アプタマー

左:結合していないアプタマー。右:標的タンパク質に結合したアプタマー。タンパク質は黄色で示されている。標的タンパク質に結合した際に形状が変化するアプタマーの部分は青色で、変化しない部分はオレンジ色で示されている。タンパク質に接触するアプタマーの部分は赤色で強調表示されている。
乳がん細胞を、がん細胞上のバイオマーカーに選択的に結合し、健常細胞には結合しないアプタマーと共存させます。アプタマーは、紫外線下で赤く光る分子であるAlexa Fluor 594に結合しています。この検査により、医師や研究者は患者の組織サンプル中のがん細胞を特定することができます。

アプタマーは、特定の標的分子または標的分子ファミリーに結合する人工のssDNA、RNA、XNA、またはペプチドのオリゴマーです。アプタマーはさまざまな親和性(K D はpMからμMの範囲)を示し、[ 1 ] [ 2 ]さまざまレベルオフターゲット結合伴い[ 3 ]化学抗体として分類れることもあります。アプタマーと抗体は多くの同じ用途に使用できますが、主にオリゴヌクレオチドであるアプタマーの核酸ベースの構造は、タンパク質である抗体のアミノ酸ベースの構造とは大きく異なります。この違いにより、いくつかの目的ではアプタマーが抗体よりも適した選択肢となる場合があります(抗体の置換を参照)。

アプタマーは生物学研究や医療検査に用いられています。複数のアプタマーを単一のアッセイに組み合わせることで、サンプル中の多数の異なるタンパク質を測定することができます。疾患の分子マーカーの特定に使用できるほか、薬剤薬物送達システム制御放出システムとして機能することができます。また、その他の分子工学的課題 にも利用されています。

アプタマーのほとんどは、 SELEX法に由来します。SELEX法は、膨大な種類のDNA配列からなるプールから有用なアプタマーを見つけるための試験管実験です。このプロセスは、自然選択指向性進化、あるいは人為選択によく似ています。SELEX法では、研究者は約1000兆もの異なるランダムに生成されたDNAまたはRNA断片からなる初期DNAライブラリから、最適なアプタマーを繰り返し選択します。SELEX法の後、研究者はアプタマーの化学的性質を変異させたり変更したりして再度選択を行うか、合理的な設計プロセスを用いて改良を行う場合があります。SELEX法以外のアプタマー発見方法も存在します。

研究者は、さまざまな有益な機能を実現するためにアプタマーを最適化しています。最も重要な機能は、選択したターゲットへの特異的かつ高感度な結合です。血清検査やアプタマー治療薬のように、アプタマーが体液にさらされる場合、DNAやRNAを破壊する酵素による消化に耐えることが重要になることがよくあります。治療用アプタマーは、体内からゆっくりと排出されるように変更する必要があることがよくあります。ターゲットに結合すると形状が劇的に変化するアプタマーは、センサーのオン/オフを切り替える分子スイッチとして有用です。一部のアプタマーは、バイオセンサーに収まるように、または生物学的サンプルの検査に使用できるように設計されています。アプタマーが事前に定義されたレベルまたは結合速度を達成することが有用な場合もあります。既知のアプタマーを生成するために使用される合成の収率は、配列が長くなると急速に低下するため、[ 4 ]研究者は、製造コストを削減するために、アプタマーを最小限の結合配列に切り詰めることがよくあります。

語源

「アプタマー」という言葉は、アンドリュー・D・エリントンジャック・ショスタックがこのテーマに関する最初の論文で用いた造語です。彼らは正確な定義を示しておらず、「ラテン語のaptus(適合する)にちなんで、これらの個々のRNA配列を『アプタマー』と名付けました」と述べています。 [ 5 ]

しかし、この言葉自体は、ギリシャ語のἅπτω(接続する、適合する、ホメロス(紀元前8世紀頃)[ 6 ] [ 7 ])とμέρος(より大きなものの一部)に由来しています。[ 8 ]

分類

典型的なアプタマーは、DNA、RNA、XNA、またはペプチドの組み合わせの多様性を利用して、特定の標的分子または標的分子ファミリーに対する強力かつ特異的な結合を実現する合成リガンドです。アプタマーは、「化学抗体」または「抗体模倣体」に分類されることもあります。[ 9 ]しかし、ほとんどのアプタマーは分子量が6~30 kDaと小さく、抗体の150 kDaの大きさとは対照的です。また、典型的な抗体が2つの抗原結合領域を持つのに対し、アプタマーは1つの結合部位しか持ちません。

