ニドウイルス目
| ニドウイルス目 | |
|---|---|
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| ニドウイルスのライフサイクル | |
ウイルスの分類 | |
| （順位なし） | ウイルス |
| 界： | リボウイルス |
| 界： | オルソウイルス科 |
| 門 | ピソニウイルス門 |
| 綱 | ピソニウイルス綱 |
| 目 | ニドウイルス目 |
ニドウイルス目は、脊椎動物と無脊椎動物に感染するエンベロープを持つプラス鎖RNAウイルスの目です。宿主生物には、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、節足動物、軟体動物、蠕虫が含まれます。 [ 1 ]この目には、コロナウイルス科、アルテリウイルス科、ロニウイルス科、トバニウイルス科、メソニウイルス科が含まれます。 [ 2 ]
メンバーウイルスは、ウイルスエンベロープと、キャップされポリアデニル化されたプラスセンスの一本鎖RNAゲノムを持っています。[ 3 ]ニドウイルスは、ラテン語で「巣」を意味するnidusにちなんで名付けられました。これは、この目に属するすべてのウイルスが感染時に3'末端にネストされたサブゲノムmRNAのセットを生成するためです。[ 4 ]
ウイルス学
構造
ニドウイルスは、ウイルスエンベロープと、キャップされポリアデニル化されたプラス鎖一本鎖RNAゲノムを有する。[ 3 ]このグループは、構造タンパク質と非構造タンパク質を別々に発現する。構造タンパク質はゲノムの3'領域にコードされており、一連のサブゲノムmRNAから発現される。
メンバーウイルスは、1つの主要プロテアーゼと、主にレプリカーゼ遺伝子の発現に関与する1～3個の補助プロテアーゼをコードしています。これらのプロテアーゼは、ウイルスのライフサイクルにおける適切なタイミングで特定のタンパク質を活性化または不活性化する役割も担っており、適切なタイミングで複製が行われるようにしています。
ゲノム
ニドウイルスは、7つの保存されたドメイン（5'-TM2-3CLpro-TM3-RdRp-Zm-HEL1-NendoU-3'）の集合体によって他のRNAウイルスと区別できます。最初の3つはORF1aにコードされ、残りの4つはORF1bにコードされています。TM2、TM3、および膜貫通ドメイン。RdRpはRNA依存性RNAポリメラーゼです。Zmはヘリカーゼ（HEL1）と融合したZnクラスター結合ドメインです。3CLproは3C様プロテアーゼです。NendoUはウリジル酸特異的エンドヌクレアーゼです。3CLproは触媒His - Cysダイアドを持ち、 SARSコロナウイルスの主要プロテアーゼ（Mpro）と関連しています。
ニドウイルスのサブゲノムRNAのほとんどは、ゲノムRNAの5'末端に由来する5'リーダー配列を含みますが、すべてではありません。ORF 1bフレームシフトを生成するフレームシフトは、ORF1a終止コドンの上流に位置するUUUAAACヘプタヌクレオチドの「滑りやすい」配列と、RNAシュードノット構造と考えられる部位で発生します。
ニドウイルス科のゲノム上には多くのタンパク質が同定されているが、その機能はまだ解明されていない。ゲノム中に存在する可能性のある他の酵素としては、パパイン様プロテアーゼ、ADP-リボース/ポリ(ADP-リボース)結合性ホスファターゼ活性、またはADP-リボース1''-リン酸ホスファターゼ活性、および環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼが挙げられる。
系統発生
ニドウイルス目は、ゲノムの大きさによって2つの系統に分けられます。1つはゲノムが大きい系統 (26.3～31.7 キロベース) で、コロナウイルス科とロニウイルス科(大型ニドウイルス) が含まれ、もう1つはゲノムが小さい系統 (小型ニドウイルス) で、遠縁のアルテリウイルス科(12.7～15.7 キロベース) が含まれます。
大型ニドウイルスは、2'-O-メチルトランスフェラーゼと3'-5'エキソリボヌクレアーゼ（ExoN）の両方をコードしており、後者はRNAウイルスとしては非常に珍しい。また、スーパーファミリー1ヘリカーゼ、ウリジル酸特異的エンドヌクレアーゼ（ニドウイルス特有の酵素）、およびいくつかのプロテアーゼ もコードしている。
ニドウイルスは、ウイルス群の中で最も大きなRNAゲノムを有する。RNAウイルスで報告されている最大のゲノムは、Crassostrea gigas nidovirus (CGNV) [ 6 ]とPacific oyster nidoviirus 1 (PONV 1) [ 7 ]である。これらは二分節構造で、サイズは約64kbであり、Pacific oysterに感染する。これらは、提案されているMegarnaviridae科に属する、広く分布するウイルス群に属している。[ 7 ]これまで報告された最大のゲノムは、扁形動物であるプラナリアに感染するプラナリア分泌細胞ニドウイルス( PSCNV) [ 8 ] の41.1kbの非分節ゲノムであった。[ 9 ]
