テトラトリコペプチドリピート
テトラトリコペプチドリピート
識別子
シンボルTPR_1
ファムPF00515
ファム一族CL0020
エコド109.4.1
インタープロIPR001440
SCOP21a17 /スコープ/ SUPFAM
CDDcd00189
利用可能なタンパク質構造:
PDB  1w3b B:89-122 1fch A:522-555 2fbn B:228-261

1p5q B:276-295 1qz2 C:276-295 1ihg A:223-256 1iip A:223-256 1elw B:4-37 1wao 2:28-61 1a17 :28-61 1elr A:225-258 2c2l C:27-60 1uzs A:114-147 1e96 B:71-104 1hh8 A: 71-104 1wm5 A:71-104 1kt0 A:351-384 1kt1 A:351-384 IPR001440 PF00515 ( ECOD ; PDBsum )

 
アルファフォールド

テトラトリコペプチドリピート（TPR）は構造モチーフです。34アミノ酸からなる縮重タンデムリピート構造から成り、様々なタンパク質で同定されています。3～16個のモチーフがタンデム配列を形成し[ 1 ] 、タンパク質間相互作用や、しばしば多タンパク質複合体の形成を媒介する足場を形成します。これらのαヘリックスペアリピートは通常、折り畳まれてTPRドメインと呼ばれる単一の線状ソレノイドドメインを形成します。このようなドメインを持つタンパク質には、後期促進複合体(APC) サブユニットcdc16、cdc23、cdc27、NADPH オキシダーゼサブユニットp67-phox、hsp90 結合イムノフィリン、転写因子、タンパク質キナーゼ R (PKR)、ペルオキシソームマトリックスタンパク質輸入の主要受容体PEX5、タンパク質アルギニンメチルトランスフェラーゼ 9 (PRMT9)、およびミトコンドリア輸入タンパク質が含まれます。

TPRリピートの描写。King Softwareでレンダリングされた画像。PDB ID: 1NA0。

構造

PP5タンパク質の構造は、初めて決定された。DasらによるX線結晶構造解析によって、TPR配列モチーフが一対の反平行αヘリックスで構成されていることが示された。[ 2 ] PP5の構造は3つのタンデムTPRリピートを含み、連続したTPRリピートがαヘリックスソレノイド構造を形成していることが示された。

典型的なTPR構造は、最初のモチーフのヘリックスAおよびBと、次のTPRのヘリックスA'との間の相互作用によって特徴付けられる。このような相互作用の性質は様々であるが、TPRモチーフの最初の2つのヘリックスは、典型的には1つのモチーフ内で約24度のパッキング角を有する。3つ以上のTPRモチーフを繰り返すと、凹面と凸面の両方を特徴とする右巻きのスーパーヘリックスが生成され、通常、凹面がリガンド結合に関与する。[ 1 ] [ 3 ]

この画像はTPRモチーフによく見られる特徴的な残基を示しています。この画像はPDB 1NA3からKINGソフトウェアを使用してレンダリングされました。

配列に関して言えば、TPRは大小さまざまな疎水性残基から構成されていますが、どの位置も完全に不変というわけではありません。しかし、トリプトファン4、ロイシン7、グリシン8、チロシン11、アラニン20、フェニルアラニン24、アラニン27、プロリン32など、通常保存されている残基もあります。これらの8つの残基のうち、8、20、27番目のアラニンはより保存性が高い傾向があります。その他の位置では、特定の残基よりも、小型、大型、または芳香族アミノ酸のいずれかが優先されます。ヘリックス間では、ヘリックスを切断する残基が存在するため、残基の保存性は構造的な役割をより強く担います。隣接するTPR間では、残基は構造的および機能的な意味合いを持つ役割を果たします。[ 1 ]

TPR含有ペプチド

ホップ

ホップアダプタータンパク質は、分子シャペロンHsp70とHsp90の会合を媒介する。ホップアダプタータンパク質は、それぞれ独自のペプチド結合特異性を持つ3つの3-TPRリピート配列を含む。ホップアダプタータンパク質のTPR1ドメインはHsp70のC末端を認識し、TPR2はHsp90のC末端に結合することが知られている。両方のC末端配列はEEVDモチーフで終結しており、相互作用は静電的かつ疎水性である。[ 1 ] [ 4 ]

PEX5

PEX5タンパク質は、PTS1（タンパク質をペルオキシソームへ誘導するペルオキシソーム標的シグナルトリペプチド）の受容体である。PEX5はTPRモチーフを介してシグナルと相互作用する。C末端トリペプチドPTS1との接触は、主にTPR1、2、3の凹面において行われる。[ 5 ]

好中球細胞質因子2

好中球細胞質因子2は、微生物感染に反応してスーパーオキシドを産生するNADPHオキシダーゼ複合体に必須の因子です。Rac GTPaseとの結合は複合体の組み立てにおける重要なステップであり、フォックスユニット内のTPRは結合足場として機能し、多タンパク質複合体の組み立てを媒介します。[ 6 ]

例

このモチーフを含むタンパク質をコードするヒト遺伝子には以下のものがあります。

参考文献

  1. ^ a b c d Blatch GL, Lässle M (1999年11月). 「テトラトリコペプチドリピート：タンパク質間相互作用を媒介する構造モチーフ」. BioEssays . 21 (11): 932–9 . doi : 10.1002/(SICI)1521-1878(199911)21:11<932::AID-BIES5>3.0.CO;2-N . PMID  10517866 .
  2. ^ Das AK, Cohen PW, Barford D (1998年3月). 「タンパク質ホスファターゼ5のテトラトリコペプチドリピートの構造：TPRを介したタンパク質間相互作用への影響」 . The EMBO Journal . 17 (5): 1192–9 . doi : 10.1093/ emboj /17.5.1192 . PMC 1170467. PMID 9482716 .  
  3. ^ Wilson CG, Kajander T, Regan L (2005年1月). 「NlpIの結晶構造。球状フォールドを持つ原核生物のテトラトリコペプチドリピートタンパク質」 . The FEBS Journal . 272 (1): 166– 79. doi : 10.1111/j.1432-1033.2004.04397.x . PMID 15634341 . 
  4. ^ Scheufler C, Brinker A, Bourenkov G, Pegoraro S, Moroder L, Bartunik H, Hartl FU, Moarefi I (2000年4月). 「TPRドメイン-ペプチド複合体の構造：Hsp70-Hsp90マルチシャペロン機構の組み立てにおける重要な要素」 . Cell . 101 (2): 199– 210. doi : 10.1016/S0092-8674(00) 80830-2 . PMID 10786835. S2CID 18200460 .  
  5. ^ Gatto GJ, Geisbrecht BV, Gould SJ, Berg JM (2000年12月). 「ヒトPEX5のTPRドメインによるペルオキシソーム標的シグナル1の認識」. Nature Structural Biology . 7 (12): 1091–5 . doi : 10.1038/81930 . PMID 11101887. S2CID 35168630 .  
  6. ^ Lapouge K, Smith SJ, Walker PA, Gamblin SJ, Smerdon SJ, Rittinger K (2000年10月). 「Rac.GTPと複合体を形成したp67phoxのTPRドメインの構造」 . Molecular Cell . 6 (4): 899– 907. doi : 10.1016/S1097-2765(05)00091-2 . PMID 11090627 . 

さらに読む

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