マクロモデル
| マクロモデル | |
|---|---|
| 開発者 | シュレーディンガーLLC |
| 初回リリース | 1990 （1990年） |
| 安定版リリース | 2021-3 |
| オペレーティング·システム | Linux、Windows、macOS |
| プラットフォーム | x64、GPGPU |
| 入手可能な | 英語 |
| タイプ | 計算化学 |
| ライセンス | 独自開発、商用ソフトウェア |
| Webサイト | www.schrodinger.com / |
MacroModelは、有機化合物および生体高分子の分子モデリングのためのコンピュータプログラムです。様々な化学力場とエネルギー最小化アルゴリズムを備えており、分子の形状と相対的な配座エネルギーを予測します。[ 1 ] MacroModelはSchrödinger, LLCによって保守されています。
分子力学とも呼ばれる古典力学の枠組みでシミュレーションを実行し、確率動力学と混合モンテカルロアルゴリズムを用いて有限温度におけるシステムをモデル化する分子動力学シミュレーションを実行できます。MacroModelは、 Windows、Linux、macOS、Silicon Graphics (SGI) IRIX、IBM AIXをサポートしています。
マクロモデルソフトウェアパッケージは、1990年に科学文献で初めて説明され、[ 2 ]その後、2000年にシュレディンガー社に買収されました。[ 3 ]
主な特徴
既知のバージョン履歴
- 2013: バージョン10.0
- 2012: バージョン9.9.2
- 2011: バージョン9.9.1
- 2010: バージョン9.8
- 2009: バージョン9.7
- 2008年: バージョン9.6
- 2007年: バージョン9.5
- 2006: バージョン9.1
- 2005年: バージョン9.0
- 2004: バージョン8.5
- 2003: バージョン8.1
参照
参考文献
- ^ Mohamadi F, Richard NG, Guida WC, Liskamp R, Lipton M, Caufield C, Chang G, Hendrickson T, Still WC (1990年5月). 「MacroModel - 分子力学を用いた有機分子および生体有機分子のモデリングのための統合ソフトウェアシステム」. J. Comput. Chem . 11 (4): 440– 467. doi : 10.1002/jcc.540110405 .
- ^ Mohamadi, Fariborz; Richards, Nigel GJ; Guida, Wayne C.; Liskamp, Rob; Lipton, Mark; Caufield, Craig; Chang, George; Hendrickson, Thomas; Still, W. Clark (1990-05-01). 「マクロモデル—分子力学を用いた有機分子および生体有機分子のモデリングのための統合ソフトウェアシステム」. Journal of Computational Chemistry . 11 (4): 440– 467. doi : 10.1002/jcc.540110405 . ISSN 1096-987X .
- ^ "Overview | Schrödinger" . www.schrodinger.com . 2017年11月30日閲覧。
- ^ Still WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T (1990). 「分子力学と分子動力学のための溶媒和の半分析的処理」J Am Chem Soc . 112 (16): 6127– 6129. doi : 10.1021/ja00172a038 .
- ^ Guimarães CR, Cardozo M (2008年5月). 「構造ベースリード最適化におけるドッキングポーズのMM-GB/SA再スコアリング」. J Chem Inf Model . 48 (5): 958–70 . doi : 10.1021/ci800004w . PMID 18422307 .
外部リンク
