FOXD4L6
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | FOXD4L6、フォークヘッドボックスD4のような6、フォークヘッドボックスD4のような6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 1347467 ; HomoloGene : 129638 ; GeneCards : FOXD4L6 ; OMA : FOXD4L6 - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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フォークヘッドボックスD4様6（FOXD4L6 ）は、ホモ・サピエンスにおいてFOXD4L6遺伝子によってコードされるタンパク質である。フォークヘッドボックス（FOX）転写因子ファミリーの一員として、核DNA結合転写因子として機能する。[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]
| フォークヘッドボックス D4のような6 | |||||||
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 DNA結合ドメインと全体的なフォールドを強調したヒトFOXD4L6の予測3D構造 | |||||||
| 識別子 | |||||||
| シンボル | FOXD4L6 | ||||||
| HGNC | HGNC:31986 | ||||||
| 参照シーケンス | 653404 | ||||||
| ユニプロット | Q3SYB3 | ||||||
| その他のデータ | |||||||
| 軌跡 | 第9章11.2節 | ||||||
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遺伝子の同一性
この遺伝子はFOXD4様クラスター内に位置し、FRG1HP、PGM5P2、LINC03025、ZNG1Fなどいくつかの隣接遺伝子座を有する。[ 5 ]
mRNA転写産物
FOXD4L6遺伝子はイントロンを持たない単一エクソン遺伝子として転写され、1つの主要なmRNA転写産物を生成し、それが417個のアミノ酸鎖に翻訳される。この遺伝子はイントロンを欠くため、選択的スプライシングやアイソフォームは報告されていない。[ 5 ] [ 7 ]
進化と相同性
遺伝子ファミリーのコンテキスト
FOXD4L6はフォークヘッドボックス（FOX）遺伝子ファミリーに属し、単細胞真核生物に起源を持ち、過去16億年から22億年の間に複数の複製イベントを通じて拡大した、進化的に古い転写因子のグループです。[ 8 ] [ 9 ]
統合機能：フォークヘッド（FKH）ドメイン
中央のFKHドメインはDNA結合を担う二重翼ヘリックス構造を形成し、脊椎動物と無脊椎動物で最も強い保存性を示す。FOXD4L6では、フォークヘッドDNA結合領域は中央部分、残基108から202に位置する。[ 7 ]
相同性
脊椎動物では、このファミリーは10以上のサブファミリー（FOXA～FOXS）に多様化しました。FOXDサブクラスには、FOXD1 、 FOXD2 、 FOXD3 、そして霊長類に存在するFOXD4 /FOXD4類似遺伝子が含まれます。ヒトでは、この拡張によりFOXD4L6を含む7つのFOXD4L遺伝子が産生されました。[ 8 ] [ 7 ]
近縁のパラログとしてFOXD4、FOXD4L1～FOXD4L6、そしてより遠縁のFOXD1、FOXD2、FOXD3が同定されました。これらのパラログは高い配列相同性を示し、FOXD4類似遺伝子はFOXD4と95%以上の相同性を示し、FOXD1/FOXD2/FOXD3はFOXD4L6と約90%の配列相同性を示しました[ 7 ] 。
約100アミノ酸からなるフォークヘッド（FKH）DNA結合ドメインは高度に保存されており、残基の相同性が高いことが確認された。さらに、他の領域も特定された。N末端には、アスパラギン酸とグルタミン酸に富む負に帯電した「酸性ブロブ」がタンパク質間相互作用表面に寄与している。[ 7 ]
タンパク質と発現
FOXD4L6はフォークヘッドドメインを介して転写制御に関与し、配列特異的にDNAに結合する。[ 7 ]
細胞内局在
抗体を用いたプロテオミクスデータは、FOXD4L6タンパク質が細胞核に局在し、予測される転写因子としての役割とクロマチンとの会合を示唆している。膜貫通セグメントやシグナルペプチドは予測されず、ER/ゴルジ体を介さずに核内に局在することを示唆している。[ 10 ]
組織発現
GTExやヒトタンパク質アトラスなどのトランスクリプトミクスデータセットは、FOXD4L6の発現が脳、特に胚性外胚葉由来の神経組織に豊富であることを示している。GEOのマイクロアレイデータセットは、がん細胞株と非がん細胞株間で発現に大きなばらつきがあり、同じがん種の複製株間ではほとんど一貫性がないことを明らかにした。[ 11 ] [ 10 ] [ 12 ]
規制上の特徴
FOXD4L6プロモーターの解析により、ジンクフィンガータンパク質、TFAP2転写因子、核内受容体、STATファミリー因子、RREB1の結合モチーフを含む2つのプロモーター領域が明らかになった。[ 7 ]
変異体と翻訳後修飾（PTM）
このタンパク質の残基には、多くの遺伝的変異が生じる可能性があります。少なくとも70種類の塩基対構成の遺伝的変異が同義修飾として登録されており、これは最終的なタンパク質構成がこれらの編集の影響を受けなかったことを意味します。体細胞変異は、残基3、45、108、110、118、144、145、157、185、239、280、315、および364で発生すると仮定されました。[ 7 ]
計算解析により、FOXD4L6 配列全体にわたっていくつかの PTM が予測されます。
- 特に不規則領域内の複数のセリン、スレオニン、チロシン残基のリン酸化。[ 7 ]
- フォークヘッドドメインの外側の溶媒に曝露された残基におけるリジンとアルギニンのメチル化。 [ 7 ]
- 拡張された酸性領域（残基番号約19～44）は、高スコアの負に帯電したセグメントに対応しており、クロマチン関連転写因子に見られる酸性ドメインと一致する。[ 7 ]
