レドック
レドック
原作者レファー
開発者チャオ・ホンタオ
初回リリース2014年6月12日（Windows版）[ 1 ] ( 2014-06-12 )
書かれたC++
オペレーティング·システムLinux、macOS、Windows
タイプ分子ドッキング
Webサイトwww.lephar.com/ソフトウェア.html​​

LeDockはタンパク質-リガンド相互作用用に設計された分子ドッキングソフトウェアで、 Linux、macOS、Windowsと互換性があります。[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]

このソフトウェアはスタンドアロンプ​​ログラムとして、またはJupyter Notebookから実行できます。[ 5 ] Tripos Mol2ファイル形式をサポートしています。

方法論

LeDockは、シミュレーテッドアニーリングと遺伝的アルゴリズムのアプローチを用いて、リガンドとタンパク質標的のドッキングプロセスを容易にします。このソフトウェアは、広範な前向き仮想スクリーニングキャンペーンから得られた知識ベースのスコアリングスキームを採用しています。[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]これは、柔軟なドッキング手法に分類されます。[ 11 ]

パフォーマンス

2,002個のタンパク質-リガンド複合体を対象とした研究において、LeDockは分子のポーズ予測において顕著な精度を示しました。Linux版には、クラウド上で様々な大規模分子ライブラリの自動仮想スクリーニングを実行するためのコマンドラインツールが含まれています。 [ 12 ] [ 13 ]

10個のドッキングプログラムのパフォーマンス評価において、LeDockは他の商用および学術的な代替プログラムと比較して、優れたサンプリング能力を示しました。[ 14 ] 2017年のレビューによると、LeDockはリガンドのコンフォメーション空間のサンプリング、ネイティブに近い結合ポーズの特定、そして柔軟なドッキングプロトコルにおいてその有効性が高く評価されました。Linux版には、クラウド上でハイスループット仮想スクリーニングを行うためのツールが含まれています。

参照

参考文献

  1. ^ 「Lephar Research、LeDockのWindows版リリースを発表」 . Lephar Research (アーカイブ) . 2014年6月12日. 2014年12月17日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2023年8月22日閲覧。
  2. ^ Wang Z, Sun H, Yao X, Li D, Xu L, Li Y, Tian S, Hou T (2016). 「多様なタンパク質-リガンド複合体に対する10種類のドッキングプログラムの包括的評価：サンプリングパワーとスコアリングパワーの予測精度」. Physical Chemistry Chemical Physics . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode : 2016PCCP...1812964W . doi : 10.1039/C6CP01555G . PMID 27108770. S2CID 25603164 – RSC Publishing経由.  
  3. ^ Zhao, Hongtao (2021). 「LeDockユーザーガイド」(PDF) . Lephar . 2022年6月15日時点のオリジナルよりアーカイブ(PDF) . 2023年8月15日閲覧。
  4. ^ 「LeDockソフトウェアのアプリケーション」 .計算生物学プラットフォーム. CD ComputaBio . 2023年8月15日閲覧。
  5. ^ 「分子ドッキング — Chem-Workflowsドキュメント」 . chem-workflows.com . 2024年5月15日閲覧。
  6. ^ Zhao, Hongtao; Huang, Danzhi (2011-06-17). 「リガンド結合時の水素結合ペナルティ」 . PLOS ONE . 6 (6) e19923. Bibcode : 2011PLoSO...619923Z . doi : 10.1371/ journal.pone.0019923 . ISSN 1932-6203 . PMC 3117785. PMID 21698148 .   
  7. ^ Zhao, Hongtao; Huang, Danzhi; Caflisch, Amedeo (2012年11月). 「分子動力学によって生成された不活性キナーゼ構造へのドッキングによるチロシンキナーゼ阻害剤の発見」 . ChemMedChem . 7 (11): 1983– 1990. doi : 10.1002/cmdc.201200331 . ISSN 1860-7179 . PMID 22976951 .  
  8. ^ Zhao, Hongtao; Caflisch, Amedeo (2013-10-15). 「分子動力学によって生成されたキナーゼドメインの高スループットドッキングによるZAP70阻害剤の発見」 . Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 23 (20): 5721– 5726. doi : 10.1016/j.bmcl.2013.08.009 . ISSN 0960-894X . PMID 23993776 .  
  9. ^ Zhao, Hongtao; Caflisch, Amedeo (2014-03-15). 「Sykの稀なCヘリックスアウト構造へのドッキングによるZAP70およびSykキナーゼ二重阻害剤の発見」 . Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 24 (6): 1523– 1527. doi : 10.1016/j.bmcl.2014.01.083 . ISSN 0960-894X . PMID 24569110 .  
  10. ^ Zhao, Hongtao; Gartenmann, Lisa; Dong, Jing; Spiliotopoulos, Dimitrios; Caflisch, Amedeo (2014-06-01). 「フラグメントベースのハイスループットドッキングによるBRD4ブロモドメイン阻害剤の発見」 . Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters . 24 (11): 2493– 2496. doi : 10.1016/j.bmcl.2014.04.017 . ISSN 0960-894X . PMID 24767840 .  
  11. ^ファン、ジユ;ふ、病んでいる。張、楽（2019年6月）。「分子ドッキングの進歩」。定量的生物学。7 (2): 83–89 .土井: 10.1007/s40484-019-0172-y。ISSN 2095-4689。 
  12. ^ Wang, Zhe; Sun, Huiyong; Yao, Xiaojun; Li, Dan; Xu, Lei; Li, Youyong; Tian, Sheng; Hou, Tingjun (2016-05-04). 「多様なタンパク質–リガンド複合体に対する10種類のドッキングプログラムの包括的評価：サンプリングパワーとスコアリングパワーの予測精度」 . Physical Chemistry Chemical Physics . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode : 2016PCCP...1812964W . doi : 10.1039/C6CP01555G . ISSN 1463-9084 . PMID 27108770 .  
  13. ^ Liu, Ni; Xu, Zhibin (2019-02-23). 「LeDockを計算医薬品設計のためのドッキングツールとして利用する」 . IOP Conference Series: Earth and Environmental Science . 218 (1) 012143. Bibcode : 2019E&ES..218a2143L . doi : 10.1088/1755-1315/218/1/012143 . ISSN 1755-1315 . 
  14. ^ Wang, Zhe; Sun, Huiyong; Yao, Xiaojun; Li, Dan; Xu, Lei; Li, Youyong; Tian, Sheng; Hou, Tingjun (2016-05-04). 「多様なタンパク質–リガンド複合体に対する10種類のドッキングプログラムの包括的評価：サンプリングパワーとスコアリングパワーの予測精度」 . Physical Chemistry Chemical Physics . 18 (18): 12964– 12975. Bibcode : 2016PCCP...1812964W . doi : 10.1039/C6CP01555G . ISSN 1463-9084 . PMID 27108770 .  
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