TMEM155
| TMEM155 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | TMEM155、膜貫通タンパク質155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | HomoloGene : 131149 ; GeneCards : TMEM155 ; OMA : TMEM155 - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
膜貫通タンパク質155は、ヒトにおいてTMEM155遺伝子によってコードされるタンパク質です。ヒト染色体4番上に存在し、6,497塩基に及びます。[ 3 ] FLJ30834やLOC132332とも呼ばれます。[ 4 ]このタンパク質は主に脳、胎盤、リンパ節で発現することが知られており、ほとんどの胎盤を持つ哺乳類で保存されています。[ 5 ]このタンパク質の機能と構造はまだ十分に解明されていませんが、様々な病態に関連してその発現レベルが研究されています。
遺伝子
軌跡
TMEM155はヒト染色体4番（4q27）のマイナス鎖に位置し、13,611塩基対に及ぶ。[ 6 ]
遺伝的近隣
細胞遺伝学的バンド: 4q27 [ 3 ]
TMEM155は、第4染色体上でサイクリンA2をコードする遺伝子CCNA2とアネキシンA5をコードする遺伝子ANXA5に隣接している。[ 4 ]また、プラス鎖に位置するPP12613にも隣接している。
サイズ
TMEM155をコードする第4染色体上の遺伝子は6,487ヌクレオチドに及ぶ。[ 5 ]この遺伝子は第4染色体上の塩基対121,758,930から121,765,427に及ぶ。[ 3 ] TMEM155の最長変異体は、以下の表に示すように5つのエクソンを有する。 [ 5 ]
| エクソン番号 | 塩基対 | 長さ（bp） |
| 1 | 1-348 | 348 |
| 2 | 349-457 | 108 |
| 3 | 458-529 | 71 |
| 4 | 530-884 | 354 |
| 5 | 885-2429 | 1544 |
mRNA
アイソフォーム
TMEM155前駆体mRNAには7つのアイソフォームがあります。[ 5 ] TMEM155アイソフォーム5は最も長いmRNAで、長さは2,429 bpです。[ 3 ]最短のアイソフォームはバリアント4で、長さは2,035 bpです。[ 5 ]アイソフォームの詳細は以下の表をご覧ください。[ 5 ]
| アイソフォーム番号 | 長さ（bp） | エクソン |
| アイソフォーム1 | 2,295 | 6 |
| アイソフォーム2 | 2,160 | 6 |
| アイソフォーム3 | 2,157 | 6 |
| アイソフォーム4 | 2,035 | 6 |
| アイソフォーム5 | 2,429 | 5 |
| アイソフォーム6 | 2,294 | 5 |
| アイソフォーム7 | 2,292 | 6 |
タンパク質
一次構造
TMEM155タンパク質は130アミノ酸から構成されています。[ 3 ] TMEM155タンパク質の完全な形態では、分子量は14.2 kD 、等電点は10.29です。 [ 7 ]シグナルペプチドがない場合、分子量は11.8 kDです。[ 7 ]このタンパク質は、以下に示すように、1つの膜貫通ドメインを持ち、膜と1回相互作用します。
二次構造
TMEM155の二次構造は、23.5%のαヘリックス、67%のβシート、9.5%のターンとコイルで構成されています。[ 9 ]
三次構造
右の図はTMEM155の予測三次構造です。これは、ER膜の内側に位置するTMEM155のN末端部分の構造であると予測されています。
翻訳後修飾
TMEM155は、Ser78、Thr79、およびPro80にO-グリコシル化部位を有する。 [ 11 ] Thr79とSer121にO-GlcNAc部位を有する。[ 12 ] Ile126からVal130までのSUMO化の標的である。 [ 13 ] Lys102に糖化部位がある。[ 14 ]
細胞内局在
TMEM155にはER保持シグナルとして機能する配列が含まれている。[ 15 ]
相互作用するタンパク質
TMEM155はLMBR1およびTMEM259と相互作用する。[ 16 ] LMBR1は既知のリポカリン膜貫通受容体である。TMEM259は別の膜貫通タンパク質である。
規制
遺伝子レベルの制御
