : 10.1529/biophysj.107.122861 . PMC 2267143. PMID 18178650 . ^ Renger G (2012年8月). 「酸素発生型光合成生物の光化学系IIにおける光誘起水分解のメカニズム」 . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics . 1817 (8): 1164–76 . doi : 10.1016/j.bbabio.2012.02.005 . PMID 22353626 . ^ 「クロロトリジン除草剤」 alanwood.net 2021 年3月26日 閲覧 。 ^ 「尿素除草剤」 alanwood.net 2021 年3月26日 閲覧 。 ^ Oettmeier W (1992). 「光化学系IIの除草剤」. 光化学系 . pp. 349– 408. doi : 10.1016/B978-0-444-89440-3.50018-7 . ISBN 9780444894403 。