ソーティングネキシン
PXドメイン
ホスファチジルイノシトール3-リン酸に結合したp40(phox)のPXドメインの構造。[ 1 ]
識別子
シンボルPX
ファムPF00787
インタープロIPR001683
頭いいPX
プロサイトPDOC50195
SCOP21時間6時間/スコープ/ SUPFAM
OPMスーパーファミリー57
OPMタンパク質4対3
利用可能なタンパク質構造:
PDB  IPR001683 PF00787 ( ECOD ; PDBsum )  
アルファフォールド
ソーティングネキシン、N末端ドメイン
識別子
シンボルソートネクシン
ファムPF03700
インタープロIPR005329
利用可能なタンパク質構造:
PDB  IPR005329 PF03700 ( ECOD ; PDBsum )  
アルファフォールド
Vps5 C末端類似体（BARドメイン）
識別子
シンボルVps5
ファムPF09325
インタープロIPR015404
利用可能なタンパク質構造:
PDB  IPR015404 PF09325 ( ECOD ; PDBsum )  
アルファフォールド
ソーティングネキシン、C末端ドメイン
識別子
シンボルネクシンC
ファムPF08628
インタープロIPR013937
利用可能なタンパク質構造:
PDB  IPR013937 PF08628 ( ECOD ; PDBsum )  
アルファフォールド
ソーティングネキシンタンパク質のWASP結合ドメイン
識別子
シンボルBAR3-WASP
ファムPF10456
利用可能なタンパク質構造:
PDB  PF10456 ( ECOD ; PDBsum )  
アルファフォールド

ソーティングネキシンは細胞質に局在するタンパク質の大きなグループであり、脂質結合PXドメイン（リン脂質結合モチーフ）を介して、または膜関連タンパク質複合体とのタンパク質間相互作用を介して膜結合する可能性があります[ 2 ] [ 3 ]このファミリーの一部のメンバーは、タンパク質の選別 を促進することが示されている。

家族

ヒトでは、ソーティングネキシンは以下の遺伝子から転写されます。

遺伝子 ドメイン構成
N末端 ミッド1 ミッド2 ミッド3 C末端
SNX1、SNX2ソートネクシンN – PX– バー[ 4 ] (Vps5)
SNX4、SNX7、SNX8、SNX30– – PX – バー[ 4 ] (Vsp5)
SNX5、SNX6、SNX32– – PX – バー[ 4 ]
SNX9、SNX18、SNX33SH3– PX – BAR [ 4 ] (BAR_3_WASP_bdg) [ 5 ]
SNX13、SNX14、SNX19、SNX25PXA [ 6 ]RGSPX – ネクシンC
SNX15– – PX – マサチューセッツ工科大学[ 7 ]
SNX17、SNX31– – PX ラトビア[ 8 ]FERM_M [ 9 ]
SNX23キネシンモーターSMAD_FHA [ 10 ]PX – –
SNX26– – PX SH3 ローGAP
SNX27PDZ – PX - FERM_M [ 9 ]
SNX28– – PX SH3 SH3
SNX3、SNX10、SNX11、SNX12、SNX16、SNX20、SNX21、SNX22、SNX24、SNX29– – PX – –

構造

ソーティングネキシンは、PX ドメインのみで構成されるか (例: SNX3)、PX と追加の ドメインから構成されるモジュール構造を持ちます。

ソーティングネキシンのサブグループ（ヒトではSNX1、SNX2、SNX4、SNX5、SNX6、SNX7、SNX8、SNX9、SNX18、SNX30、SNX32、SNX33）は、 C末端にBARドメインを有しています。（SNX1、2、4、7、8、30のBARドメインは、pfamによって「Vps5 C末端類似」に分類されています。）

ソーティングネキシンドメイン構造の例は、SNX1 の場合に次のように表示されます。

  1. NTD – N末端ドメイン
  2. PXドメイン
  3. CTD – C末端BARドメイン
代表的なソーティングネキシンであるソーティングネキシン1（SNX1）の1D構造の模式図。NTD = N末端SNXドメイン、PX = PXドメイン、CTD = C末端BARドメイン。

参考文献

  1. ^ Bravo J, Karathanassis D, Pacold CM, et al. (2001年10月). 「ホスファチジルイノシトール3-リン酸に結合したp40(phox)由来のPXドメインの結晶構造」 . Mol. Cell . 8 (4): 829–39 . doi : 10.1016/S1097-2765(01)00372-0 . PMID  11684018 .
  2. ^ Dixon JE, Worby CA (2002) . 「ソーティングネキシンの細胞機能の分類」Nat. Rev. Mol. Cell Biol . 3 (12): 919– 931. doi : 10.1038/nrm974 . PMID 12461558. S2CID 36361630 .  
  3. ^ Worby CA, Dixon JE (2002). 「ソーティングネキシンの細胞機能の分類」Nat. Rev. Mol. Cell Biol . 3 (12): 919–31 . doi : 10.1038/nrm974 . PMID 12461558. S2CID 36361630 .  
  4. ^ a b c d Frost A, Unger VM, De Camilli P (2009年4月). 「BARドメインスーパーファミリー：膜形成高分子」 . Cell . 137 ( 2): 191– 196. doi : 10.1016/j.cell.2009.04.010 . PMC 4832598. PMID 19379681 .  
  5. ^ BAR_3_WASP_bdg: ソーティングネキシンタンパク質のWASP結合ドメイン、 Pfam PF10456
  6. ^ PXA: PXA ドメイン、 Pfam PF02194
  7. ^ MIT: MIT（微小管相互作用および輸送）ドメイン、 Pfam PF04212
  8. ^ RA: Ras アソシエーション (RalGDS/AF-6) ドメイン、 Pfam PF00788
  9. ^ a b FERM_M: FERM中央ドメイン、Pfam PF00373
  10. ^ SMAD_FHA: SMAD/FHAドメイン、 InterPro :  IPR008984

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