TMEM155遺伝子には複数のプロモーターが存在する。 [ 17 ]遺伝子のプロモーター領域には、クロマチン構造、発達、細胞周期、免疫応答の制御に関与するいくつかの転写因子が結合している。[ 18 ] TMEM155は、脳、胎盤、リンパ節で高度に発現している。[ 5 ]以下は、TMEM155のGXP_319937プロモーターの転写因子結合部位の詳細を示す表である。[ 18 ]以下は、TMEM155のプロモーター領域に結合する転写因子と、それらが結合する配列の詳細を示す表である。
| 転写因子 | 詳細なマトリックス情報 | アンカーベース | 順序 |
| 急ぐ | SWI/SNF関連、マトリックス関連、アクチン依存性クロマチン調節因子、サブファミリーa、メンバー3 | 29 | gtgtACTTttc |
| 急ぐ | 716 | tggaACTTtta | |
| ブラック | Tボックス転写因子TBX20 | 96 | gtgctatgAGGTgtctgagtg |
| HOMF | Barx2は、TAATモチーフのペアに優先的に結合する ホメオボックス転写因子である。 | 235 | あああああTAATtgggaacg |
| HOMF | 232 | tcccaatTAATttatttcg | |
| FKHD | FOXP1の選択的スプライシング変異体、ES細胞で活性化 | 303 | tttacaaAACAccagtc |
| FKHD | 16 | TTTACAAAACACCAGTC | |
| TF2B | 転写因子IIB（TFIIB）認識要素 | 616 | ccgCGCC |
| RBP2 | 十文字、ATリッチインタラクティブドメイン1B | 1083 | GCACagcgc |
| EVI1 | MEL1（MDS1/EVI1類似遺伝子1）DNA結合ドメイン2 | 139 | cagtgaaGATGgggtct |
| スマッド | TGF-βシグナル伝達に関与するSmad3転写因子 | 1071 | gggGTCTgggc |
| マイオッド | 転写因子E2a（E12/E47） | 605 | CAGCtg |
| ETSF | Etsバリアント1 | 702 | gaagagcaGGAAgaagaa |
| ETSF | 366 | gtgcccgcGGAAgttcgctcc | |
| E2FF | E2F転写因子1 | 562 | うわぁーん |
| E2FF | 868 | cactGGCGggagggcac | |
| NFAT | 活性化T細胞の核因子 | 467 | agctgaGGAAatccggcgc |
| NFAT | 488 | ctccgaGGAAacgcgccaa | |
| EGRF | ウィルムス腫瘍抑制因子 | 1018 | tcctgtgGGAGgcccgggg |
| 統計 | シグナル伝達および転写活性化因子3 | 944 | cagcTTCCaggtgcggggc |
トランスクリプトレベルの規制
TMEM155には4つのスプライスエンハンサーがあります。 [ 17 ]これらのエンハンサー部位はTMEM155遺伝子の5'末端にあり、転写因子RCOR1、MILLT1、SIN3A、NFIC、STAT3、JUNB、FOS、EGR1、PHB2、RUNX3、およびSRFの結合部位が含まれています。[ 17 ]これらの転写因子の多くは、細胞増殖の調節と腫瘍抑制に関与しています。
突然変異
TMEM155のコード配列には、注目すべきSNPがいくつか存在します。これらの変異は、主にミスセンス変異とナンセンス変異です。以下の表は、TMEM155の保存塩基に見られる変異をまとめたものです。[ 19 ]
| タンパク質における位置 | 突然変異の種類 | コドン位置 | 核酸の変化 | アミノ酸の変化 | Rs番号 |
| 27 | ミスセンス | 3 | G → A | M → 私 | rs754134166 |
| 28 | ミスセンス | 1 | C → G | P → A | rs1056097623 |
| 34 | ナンセンス | 1 | C → T | Q → 停止 | rs148344547 |
| 44 | ミスセンス | 2 | G → C | C → Y | rs1396459508 |
| 45 | ミスセンス | 2 | A → G | H → R | rs761510691 |
| 49 | ミスセンス | 3 | T → G | F → L | rs746407759 |
| 51 | ミスセンス | 1 | G → A | G → R | rs1251128996 |
