1585年7月30日、当時イエズス会の総長であったクラウディオ・アクアヴィーヴァは、フランシスコ・スアレスの後任として、ローマ大学(現在のグレゴリアン大学)の神学教授に就任するよう、彼をローマに召喚した。出発前にベルモンテで宣誓した。バスケスはそこで非常に成功裡に教え、1591年にスペインへ出発する際には、学生たちが「Si Vásquez abit, tota schola perit(バスケスが行けば、学校全体が去る)」と叫んだほどであった。アルカラに戻ったバスケスは、アクアヴィーヴァの助言に従って、出版に向けて著作の準備を始めた。スアレスがアルカラで引退すると、彼はそこで神学の教職を再開し、1604年9月30日に夭折するまでこの職務を続けた。
Commentariorum ac Disputationum in (partes) S. Thomae、Alcalá、8 巻、1598 ~ 1615 年。その後、短縮版がアルカラ、インゴルシュタット、ウィーンで出版され、より完全な版が 1620 年にリヨン、1621 年にアントワープで出版されました。
Paraphrases et compendiaria explicatio ad nonnullas Pauli Epistolas、アルカラ、1612 年。インゴルシュタット、1613年。リヨン、1630 年。ビベスはすべての作品を印刷することを約束しましたが、第 1 巻(パリ、1905 年)までしか印刷できませんでした。
フランシスコ・ムルシア・デ・ラ・リャナによって編纂された『Disputationes metaphysicae desumptae ex variis locis suorum operum』(マドリード、1617 年、アントワープ、1618 年)は、彼の作品全体に散りばめられた哲学的問いで構成されており、非常に貴重な本です。
彼の原稿の一部はマドリード国立図書館に所蔵されている。聖トマス伝の第一部に関する第一巻は、協会の検閲官によって2年間出版が差し止められた。彼が論じた問題の中には、「An Deus extra coelum, vel in vacuum intra coelum esse possit, aut ante mundi creationem alicubi fuerit(宇宙外の神、宇宙内の真空中での創造は可能だが、宇宙の創造は不可能)」などがある。
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