PKDドメイン

利用可能なタンパク質構造:
PDB	1l0q B:353–424 2c26 A:1363–1442 2c4x A:1363–1442 1b4r A:277–352 1wgo A:787–869 IPR000601 PF00801 ( ECOD ; PDBsum )
アルファフォールド	IPR000601; PF00801;

PKDドメイン
PKDドメイン
識別子
シンボル	PKD
ファム	PF00801
インタープロ	IPR000601
頭いい	PKD
SCOP2	1b4r /スコープ/ SUPFAM
CDD	cd00146
PDB
利用可能なタンパク質構造:
PDB	1l0q B:353–424 2c26 A:1363–1442 2c4x A:1363–1442 1b4r A:277–352 1wgo A:787–869 IPR000601 PF00801 ( ECOD ; PDBsum )
アルファフォールド	IPR000601; PF00801;

PKD（多発性嚢胞腎）ドメインは、多発性嚢胞腎タンパク質ポリシスチン-1（PKD1遺伝子）で初めて同定され、ギリシャ鍵型トポロジーを持つ2枚のシートに7本の鎖のベータサンドイッチからなるIg様フォールドが含まれていますが、一部のメンバーには追加の鎖があります。^[¹^]ポリシスチン-1は、接着性タンパク質間およびタンパク質-炭水化物相互作用に関与する大きな細胞表面糖タンパク質ですが、PKDドメインがこれらの相互作用のいずれかを媒介するかどうかは明らかではありません。

PKDドメインは他のタンパク質にも見られ、通常は他のタンパク質との相互作用に関与するタンパク質の細胞外領域に存在します。例えば、PKD型フォールドを持つドメインは、細胞を極限環境から保護する古細菌のS層タンパク質^{[ 2 ]}や、ヒト受容体SorCS2 ^[³^]に見られます。

このドメインを含むヒトタンパク質

GPNMB ; PKD1 ; PKD1L1 ; PMEL ; SORCS1 ; SORCS2 ; SORCS3

参考文献

^ Bycroft M, Bateman A, Clarke J, Hamill SJ, Sandford R, Thomas RL, Chothia C (1999). 「ポリシスチン-1由来のPKDドメインの構造：多発性嚢胞腎への影響」 . EMBO J. 18 ( 2): 297– 305. doi : 10.1093/emboj/18.2.297 . PMC 1171124. PMID 9889186 .
^ Joachimiak A, Springer TA, Zhang RG, Wang JH, Liu JH, Jing H, Takagi J, Lindgren S (2002). 「古細菌表層タンパク質はβプロペラ、PKD、βヘリックスドメインを含み、後生動物細胞表層タンパク質と関連している」 . Structure . 10 (10): 1453– 1464. doi : 10.1016/S0969-2126(02)00840-7 . PMID 12377130 .
^ Hermans-Borgmeyer I, Hampe W, Schaller HC, Rezgaoui M (2001). 「ヒトVPS10ドメイン含有受容体の遺伝子は大きく、多数の小さなエクソンを含む」. Hum . Genet . 108 (6): 529–36 . doi : 10.1007/s004390100504 . PMID 11499680. S2CID 23375354 .

この記事にはパブリックドメインのPfamおよびInterPro : IPR000601からのテキストが含まれています。

[PUB00001323-1] Bycroft M, Bateman A, Clarke J, Hamill SJ, Sandford R, Thomas RL, Chothia C (1999). 「ポリシスチン-1由来のPKDドメインの構造：多発性嚢胞腎への影響」 . EMBO J. 18 ( 2): 297– 305. doi : 10.1093/emboj/18.2.297 . PMC 1171124. PMID 9889186 .

[PUB00014157-2] Joachimiak A, Springer TA, Zhang RG, Wang JH, Liu JH, Jing H, Takagi J, Lindgren S (2002). 「古細菌表層タンパク質はβプロペラ、PKD、βヘリックスドメインを含み、後生動物細胞表層タンパク質と関連している」 . Structure . 10 (10): 1453– 1464. doi : 10.1016/S0969-2126(02)00840-7 . PMID 12377130 .

[PUB00035973-3] Hermans-Borgmeyer I, Hampe W, Schaller HC, Rezgaoui M (2001). 「ヒトVPS10ドメイン含有受容体の遺伝子は大きく、多数の小さなエクソンを含む」. Hum . Genet . 108 (6): 529–36 . doi : 10.1007/s004390100504 . PMID 11499680. S2CID 23375354 .

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