トランス 活性化ドメイン (TAD ) は、転写因子の足場ドメインであり、転写 コ レギュレーター などの他のタンパク質との結合部位を含む。これらの結合部位は、しばしば 活性化機能 (AF )と呼ばれる。 [ 1 ] TADは、 そのアミノ酸組成にちなんで命名されている。これらのアミノ酸は、活性に必須であるか、単にTAD中に最も多く存在するかのいずれかである。Gal4転写因子によるトランス活性化は酸性アミノ酸 によって媒介され、Gcn4 の疎水性残基も同様の役割を果たす。したがって、Gal4とGcn4のTADは、それぞれ酸性または疎水性と呼ばれる。[ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]
一般的にTADは4つのクラスに分けられます。[ 10 ]
酸性ドメイン(「酸性ブロブ」または「ネガティブヌードル」とも呼ばれ、DおよびEアミノ酸が豊富で、Gal4、Gcn4、VP16に存在する)。[ 11 ] グルタミンに富むドメイン(「QQQXXXQQQ」のような複数の繰り返しを含み、SP1 に存在する)[ 12 ] プロリンリッチドメイン(c-jun 、AP2 、Oct-2 に存在する「PPPXXXPPP」のような繰り返し配列を含む)[ 13 ] イソロイシンリッチドメイン(繰り返し配列「IIXXII」、NTF-1 に存在)[ 14 ] あるいは、類似したアミノ酸組成が必ずしも類似した活性化経路を意味するわけではないため、TADは刺激するプロセス(開始 または伸長) によってグループ分けすることができる。[ 15 ]
酸性/9aaTAD9aaTAD- KIXドメイン 複合体 9アミノ酸転写活性化ドメイン(9aaTAD)は、酵母ではGal4、Oaf1、Leu3、Rtg3、Pho4 、Gln3、Gcn4 、哺乳類では p53 、NFAT 、NF-κB 、VP16に代表される真 核生物 転写因子の大規模なスーパーファミリーに共通するドメインを定義する。この定義は「酸性」ファミリーの定義とほぼ重複する。9aaTAD予測ツールが利用可能である。[ 16 ] 9aaTADは、N末端 に隣接する3アミノ酸の疎水性(通常はLeuに富む)領域を有する傾向がある。[ 17 ]
9aaTAD転写因子p53 、VP16 、MLL 、E2A 、HSF1 、NF-IL6 、NFAT1 、NF-κB は、一般コアクチベーターTAF9 およびCBP/p300 と直接相互作用する。[ 16 ] [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] [ 28 ] [ 29 ] p53 9aaTADはTAF9、GCN5、およびCBP/p300の複数のドメイン(KIX、TAZ1、TAZ2、IBiD)と相互作用する。[ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ]
一般的なコアクチベーターMed15(Gal11)のKIXドメインは、9aaTAD転写因子Gal4、Pdr1、Oaf1、Gcn4、VP16、Pho4、Msn2、Ino2、P201 と 相互作用 する。9aaTAD の1、3-4、7 番目の 位置が KIX と相互作用する主要な残基である。[ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] [ 39 ] [ 40 ] [ 41 ] [ 42 ] [ 43 ] [ 44 ] [ 45 ] [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ] [ 50 ] Gal4、Pdr1、Gcn4とTaf9の相互作用が観察されている。[ 8 ] [ 51 ] [ 52 ] 9aaTADは、複数の一般的なコアクチベーターであるTAF9 、MED15 、CBP/p300 、GCN5 をリクルートする共通のトランス活性化ドメインである。[ 16 ]
9aaTADとKIXの相互作用の例[ 17 ] ソース 9aaTAD ペプチド-KIX相互作用(NMR) p53 TAD1 E TFSD LWKL LSPEET FSDLWK LPE p53 TAD2 D DIEQ WFTE QAMDDLMLS PDDIEQWF TEDPGPD MLL S DIMD FVLK DCGNI LPSDIMDFVL KNTP E2A D LLDF SMMF PVGTDKELSDL LDFS MMFPLPVT 右3 E TLDF SLVT E2Aホモログ CREB R キルン DLSS RR EILSRRP SY RK IL N DL SS DAP CREBaB6 E アイラ・エルク CREB変異体のKIXへの結合 グリア3 D DVVQ YLNS CREB/KIXに対するTADの相同性 ギャル4 D DVYN YLFD Pdr1とOaf1のホモログ オアフ1 D LFDY DFLV DLFDYDFLV ピップ2 D FFDY DLLF Oaflホモログ Pdr1 E DLYS ILWS エドリシルWSDWY Pdr3 T DLYH TLWN Pdr1ホモログ
グルタミンが豊富 グルタミン (Q)に富むTADは、POU2F1 (Oct1)、POU2F2 (Oct2)、およびSp1 (Sp/KLFファミリー も参照)に見られる。[ 12 ] すべてのQに富むTADがそうであるわけではないが、Sp1はTFIID アセンブリの一部であるTAF4 (TAFII 130)と相互作用することが示されている。[ 15 ] [ 53 ]
参照
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外部リンク