歴史

ノーベル賞受賞者であり、SELEX とアプタマーの発明者の 1 人であるジャック・ショスタック。

1967年に初めて応用されて以来、[ 10 ]指向性進化法は、新たな特性や機能を持つ生体分子の開発に用いられてきました。初期の例としては、バクテリオファージQbetaの複製システムの改変や、切断活性を改変したリボザイムの創製などが挙げられます。[ 11 ]

1990年に、2つのチームが独立してSELEX( Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment)法を開発、発表し、RNAアプタマーを生成しました。ラリー・ゴールドの研究室では、 T4 DNAポリメラーゼに対するRNAリガンドを選択するプロセスにSELEXという用語を使用しました[ 12 ]ジャック・ショスタックの研究室では、さまざまな有機染料に対するRNAリガンドを選択しました[ 5 ] [ 13 ]。2年後、ショスタックの研究室とギリアド・サイエンシズは、互いに独立して、in vitro選択スキームを使用して、それぞれ有機染料[ 14 ]とヒトトロンビン[ 15 ]のDNAアプタマーを生成しました。2001年に、SELEXはエリントン研究室のJ・コリン・コックスによって自動化され、数週間に及ぶ選択実験の期間がわずか3日に短縮されました[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]

2002年、ロナルド・ブレーカーエフゲニー・ヌドラーが率いる2つの研究グループは、核酸をベースとした遺伝子調節因子であるリボスイッチの存在を初めて決定的に証明する証拠を発表しました。リボスイッチは、これまでその存在が疑われていました。リボスイッチは、アプタマーと同様の分子認識特性を有しています。この発見は、地球上の生命の起源における段階として想定されていたRNAワールド仮説を裏付けるものとなりました。[ 19 ]

プロパティ

構造

アプタマーの複雑で多様な二次構造と三次構造は、このアプタマーの二次構造の模式図で示されており、これにより、アプタマーは標的に強力かつ特異的に結合することができる。GC塩基とAT塩基を繋ぐ黒い線で相補的塩基対が見える。これは核酸の特徴であり、抗体のアミノ酸には存在しない。アプタマーがこれらの独特な構造を形成する際に役立つ。この塩基対に依存するヘアピン領域(赤)は、異なる温度におけるアプタマーの安定性を高める。この図では、アプタマー塩基に対する化学修飾の例も示している。耐久性を高める2つの人工塩基は黄色で示されている。ビオチン分子はストレプトアビジンに極めて強力に結合するため、アプタマーを他の分子やセンサーおよびアッセイの表面にアンカーすることができる。

アプタマーのほとんどは、20〜100塩基および3〜20 kDaの特定のオリゴマー配列に基づいています。機能強化のため、またはより大きな人工分子システムとの適合性のために化学修飾されているものもあります。 DNA、RNA、XNA、およびペプチドアプタマーの化学的性質はそれぞれ、保存安定性、血清または生体内での耐久性、特異性および感度、コスト、生成、増幅、および特性評価の容易さ、およびユーザーへの親しみやすさの点で、異なるプロファイルを提供できます。通常、DNAベースおよびRNAベースのアプタマーは免疫原性が低く、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)で増幅可能で、複雑な二次構造および三次構造を持っています。[ 20 ] [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ] DNAベースおよびXNAベースのアプタマーは優れた保存安定性を示します。 XNAベースのアプタマーは、結合親和性を高めたり、血清または生体内での耐久性を高めたりするために、追加の化学的多様性を導入できます。

遺伝的にコード化されたアミノ酸が22種類、天然に存在するアミノ酸が500種類以上存在するため、ペプチドアプタマーや抗体は、DNAやRNAの4つの核酸に比べて、単位長さあたりの潜在的な組み合わせの多様性がはるかに大きい。[ 24 ]核酸塩基またはバックボーンの化学修飾は、標準的な核酸塩基の化学的多様性を増加させる。[ 25 ]

スプリットアプタマーは、分子切れによって2つに分断された、より大きな親アプタマーの断片である2本以上のDNA鎖で構成されています。[ 26 ]各構成鎖の標的への結合能力は、切れ目の位置と娘鎖の二次構造に依存します。[ 27 ]標的分子の存在は、DNA断片の結合を促進します。これはバイオセンサーの基礎として利用できます。[ 28 ]組み立てられた2本の別々のDNA鎖は、1本の鎖に 連結することができます。