| 52 | ミスセンス | 2 | T → C | M → T | rs1164776956 |
| 55 | ナンセンス | 3 | G → A | C → 停止 | rs749417444 |
| 56 | ミスセンス | 1 | C → A | Q → K | rs1428301882 |
| 60 | ミスセンス | 3 | G → C | 左→右 | rs756351338 |
| 61 | ミスセンス | 1 | G → T | V → F | rs1268180828 |
| 65 | ミスセンス | 1 | G → T | G → W | rs1344535938 |
| 65 | ミスセンス | 2 | G → T | G → V | rs1267210743 |
| 68 | ミスセンス | 1 | C → T | 左→右 | rs957334475 |
| 71 | ミスセンス | 2 | G → A | R → K | rs1437581701 |
進化
TMEM155は分子レベルでかなり急速に進化しています。フィブリノゲンタンパク質の進化速度と比較すると、TMEM155はより短い時間でより多くのアミノ酸変化を蓄積しているように見えます。急速に進化するフィブリノゲンよりも速いため、ゆっくりと進化することが知られているシトクロムCタンパク質よりも速く進化しています。
相同性
TMEM155はほとんどの胎盤哺乳類で保存されている。[ 5 ] DoD（MYA）は、この遺伝子がヒトの遺伝子から分岐したのが何百万年前かを示す。 [ 20 ]
| 属と種 | 通称 | 分類群 | 国防総省（MYA） | 受入番号 | 配列長（aa） | E値 | パーセント同一性 | 類似度パーセント |
| ホモ・サピエンス | 人間 | ヒト科 | 0 | NP_001304768.2 | 130 | 0.00E+00 | 100.00% | 100.00% |
| パン・トログロダイト | チンパンジー | ヒト科 | 6.4 | XP_016807629.1 | 154 | 2.00E-87 | 99.00% | 99.00% |
| パン・パニスカス | ボノボ | ヒト科 | 6.4 | XP_008967732.1 | 130 | 7.00E-87 | 96.90% | 97.70% |
| ゴリラ、ゴリラ、ゴリラ | ゴリラ | ヒト科 | 8.6 | XP_004040390.1 | 130 | 1.00E-88 | 99.20% | 99.20% |
| ポンゴ・ピグマエウス | ボルネオオランウータン | ヒト科 | 15.2 | NP_001127639.1 | 130 | 2.00E-85 | 96.20% | 97.70% |
| ヒロバテス・モロク | シルバーギボン | ヒロバティダエ科 | 19.8 | XP_032002524.1 | 130 | 1.00E-84 | 95.40% | 96.90% |
| プロピテクス・コケレリ | コケレルシファカ | インドリ科 | 74.1 | XP_012505863.1 | 127 | 2.00E-68 | 79.80% | 84.60% |
| フコミス・ダマレンシス | ダマラモグラネズミ | バチエリ科 | 89 | XP_010609341.1 | 132 | 1.00E-52 | 69.70% | 77.30% |
| オリクトラグス・クニクルス | ヨーロッパウサギ | ウサギ科 | 89 | XP_017203042.1 | 109 | 2.00E-39 | 52.90% | 58.80% |
| ラクダ | ヒトコブラクダ | ラクダ科 | 94 | XP_031322500 | 106 | 7.00E-47 | 73.10% | 82.70% |
| カナダオオヤマネコ | カナダオオヤマネコ | ネコ科 | 94 | XP_030169002 | 100 | 4.00E-44 | 70.20% | 76.90% |
| バイソン バイソン バイソン | バイソン | ウシ科 | 94 | XP_010856646 | 190 | 3.00E-54 | 69.20% | 76.90% |
| デルフィナプテルス・レウカス | シロイルカ | モノドン科 | 94 | XP_022452038 | 100 | 6.00E-42 | 67.30% | 76.00% |