- 肺扁平上皮癌におけるDNAメチル化解析では、FOXD4L6が異常にメチル化された遺伝子であることが特定され、癌細胞の異常な状態と一致している。[ 12 ]
タンパク質相互作用
表 1: 相互作用の種類、信頼度スコア、機能的関連性など、ヒト FOXD4L6 の予測されるタンパク質間相互作用を示す比較表。
| 略称 | フルネーム | 識別の根拠 | 注釈 / 機能 |
|---|---|---|---|
| KIAA0232 | KIAA0232（未解析タンパク質） | 十分に特性が解明されていないタンパク質。細胞内に存在する可能性が高い。生物学的機能は不明。相互作用の信頼性は低/中程度 | 不明な関数 |
| HSPBAP1 | 熱ショックタンパク質関連タンパク質1 | 低分子熱ショックタンパク質（HSPBファミリー）と相互作用する。タンパク質のフォールディングやシャペロン関連制御に関与している可能性がある。細胞内に存在する可能性が高い。 | タンパク質の折り畳みや安定化における役割の可能性を示唆しています。 |
| ZNF496 | ジンクフィンガータンパク質496 | DNA結合性ジンクフィンガー転写因子。核局在はFOXD4L6と一致する。 | 高い信頼性（compPASS）スコア。転写の共調節を示唆します。 |
| ZBTB9 | ジンクフィンガーとBTBドメインを含む9 | BTB/亜鉛フィンガー転写因子。 | 核局在についても。 |
| FOXD2 | フォークヘッドボックスタンパク質D2 | フォークヘッド (FOX) 転写因子ファミリーのメンバー。 | 高信頼スコア compPASS ~ 0.994 |
| FBN2 | フィブリリン-2 | 細胞外マトリックス（ECM）構造タンパク質。 | 細胞外TFはFOXD4L6の局在と一致しない |
臨床的意義
がん関連の発現
FOXD4L6は癌全体にわたって文脈依存的な発現を示す。[ 12 ]
神経膠腫や頭蓋底脊索腫などの癌では、このタンパク質の発現は中程度であった。リンパ腫、甲状腺癌、頭頸部癌などの癌では、高頻度にタンパク質発現が見られた。[ 12 ]
pLEC（原発性肺リンパ上皮癌）：FOXD4L6と関連遺伝子はコピー数増加と過剰発現を示すことが多く、生存解析ではFOXD4L6発現が低いほど予後が良好であることが示されています。[ 12 ]
甲状腺癌ネットワーク解析（CCMGDB）では、FOXD4L6は正常細胞のシグナル伝達ネットワークに現れるが、腫瘍特異的ネットワークには現れず、悪性組織（腫瘍）におけるダウンレギュレーションと一致している。[ 12 ]
細胞生存率と免疫関連反応
細胞毒性と免疫シグナル伝達を調べる機能ゲノムスクリーニングでは、FOXD4L6が免疫関連ネットワーク内に位置づけられている。[ 13 ]
免疫毒素SS1Pを用いた全ゲノムRNAiスクリーニングでは、FOXD4L6は微妙な緩和効果を示し、毒素誘導性細胞死に対する抵抗性において小さな役割を果たしていることを示唆している。[ 13 ]
敗血症性急性腎障害の研究では、FOXD4L6はT細胞活性化、好中球シグナル伝達、サイトカイン応答の経路に関連する遺伝子の中に含まれています。[ 13 ]
相関研究では、FOXD4L6の発現がCD8+ T細胞マーカーと正の相関関係にあることが明らかになり、腫瘍と免疫の相互作用を調節する役割を示唆している。[ 13 ]
参考文献
- ^ a b c GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000273514 – Ensembl、2017年5月
- ^ a b c GRCm38: Ensemblリリース89: ENSMUSG00000051490 – Ensembl、2017年5月
- ^ 「ヒトPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ a b c「FOXD4L6 フォークヘッドボックス D4 類似 6 [ホモ・サピエンス]」国立生物工学情報センター. 2025年3月12日閲覧。
- ^ "FOXD4L6 (HGNC:31986)" . HUGO遺伝子命名委員会. 2025年3月12日閲覧。
- ^ a b c d e f g h i j k l「UniProtKB Q3SYB3 (FOXD4L6_HUMAN)」 . UniProtコンソーシアム. 2025年3月12日閲覧。
- ^ a b Kaestner KH, Knochel W, Martinez DE (2000年1月). 「winged helix/forkhead転写因子の統一命名法」 . Genes & Development . 14 (2): 142– 146. doi : 10.1101/gad.14.2.142 . PMID 10702024 .
- ^ Shimeld SM, Holland PW (2000年4月). 「脊椎動物のイノベーション」 .米国科学アカデミー紀要. 97 (9): 4449–4452 . doi : 10.1073/pnas.97.9.4449 . PMC 34320. PMID 10781042 .
- ^ a b「ヒトタンパク質アトラス：FOXD4L6」 . ヒトタンパク質アトラス. 2025年3月12日閲覧。
- ^ 「GTExポータル: FOXD4L6」 . GTExコンソーシアム. 2025年3月12日閲覧。
- ^ a b c d e f Edgar R, Domrachev M, Lash AE (2002年1月). 「Gene Expression Omnibus: NCBI遺伝子発現およびハイブリダイゼーションアレイデータリポジトリ」. Nucleic Acids Research . 30 (1): 207– 210. doi : 10.1093/nar/30.1.207 . PMID 11752295 .
- ^ a b c d Wang T, Birsoy K, Hughes NW, Krupczak KM, Post Y, Wei JJ, et al. (2015年11月). 「ヒトゲノムにおける必須遺伝子の同定と特徴づけ」 . Science . 350 ( 6264): 1096– 1101. Bibcode : 2015Sci...350.1096W . doi : 10.1126/science.aac7041 . PMC 4662922. PMID 26472758 .