未修飾アプタマーは血流から速やかに消失し、半減期は数秒から数時間である。これは主に、アプタマーを物理的に破壊するヌクレアーゼ分解と、アプタマーの低分子量および低分子化による腎臓からのクリアランスによるものである。2'-フッ素置換ピリミジンポリエチレングリコール(PEG)結合などのいくつかの修飾により、血清中半減期は数日から数週間に及ぶ。PEG化により、生体内での腎臓によるクリアランスを防ぐのに十分な質量とサイズを付加することができる。未修飾アプタマーは凝固障害の治療に使用できる。クリアランスとヌクレアーゼによる消化の問題は、ヌクレアーゼ濃度が低くクリアランス速度も遅い眼に適用した場合には軽減される。 [ 29 ]血清からの迅速なクリアランスは、生体内診断画像などの一部の用途にも有用である。[ 30 ]

エボラ感染に関連するタンパク質と結合するように設計されたアプタマー[ 31 ]に関する研究では、標的タンパク質であるEBOV sGPへの結合能力について、単離された3つのアプタマーの比較が行われました。これらのアプタマーは配列も構造も異なりますが、EBOVとSUDVのsGP、そしてEBOV GP1.2に対して驚くほど類似した相対的親和性を示しています。特に、これらのアプタマーはGP遺伝子産物に対して高い特異性を示しました。特に、1つのアプタマーは電気化学センサーの認識要素として効果的であることが証明され、溶液中のsGPとGP1.2、そして膜コンテキスト内のGP1.2の検出を可能にしました。この研究の結果は、タンパク質表面の特定の領域がアプタトロピック特性を持つという興味深い可能性を示唆しています。このような部位の主要な特徴を特定し、アプタマーの3D構造予測を向上させることで、タンパク質上のアプタマー相互作用部位の予測精度を向上させる可能性が秘められています。これは、タンパク質に高い親和性で結合する可能性が高いアプタマーを特定するのに役立つだけでなく、アプタマー結合に大きな影響を与える可能性のあるタンパク質変異の解明にも役立つ可能性があります。アプタマーとタンパク質間の構造に基づく相互作用に関する包括的な理解は、アプタマーとタンパク質の結合の計算予測可能性を向上させるために不可欠です。さらに、最終的には実験的なSELEXプロトコルの必要性を排除する可能性も秘めています。

ターゲット

アプタマーの標的には、小分子や重金属イオン、タンパク質などのより大きなリガンド、さらには細胞全体が含まれる。[ 32 ] [ 33 ]これらの標的には、リゾチーム[ 34 ]トロンビン[ 35 ] [ 36 ]ヒト免疫不全ウイルストランスアクティングエレメントHIV TAR)、[ 37 ]ヘミン[ 38 ]インターフェロンγ[ 39 ]血管内皮増殖因子(VEGF)、[ 40 ] [ 41 ]前立腺特異抗原(PSA)、[ 42 ] [ 43 ]ドーパミン[ 44 ]および非古典的な癌遺伝子である熱ショック因子1 (HSF1)が含まれる。 [ 45 ]

アプタマーは、癌細胞、 [ 46 ]プリオン[ 47 ]細菌、[ 48 ]ウイルスに対して生成されています。アプタマーの標的ウイルスには、インフルエンザA型およびB型ウイルス、[ 49 ]呼吸器合胞体ウイルス(RSV)、[ 49 ] SARSコロナウイルス(SARS-CoV)[ 49 ]およびSARS-CoV-2 [ 50 ]が含まれます。

アプタマーは、環境科学のプロテオミクスに特に有用である可能性がある。[ 51 ]抗体は、他のタンパク質と同様に、核酸よりも配列決定が難しい。また、細胞培養によって生成されたり、動物の血清から採取されたりするため、維持と製造にコストがかかり、常に汚染のリスクがある。このため、あまり研究されていないタンパク質や種に関心のある研究者は、企業が関心のある標的に対する抗体を製造、維持、または適切に品質検証しないことに気付くかもしれない。[ 52 ]対照的に、アプタマーは配列が簡単で、正確な構造をデジタル形式で保存し、必要に応じて合成できるため、維持にコストがかからない。このため、資金不足の生物学研究対象の研究ツールとして、より経済的に実現可能となる可能性がある。アプタマーは、テオフィリン(お茶に含まれる)[ 53 ]アブシジン酸(植物免疫ホルモン)などの植物化合物用に存在する。 [ 54 ]キノコを標的としたアプタマーの例として、α-アマニチン(致死性のテングタケ中毒を引き起こす毒素)に対するアプタマーが開発されている。[ 55 ]

