トランス活性化ドメイン

トランス活性化ドメイン(TAD は、転写因子の足場ドメインであり、転写レギュレーターなどの他のタンパク質との結合部位を含む。これらの結合部位は、しばしば活性化機能AF)と呼ばれる。 [ 1 ] TADは、そのアミノ酸組成にちなんで命名されている。これらのアミノ酸は、活性に必須であるか、単にTAD中に最も多く存在するかのいずれかである。Gal4転写因子によるトランス活性化は酸性アミノ酸によって媒介され、Gcn4の疎水性残基も同様の役割を果たす。したがって、Gal4とGcn4のTADは、それぞれ酸性または疎水性と呼ばれる。[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]

一般的にTADは4つのクラスに分けられます。[ 10 ]

  • 酸性ドメイン(「酸性ブロブ」または「ネガティブヌードル」とも呼ばれ、DおよびEアミノ酸が豊富で、Gal4、Gcn4、VP16に存在する)。[ 11 ]
  • グルタミンに富むドメイン(「QQQXXXQQQ」のような複数の繰り返しを含み、SP1に存在する)[ 12 ]
  • プロリンリッチドメイン(c-junAP2Oct-2に存在する「PPPXXXPPP」のような繰り返し配列を含む)[ 13 ]
  • イソロイシンリッチドメイン(繰り返し配列「IIXXII」、NTF-1に存在)[ 14 ]

あるいは、類似したアミノ酸組成が必ずしも類似した活性化経路を意味するわけではないため、TADは刺激するプロセス(開始または伸長)によってグループ分けすることができる。[ 15 ]

酸性/9aaTAD

9aaTAD- KIXドメイン複合体

9アミノ酸転写活性化ドメイン(9aaTAD)は、酵母ではGal4、Oaf1、Leu3、Rtg3、Pho4、Gln3、Gcn4 、哺乳類ではp53NFATNF-κBVP16に代表される真核生物転写因子の大規模なスーパーファミリーに共通するドメインを定義する。この定義は「酸性」ファミリーの定義とほぼ重複する。9aaTAD予測ツールが利用可能である。[ 16 ] 9aaTADは、N末端に隣接する3アミノ酸の疎水性(通常はLeuに富む)領域を有する傾向がある。[ 17 ]

9aaTAD転写因子p53VP16MLLE2AHSF1NF-IL6NFAT1NF-κBは、一般コアクチベーターTAF9およびCBP/p300と直接相互作用する。[ 16 ] [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] [ 28 ] [ 29 ] p53 9aaTADはTAF9、GCN5、およびCBP/p300の複数のドメイン(KIX、TAZ1、TAZ2、IBiD)と相互作用する。[ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ]

一般的なコアクチベーターMed15(Gal11)のKIXドメインは、9aaTAD転写因子Gal4、Pdr1、Oaf1、Gcn4、VP16、Pho4、Msn2、Ino2、P201相互作用する。9aaTAD1、3-4、7番目位置KIXと相互作用する主要な残基である。[ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] [ 39 ] [ 40 ] [ 41 ] [ 42 ] [ 43 ] [ 44 ] [ 45 ] [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ] [ 50 ] Gal4、Pdr1、Gcn4とTaf9の相互作用が観察されている。[ 8 ] [ 51 ] [ 52 ] 9aaTADは、複数の一般的なコアクチベーターであるTAF9MED15CBP/p300GCN5をリクルートする共通のトランス活性化ドメインである。[ 16 ]

9aaTADとKIXの相互作用の例[ 17 ]
ソース 9aaTAD ペプチド-KIX相互作用(NMR)
p53 TAD1 E TFSD LWKLLSPEET FSDLWK LPE
p53 TAD2 D DIEQ WFTEQAMDDLMLS PDDIEQWF TEDPGPD
MLL S DIMD FVLKDCGNI LPSDIMDFVL KNTP
E2A D LLDF SMMFPVGTDKELSDL LDFS MMFPLPVT
右3 E TLDF SLVTE2Aホモログ
CREB R キルン DLSSRR EILSRRP SY RK IL N DL SS DAP
CREBaB6 E アイラ・エルクCREB変異体のKIXへの結合
グリア3 D DVVQ YLNSCREB/KIXに対するTADの相同性
ギャル4 D DVYN YLFDPdr1とOaf1のホモログ
オアフ1 D LFDY DFLVDLFDYDFLV
ピップ2 D FFDY DLLFOaflホモログ
Pdr1 E DLYS ILWSエドリシルWSDWY
Pdr3 T DLYH TLWNPdr1ホモログ

グルタミンが豊富

グルタミン(Q)に富むTADは、POU2F1(Oct1)、POU2F2(Oct2)、およびSp1Sp/KLFファミリーも参照)に見られる。[ 12 ]すべてのQに富むTADがそうであるわけではないが、Sp1はTFIIDアセンブリの一部であるTAF4 (TAFII 130)と相互作用することが示されている。[ 15 ] [ 53 ]

参照

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