| ケラトテリウム・シムム | ミナミシロサイ | サイ科 | 94 | XP_014639974 | 192 | 4.00E-47 | 67.00% | 75.50% |
| クマ（Ursus arctos horribilis） | グリズリーベア | クマ科 | 94 | XP_026355049.1 | 126 | 3.00E-52 | 66.20% | 72.20% |
| ネオモナクス・シャウインスランディ | ハワイモンクアザラシ | アザラシ科 | 94 | XP_021537176 | 126 | 9.00E-52 | 65.40% | 73.10% |
| メラノレウカ | ジャイアントパンダ | クマ科 | 94 | XP_019660004 | 100 | 5.00E-40 | 63.60% | 70.10% |
| イタチ | オコジョ | イタチ科 | 94 | XP_032189210 | 127 | 8.00E-43 | 63.50% | 69.20% |
| ビクーニャ・パコス | アルパカ | ラクダ科 | 94 | XP_015106166.1 | 106 | 3.00E-46 | 57.60% | 64.40% |
| ザロフス・カリフォルニアニアヌス | カリフォルニアアシカ | オタリア科 | 94 | XP_027455522.1 | 109 | 4.00E-44 | 56.90% | 64.60% |
| イノシシ | イノシシ | イオウ科 | 94 | XP_020957297.1 | 104 | 7.00E-38 | 56.90% | 64.60% |
| モノドン・モノケロス | イッカク | モノドン科 | 94 | XP_029091564.1 | 100 | 1.00E-42 | 53.80% | 61.50% |
| パンテーラ・パルドゥス | ヒョウ | ネコ科 | 94 | XP_019274438.1 | 98 | 1.00E-38 | 53.80% | 60.00% |
| アフリカトビネズミ | アフリカゾウ | ゾウ科 | 102 | XP_023404270.1 | 127 | 2.00E-36 | 61.50% | 71.20% |
| ダシプス・ノベムシンクトゥス | コオロギアルマジロ | ダシポダ科 | 102 | XP_023439327.1 | 103 | 1.00E-41 | 55.70% | 61.10% |
臨床的意義
眼組織
TMEM155の発現上昇は基底細胞母斑症候群線維芽細胞で確認されている。[ 21 ] TMEM155は角膜ケラチノサイトでも発現上昇していることが分かっており、[ 22 ]これは眼振に関連する遺伝子の発現上昇に寄与している可能性がある。
脳組織
TMEM155の調節は本態性振戦の症例を持つ家族と共変する[ 23 ]
女性の生殖組織
高メチル化TMEM155は、 HER2陽性乳がんの潜在的なバイオマーカーである。[ 24 ] TMEM155の発現は、胞状卵胞数の少ない女性の卵母細胞で高いことがわかっており、女性の妊孕性の調節に関与している可能性がある。[ 25 ]
参考文献
- ^ a b c GRCh38: Ensemblリリース89: ENSG00000164112 – Ensembl、2017年5月
- ^ 「ヒトPubMedリファレンス：」。米国国立医学図書館、国立生物工学情報センター。
- ^ a b c d e「遺伝子: TMEM155 (ENSG00000164112) - 概要 - ホモ・サピエンス - Ensembl ゲノムブラウザ 99」 . useast.ensembl.org . 2020年2月6日閲覧。
- ^ a b「AceView: Gene:TMEM155、mRNAまたはESTによるヒト、マウス、および線虫遺伝子の包括的なアノテーションAceView」www.ncbi.nlm.nih.gov . 2020年2月6日閲覧。
- ^ a b c d e f g h「TMEM155 膜貫通タンパク質155 [ホモ・サピエンス (ヒト)] - 遺伝子 - NCBI」www.ncbi.nlm.nih.gov . 2020年2月6日閲覧。
- ^ a b「ホーム - ヌクレオチド - NCBI」www.ncbi.nlm.nih.gov . 2020年4月30日閲覧。
- ^ a b「SAPS < シーケンス統計 < EMBL-EBI」 . www.ebi.ac.uk. 2020年4月30日閲覧。
- ^ "SOSUI WWWサーバ" . harrier.nagahama-i-bio.ac.jp . 2020年4月30日閲覧。