アプタマーの用途は、大まかにセンシング、治療、試薬製造、エンジニアリングのカテゴリーに分類できます。センシング用途は、環境、生物医学、疫学バイオセキュリティ、基礎研究の用途で重要であり、アプタマーはアッセイ、イメージング法、診断アッセイ、バイオセンサーのプローブとして機能します。[ 32 ] [ 56 ] [ 57 ] [ 58] [59 ] [ 60 ]治療用途精密医療では、アプタマーは薬剤として、[ 61 ]標的薬物送達媒体として、[ 62 ]制御放出メカニズムとして、および小分子[ 63 ]およびタンパク質のハイスループットスクリーニングによる薬剤発見用試薬として機能することができます。[ 64 ] [ 65 ]アプタマーは、タンパク質生産のモニタリング、品質管理、精製に応用されています。[ 66 ] [ 67 ] [ 68 ]これらは、DNAポリメラーゼを強化してPCRの信頼性を高めるなど、タンパク質を改変する方法として分子工学の用途で機能することができる。[ 69 ] [ 70 ] [ 71 ] [ 72 ]

アプタマーの親和性はダイナミックレンジと検出限界にも影響するため、高濃度の標的分子を分析する場合には親和性の低いアプタマーが望ましい場合がある。[ 73 ]アフィニティークロマトグラフィーは、アプタマーなどの親和性試薬が標的に結合して放出する能力にも依存し、親和性が低いと標的分子の放出が促進される可能性がある。[ 74 ]したがって、特定のアプリケーションによってアプタマー親和性の有効範囲が決まる。

抗体補充

アプタマーは、多くのバイオテクノロジー用途で抗体の代わりに使用できます。[ 75 ] [ 52 ]実験室研究および臨床診断では、酵素結合免疫吸着測定法 (ELISA) 、[ 76 ] ウエスタンブロット 、[ 77 ] 免疫組織化学 (IHC) 、[ 78 ] フローサイトメトリー などのアプタマーベースの免疫測定法で使用できます [ 79 ]治療としてリガンドアゴニストまたはアンタゴニストとして機能することできます [ 80 ]抗体よく知らた技術で市場も確立されていますが、アプタマーはほとんどの研究者にとって比較的新しい技術であり、アプタマーは重要な研究ターゲットのほんの一部に対してのみ生成されています。[ 81 ]抗体とは異なり、未修飾アプタマーは血清中のヌクレアーゼ分解や生体内での腎クリアランスの影響を受けやすくなります。アプタマーは抗体に比べてサイズと質量がはるかに小さいため、特定の用途に最適なアプタマーを選択する上で重要な要素となる可能性があります。アプタマーが特定の用途に利用可能である場合、抗体に比べてアプタマーの利点としては、免疫原性が低い可能性、複製性が高いこと、コストが低いこと、 in vitro選択条件による制御レベルが高いこと、そして耐久性、特異性、感度を効率的に設計できることなどが挙げられます。[ 82 ]

さらに、アプタマーは研究動物の使用削減にも貢献します。[ 83 ]抗体は初期の発見やポリクローナル抗体の生産において動物に依存することがよくありますが、アプタマーの選択と生産は通常、動物に依存しません。しかし、ファージディスプレイ法では、 in vitroで抗体を選択し、その後モノクローナル細胞株から生産することで、動物の使用を完全に回避できます。[ 84 ]

治療薬の制御放出

アプタマーはタンパク質などの分子に可逆的に結合する能力を持つことから、成長因子などの治療用生体分子の制御放出を促進するためのアプタマーの利用への関心が高まっています。これは、結合強度を調整して成長因子を受動的に放出する[ 85 ]だけでなく、アプタマーと相補的なオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーション[ 86 ]や細胞牽引力によるアプタマーのアンフォールディング[ 87 ]などのメカニズムによる能動的な放出によっても実現できます。

組織工学アプリケーション

特定の分子と可逆的に結合する能力で知られるアプタマーは、3Dバイオプリンティング組織において、血管新生を促進する成長因子を正確に送達するために使用されています。[ 88 ] [ 89 ]この制御された送達により、成長因子を適切な場所と時間に放出することができ、局所的かつ複雑な血管ネットワークの形成が促進されます。さらに、成長因子の放出を時間経過とともに調整することで、これらのネットワークの特性を微調整できるため、このアプローチは血管新生した人工組織を作成するための強力なツールとなります。

アプタビッド

AptaBiD(アプタマー促進バイオマーカー発見)は、アプタマーをベースにしたバイオマーカー発見法である。[ 90 ]