分類
以下の亜目と科が認められています（- virineae は亜目、- viridae は科を表します）：[ 10 ]
参照
参考文献
- ^ Ogando, Natacha S.; Ferron, Francois; Decroly, Etienne; Canard, Bruno; Posthuma, Clara C.; Snijder, Eric J. (2019). 「ニドウイルスエキソリボヌクレアーゼの奇妙な事例：RNA合成と複製忠実度における役割」 . Frontiers in Microbiology . 10 : 1813. doi : 10.3389/fmicb.2019.01813 . ISSN 1664-302X . PMC 6693484. PMID 31440227
- ^ 「国際ウイルス分類委員会（ICTV）」talk.ictvonline.org . 2020年6月8日閲覧。
- ^ a b King, Andrew MQ; Adams, Michael J.; Carstens, Eric B.; Lefkowitz, Elliot J., eds. (2012-01-01) 「Order - Nidovirales」、Virus Taxonomy、Elsevier: 784– 794、doi : 10.1016/B978-0-12-384684-6.00066-5、ISBN 978-0-12-384684-6、PMC 7150239、S2CID 218627729 、 2020年6月8日取得
{{citation}}: CS1 maint: ISBNによる作業パラメータ（リンク） - ^ Antoine AF de Vries; Marian C. Horzinek; Peter JM Rottier; Raoul J. de Groot (1997). 「ニドウイルス科のゲノム構成：アルテリ型、トロ型、コロナウイルスの類似点と相違点」 . Seminars in Virology . 8 (1): 33– 47. CiteSeerX 10.1.1.462.1825 . doi : 10.1006/smvy.1997.0104 . PMC 7128191. PMID 32288441. S2CID 85383257 .
- ^グリャエワ、アナスタシア A.;ゴルバレニャ、アレクサンダー E. (2021 年 1 月) 「SARS-CoV-2 に関するニドウイルスの視点」。生化学および生物物理学研究コミュニケーション。538 : 24–34 .土井: 10.1016/j.bbrc.2020.11.015。PMC 7664520。PMID 33413979。
- ^ Neuman, Benjamin W.; Smart, Alexandria; Gilmer, Orian; Smyth, Redmond P.; Vaas, Josef; Böker, Nicolai; Samborskiy, Dmitry V.; Bartenschlager, Ralf; Seitz, Stefan; Gorbalenya, Alexander E.; Caliskan, Neva; Lauber, Chris (2025-02-18). 「巨大RNAゲノム：ニドウイルスにおける宿主、翻訳伸長、ゲノム構造、プロテオームの役割」 . Proceedings of the National Academy of Sciences . 122 (7) e2413675122. doi : 10.1073/pnas.2413675122 . PMC 11848433. PMID 39928875 .
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- ^ 「分類ブラウザ（プラニドウイルス1）」www.ncbi.nlm.nih.gov . 2020年6月8日閲覧。
- ^ Saberi, Amir; Gulyaeva, Anastasia A.; Brubacher, John L.; Newmark, Phillip A.; Gorbalenya, Alexander E. (2018-11-01). 「プラナリアニドウイルスがRNAゲノムサイズの限界を拡大」 . PLOS Pathogens . 14 (11) e1007314. doi : 10.1371/journal.ppat.1007314 . ISSN 1553-7374 . PMC 6211748. PMID 30383829 .
- ^ 「ウイルス分類：2019年版」 . talk.ictvonline.org . 国際ウイルス分類委員会. 2020年4月30日閲覧。
- ジーバー、J;スナイデル、EJ。ゴルバレニャ、AE (2000 年 4 月)。「ニドウイルス目におけるウイルスにコードされたプロテイナーゼとタンパク質分解プロセシング」。一般ウイルス学ジャーナル。81 (Pt 4): 853–79 .土井: 10.1099/0022-1317-81-4-853。PMID 10725411。
外部リンク
