タンパク質-リガンドドッキングソフトウェアの一覧

現在利用可能な注目すべきタンパク質-リガンドドッキングプログラムの数は膨大で、過去数十年にわたって着実に増加しています。以下のリストは、最も一般的な注目すべきプログラムの概要をアルファベット順に示し、それぞれの出版年、関係する組織または機関、簡単な説明、ウェブサービスの利用可能性、およびライセンスを示しています。この表は網羅的ですが、完全なものではありません。

プログラム	出版年	組織	説明	ウェブサービス	ライセンス
オートドック	1990	スクリプス研究所	ラマルク遺伝的アルゴリズムと経験的自由エネルギースコアリング関数によるリガンドと高分子の自動ドッキング	いいえ	オープンソース（GNU GPL）
ドック	1988	カリフォルニア大学サンフランシスコ校	幾何学的マッチングアルゴリズムに基づく	いいえ	学術利用のためのフリーウェア
フレックスエイド	2015	シャーブルック大学	表面相補性に基づく標的側鎖の柔軟性とソフトスコアリング機能	いいえ	オープンソース（Apacheライセンス）
レドック	2016	レファー	タンパク質への小分子の高速かつ正確な柔軟なドッキングのためのプログラム	いいえ	学術利用のためのフリーウェア
グライド[ 1 ]	2004	シュレディンガー株式会社	Glideは、タンパク質とリガンドの結合様式を予測し、ハイスループット仮想スクリーニングによってリガンドをランク​​付けするリガンドドッキングプログラムです。Glideは、SP GlideScoreとXP GlideScoreという2つの異なるスコアリング関数を用いて化合物をランク付けします。リガンドの立体配座と位置の自由度をサンプリングする3つのモードが用意されており、剛性のあるタンパク質受容体の形状に対する最適なリガンドの配向を決定できます。	いいえ	コマーシャル
分子動作環境（MOE）	2008	化学コンピューティンググループ	MOE 内のドッキング アプリケーション。配置方法 (アルファ スフィア法を含む) とスコアリング関数 (ロンドン dG を含む) の選択	いいえ	コマーシャル
rドック	1998年（商用）2006年（学術）[ 2 ] 2012年（オープンソース）[ 3 ]	Vernalis R&D（商用）ヨーク大学（学術）バルセロナ大学（オープンソース）	タンパク質および核酸に対する小分子のHTVS 、結合モード予測	いいえ	オープンソース（GNU LGPL）（以前は商用、学術的）
シード	1999	チューリッヒ大学	連続体誘電近似（一般化ボルン）における静電溶媒和効果を含む結合の自由エネルギーの評価を伴うフラグメントの自動ドッキング	いいえ	オープンソース（GNU GPL）

参考文献

1. Kirkpatrick P (2004年4月). 「成功への滑走」 . Nature Reviews Drug Discovery . 3 (4): 299. doi : 10.1038/nrd1364 .
2. "rDock" . www.ysbl.york.ac.uk. 2020年2月12日閲覧。
3. 「About | rDock」 . 2020年2月12日閲覧。

外部リンク

• 「タンパク質-リガンドドッキングバイオインフォマティクスツール | 相互作用解析」 omicX . 2019年5月23日閲覧。