ペプチドアプタマー

ほとんどのアプタマーはDNA、RNA、またはXNAに基づいていますが、ペプチドアプタマー[ 91 ]は特定の標的分子に結合するように選択または設計された人工タンパク質です。

構造

ペプチドアプタマーは、タンパク質骨格上に提示される可変配列の1つ以上のペプチドループから構成される。ペプチドアプタマーの「頭部」が、固有の配列を持つ二本鎖DNAの「尾部」に共有結合した、オタマジャクシと呼ばれる誘導体は、DNA尾部のPCR(例えば、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応)によって、混合物中の希少標的分子を定量することができる。[ 92 ]アプタマー可変領域を形成するペプチドは、骨格と同じポリペプチド鎖の一部として合成され、骨格への結合によってN末端C末端が制約される。この二重の構造的制約により、可変領域がとり得る3D構造の多様性は低下し[ 93 ] 、この構造多様性の低下により、標的との相互作用によって可変領域が均一な構造をとる際に、 分子結合のエントロピーコストが低下する。

選択

最も一般的なペプチドアプタマー選択システムは酵母ツーハイブリッドシステムです。ペプチドアプタマーは、ファージディスプレイやmRNAディスプレイ、リボソームディスプレイ、バクテリアディスプレイ酵母ディスプレイなどの表面ディスプレイ技術によって構築されたコンビナトリアルペプチドライブラリからも選択できます。これらの実験手順はバイオパニングとも呼ばれます。コンビナトリアルペプチドライブラリからパニングされたすべてのペプチドは、MimoDBデータベースに保存されています。[ 94 ] [ 95 ]

アプリケーション

ペプチドアプタマーのライブラリは、「変異原」として用いられてきました。研究者は、異なるペプチドアプタマーを発現するライブラリを細胞集団に導入し、所望の表現型を選択し、その表現型を引き起こすアプタマーを同定します。研究者は次に、これらのアプタマーをベイトとして用い、例えば酵母ツーハイブリッドスクリーニングにおいて、これらのアプタマーが標的とする細胞タンパク質を同定します。このような実験により、アプタマーが結合する特定のタンパク質と、アプタマーが阻害して表現型を引き起こすタンパク質相互作用が特定されます。[ 96 ] [ 97 ]さらに、適切な機能部位で誘導体化されたペプチドアプタマーは、標的タンパク質に特異的な翻訳後修飾を引き起こしたり、標的タンパク質の細胞内局在を変化させたりすることができます。[ 98 ]

このアッセイでは、2種類の異なるアプタマー(VとI)がそれぞれのタンパク質標的(VEGFとIFN-γ)を検出する能力を試験します。Apt1、Apt2、Apt3、Apt4というラベルは、結合強度の降順で並んでいます(つまり、Apt1が最も強いアプタマーです)。DD、AD、DA、AAという文字は、それぞれ異なる人工塩基対の組み合わせを持つことを意味します。これが結合強度の違いを生み出します。「-」の列にはタンパク質が含まれず、「+」の列にはタンパク質が含まれます。タンパク質を含むアプタマー(+)とタンパク質を含まないアプタマー(-)をゲルのウェルにロードし、列のレーンに沿って移動させます。標的が存在する場合、アプタマーの電荷とタンパク質の質量により、アプタマーは結合してよりゆっくりと移動します。標的が存在しない場合、結合していないアプタマーはレーンの端まで素早く移動します。「+」バンドと「-」バンドの位置の差が「移動度シフト」です。これにより、研究者はタンパク質の有無を検出できます。左端のVレーンとIレーンの濃いバンドは、アプタマーと標的タンパク質の結合が強いほど、サンプル中の標的タンパク質の一定量で標的タンパク質を検出しやすくなることを示しています。下の画像では、ゲル中の変性尿素が、より弱いIアプタマーにおけるアプタマーと標的タンパク質の結合を阻害していることが示されています。これは、アプタマーとタンパク質の結合が移動度シフトを引き起こしたことを示しています。

産業界と研究コミュニティ

アプタマーをベースにした商用製品や企業には、医薬品マクゲン(ペガプタニブ)[ 99 ]臨床診断会社ソマロジック[ 100 ]などがある。アプタマー研究コミュニティの専門団体である国際アプタマー協会(INSOAP)は、このテーマに特化したジャーナル「アプタマー」を発行している。Apta-index [ 101 ]は、 700種類以上のアプタマーをカタログ化し、注文プロセスを簡素化する最新のデータベースである。

参照

参考文献

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