- ^ 「CFSSP: Chou & Fasman二次構造予測サーバー」 . www.biogem.org . 2020年4月30日閲覧。
- ^ 「タンパク質の構造と機能予測のためのI-TASSERサーバー」zhanglab.ccmb.med.umich.edu . 2020年4月27日閲覧。
- ^ “5E94BCEC00000467232B8478 期限切れ” . www.cbs.dtu.dk. 2020年4月30日閲覧。
- ^ “5E94B53300000468E744C097 期限切れ” . www.cbs.dtu.dk. 2020年4月30日閲覧。
- ^ 「GPS-SUMO：SUMO化部位とSUMO相互作用モチーフの予測」sumosp.biocuckoo.org。2018年5月6日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2020年4月30日閲覧。
- ^ 「NetGlycate 1.0 Server」 . www.cbs.dtu.dk. 2020年4月30日閲覧。
- ^ "PSORT WWW Server" . psort.hgc.jp . 2020年4月30日閲覧。
- ^ 「Results - mentha: the interactome browser」 . mentha.uniroma2.it . 2020年4月30日閲覧。
- ^ a b c「UCSCゲノムブラウザホーム」 . genome.ucsc.edu . 2020年4月30日閲覧。
- ^ a b「Genomatix: ログインページ」 . www.genomatix.de . 2020年4月30日閲覧。
- ^ 「コンティグアノテーションを介して遺伝子（遺伝子ID:132332）にリンクされたSNP」www.ncbi.nlm.nih.gov . 2020年5月1日閲覧。
- ^ 「TimeTree :: 人生のタイムスケール」www.timetree.org . 2020年5月2日閲覧。
- ^ Renaud B, Buda M, Lewis BD, Pujol JF (1975年9月). 「ラットの中枢カテコールアミン作動性ニューロンにおける5,6-ジヒドロキシトリプタミンのチロシン水酸化酵素活性に対する影響」.生化学薬理学. 24 (18): 1739–42 . doi : 10.1016/0006-2952(75)90018-0 . PMID 17 .
- ^豊野 剛志、臼井 孝文、横尾 聡志、竹谷 勇、中川 聡志、黒田 正治、他 (2015-01-26). 「アンジオポエチン様7は角膜の血管新生を抑制するために必要な抗血管新生タンパク質である」 . PLOS ONE . 10 (1) e0116838. Bibcode : 2015PLoSO..1016838T . doi : 10.1371/journal.pone.0116838 . PMC 4306551. PMID 25622036 .
- ^ Odgerel Z, Sonti S, Hernandez N, Park J, Ottman R, Louis ED, Clark LN (2019). 「本態性振戦患者家族における全ゲノム配列解析と稀な変異解析」 . PLOS ONE . 14 (8) e0220512. Bibcode : 2019PLoSO..1420512O . doi : 10.1371/ journal.pone.0220512 . PMC 6690583. PMID 31404076 .
- ^ Lindqvist BM, Wingren S, Motlagh PB, Nilsson TK (2014年8月). 「HER2陽性乳がんの全ゲノムDNAメチル化シグネチャー」 .エピジェネティクス. 9 (8): 1149–62 . doi : 10.4161/epi.29632 . PMC 4164500. PMID 25089541 .
- ^ Barragán M, Pons J, Ferrer-Vaquer A, Cornet-Bartolomé D, Schweitzer A, Hubbard J, et al. (2017年8月). 「ヒト卵母細胞のトランスクリプトームは年齢および卵巣予備能と関連している」 . Molecular Human Reproduction . 23 (8): 535– 548. doi : 10.1093/molehr/gax033 . PMID 28586423 .
